Искусственное разведение раков: Разведение раков в прудовом хозяйстве

Содержание

:: Читать — Оглавление — Книга «Разведение и выращивание раков» — Мельников Илья — ЛитЛайф — книги читать онлайн

Илья Мельников, Александр Ханников

Разведение и выращивание раков

Биологические особенности речного рака

Речные раки являются беспозвоночными животными. Пользуются большим спросом по всей России. Природные популяции раков с каждым годом уменьшаются из-за браконьерства и болезней. Максимума природные запасы раков достигают каждые восемь лет, после этого снижаются до минимума.

В настоящее время большое внимание уделяется разведению раков в искусственных водоемах. По показателям потребления на душу населения лидируют Греция и Италия. В эти страны раки были завезены из бывшего Советского Союза. Каждый год на внешний рынок эти страны поставляют до 11 тысяч тонн товарных раков. Испания, Португалия и Китай также занимаются поставками раков.

В дачных и приусадебных прудах можно успешно разводить раков быстрорастущих видов, как широкопалый и длиннопалый. Обыкновенные речные раки обитают в реках, озерах, прудах, поймах, ручейках с чистой мягкой водой, на глинистом, песчаном, торфяном, но не каменистом дне. Благоприятная температура воды для рака не ниже 12 градусов Цельсия. Глубина водоема – от 1,5 до 6 – 15 м. Наилучшей средой для обитания раков является береговая линия водоема с затоками, где хорошо произрастает водная растительность.

При поедании растительности в организме раков ускоряется кальциевый обмен, что способствует затвердению панциря после линьки. На небольшой запруде возле реки грунт возле берега должен быть таким, чтобы ракам было удобно строить норы. Кроме нор раки могут находиться под камнями, пнями и корнями.

Обычно раки делают норы на отвесных тенистых берегах, где мало солнца. На берегах могут расти камыши, ивы, акации, вербы. Норы могут быть следующих размеров: длина 10–40 см, ширина 5 – 20 см, высота 3 – 18 см. Зимой норы раков располагаются на самом дне водоема, летом – поближе к берегу, в зависимости от температуры.

Норы раки роют с помощью ног и хвоста, опираясь на передние клешни. Хвосты ракам нужны не только для рытья нор, но и для плавания. Плавают они задом наперед и при этом бьют хвостом по воде. В воде с кислой реакцией раки, как правило, не живут. Оптимальное количество растворенного в воде кислорода для речных раков – 7–8 мг/л. Возможно кратковременное снижение его до уровня 2–4 мг/л.

Обычно раки ведут ночной образ жизни, однако если они почуют добычу, то будут стремиться к ней и днем. Питаются ракушками, слизняками, личинками насекомых, червями, падалью, не сильно сгнившей, молодыми стеблями тростника, кувшинок и других растений. Особо охотно раки поедают водоросли, богатые известью, которая, как и кожура ракушек и слизней идет для образования панциря. Состоит панцирь из хитина – 46,73 %, углекислого кальция – 46, 25 %, фосфорнокислого кальция 7,02 %.

Самки раков всегда сидят в норах в одиночку, а самцы во время зимовки часто собираются группами. Раки являются животными раздельнополыми.

Самцы длиннопалых раков достигают половой зрелости на третий год при длине тела не менее 7–9 см, а самки – на четвертый год при длине тела 6–7 см. Некоторые самцы бывают крупнее самок в 2–3 раза. Самыми верными признаками отличия являются половые органы, лежащие на грудной стороне, на границе груди и хвоста. У самца парные отверстия половых желез находятся у основания последней пары ног, у самки они расположены у третьей пары с конца. В яичнике самки уже в сентябре образуются от 100 до 300 яичек желтоватого цвета, у самца в это же время начинают сильно увеличиваться семяпроточники, имеющие вид двух толстых белых перевитых нитей.

Закрыть Как отключить рекламу?

Спаривание происходит в октябре – ноябре или в феврале – марте. По срокам здесь многое зависит от региона. Продолжительность спаривания от 15 до 20 дней. Оплодотворение происходит внутри тела. Самец может оплодотворить до четырех самок подряд. После спаривания самка удаляется в свою норку и через 20–25 дней после спаривания начинает икрометание, выпуская икру через половые отверстия. Количество икринок у широкопалого вида самок речного рака длиной от 7 до 8 см достигает 68 штук, длиннопалого – 60 штук. У широкопалого вида самок речного рака длиной от 8 до 9 см количество икринок достигает 93 штук, у длиннопалого – 102; у широкопалого вида самок речного рака длиной от 9 до 10 см – 163 штуки, у длиннопалого – 174. У широкопалого вида самок речного рака длиной от 11 до 12 см – 302 штуки, у длиннопалого – 350 штук. У широкопалого вида самок речного рака длиной от 13 до 14 см – 425 штук, у длиннопалого – 500 штук.

Икра быстро приклеивается под брюшком к ложконожкам и остается там до вылупления личинок. Так как икру необходимо непрерывно промывать водой, обогащенной кислородом, самка гонит воду плесом, подгибая и разгибая конец хвоста. Спокойная вода, если самка сидит в норе, застаивается, обедняется кислородом и икра погибает.

Икра рака может легко повреждаться водяными скорпионами, плавунцами, жуками – гладышами. Самка постоянно промывает икру от грязи, плесени и водорослей.

У самки рака может быть от 120 до 500 икринок. Время вылупления потомства рака зависит от погоды и региона. Как правило, вылупление происходит в начале или во второй половине лета.

Внешне личинки раков мало отличаются от взрослых, за исключением размеров. Длина однодневных личинок достигает 9 – 16 мм. Первое время они остаются прикрепленными под брюшком у самки и держатся клешнями за ногообразные придатки матери. Через 10–12 дней начинают плавать возле самки, но при любой опасности прячутся под брюшко. Через 45 дней личинки покидают самку навсегда. В первое лето они меняют панцирь 7–8 раз, во второе лето – 5 раз, в третье и последующие годы самец 2 раза, самка – 1 раз. Обмен этот происходит в промежуток времени от 10 минут до нескольких часов.

Растут они медленно. К осени достигают 3–3,5 см длины. К концу второго года жизни молодые раки вырастают до 7–9 см, в возрасте трех лет – 10–12 см; к пятилетнему возрасти рак может достичь 12 – 15 см длины, к 20-летнему крупные экземпляры достигают 20–25 см длины. В возрасте 8 – 10 лет раки достигают в длину до 10–11 см и более.

Молодь, выращенная в реках и озерах, достигает промысловых размеров на третье или четвертое лето. В прудах двухлетние раки за теплый сезон достигают промысловой длины 10 см, массы 32 г. Некоторые раки при размерах 12, 3 см достигают 70, 5 г веса и более. Выживаемость сеголеток в прудах при хорошей кормовой базе за вегетативный период значительно больше (85–90 %), чем в естественных водоемах (10–15 %). Высокий темп роста и выживаемость молоди объясняются хорошими кормовыми и температурными условиями, которые они находят в искусственных водоемах. В реках молодь не получает даже минимального рациона, покрывающего расходы энергии на поиски пищи и обмен веществ в организме.

В естественных условиях половозрелость раков наступает на третьем году жизни при минимальном размере самок 6–7 см. 10-сантиметрового рака четырехлетнего рака можно считать уже производителем. Сроки спаривания зависят от условий в водоеме и температуре воды.

В некоторых регионах это происходит в марте – апреле при температуре воды 8 – 12 градусов Цельсия. Личинки из икры вылупляются во второй половине мая – первой половине июня при температуре воды 21–24 градуса. К самостоятельному обитанию личинки в таких условиях переходят через 10–14 дней после вылупления.

В естественных условиях речные раки проходят следующие стадии развития. Первая стадия: продолжительность развития от 1 до 7 дней, размер личинки – 1,5–2 мм; вторая стадия: продолжительность развития от 5 до 8 дней, размер личинки 8,7 мм, масса 14, 7 мг; третья стадия: продолжительность развития от 9 до 14 дней, размер личинки 1,2 см, масса 34,7 мг; сеголетки: продолжительность развития до 90 дней, размер личинки 3 см, масса от 8 до 19 г; двухлетки: размер личинки 6 см, масса 32 г; половозрелые: продолжительность развития три года, размер личинки 6,7 см; половозрелые: продолжительность развития 10 лет, размер личинки 9 – 10 см, масса – 50 г.

Некоторые способы разведения раков.

Разведение и выращивание раков

Некоторые способы разведения раков

Так как яички выходят уже оплодотворенными, то основную заботу необходимо сосредоточить на самке, несущей яички, поместив ее в безопасное помещение, где кормить ее можно до тех пор, пока молодые раки от нее не отпадут. Маленьких раков следует вскармливать до осени в бассейнах или небольших проточных прудах с отвесными берегами и плотным дном, в которые вода проводится по трубам диаметром 20–25 см.

Существует различная практика разведения раков. В некоторых хозяйствах раков выращивают в деревянных непромокаемых ящиках, сделанных из 5-сантиметровых досок. Длина ящика 12–15 м, ширина 6 м, глубина 1,2 м. Изготовленные ящики устанавливают на дно сухого пруда. В пруд проводят воду по трубам с кранами и отводными трубами. Вдоль стен этого бассейна устраивают небольшие ячейки объемом 5 куб м в несколько этажей. Ячейки ставят одну над другой таким образом, чтобы стены бассейна составляли их заднюю стенку, а спереди ячейка должна быть открытой, чтобы раки могли свободно входить и выходить из нее.

Каждому раку отводится своя ячейка.

Затем на дно пруда наваливают камни и пни, чтобы раки под ними могли прятаться. В двух углах пруда насыпают небольшие холмики жирной, мергельной глины слоем 90 см вышины и засаживают тростником, водным крессом и другими растениями. После устройства бассейн заполняют водой и помещают в него более тысячи самок с оплодотворенными икринками. Кормят раков отходами мелко нарезанного мяса, молодыми лягушками, мясом рыбок и др. Вода идет постоянным током струей толщиной 25 см и уходит через отводную трубу, защищенную сеткой с мелкими ячейками. В середине октября может быть уже более 20 тысяч раков. Молодых раков оставляют до того времени, пока у них не вырастет крепкий панцырь.

В естественных условиях редко встречается самка с более чем 20 рачками на хвосте, причем некоторые из этих двадцати сами отпадают преждевременно, другие – погибают, так что в среднем каждая самка в год выращивает не более 12 рачков. При разведении в водоемах – бассейнах можно получать от каждой самки от 35 до 65 раков.

Для удаления молоди от самок можно применять следующий способ. Незадолго до вылупления раков из икринок самок помещают в обширный водоем, разделенный двумя сетками на этажи. У верхней сетки ячейки довольно крупные, после отпадения от матери рачки проваливатся через них на нижний этаж, где имеется второя сетка с очень мелкими ячейками. На ней рачки получают необходимую пищу и защиту от врагов.

Раки очень разборчиво относятся к воде, и нередко случается, что они начинают вылезать из воды тотчас после помещения их в пруд, озеро или другой водоем, с виду вполне пригодные для их разведения. В таких случаях следует продержать их несколько дней или недель в корзине, круге, верше, опущенной в воду, и там кормить. Если после этого их выпустить на волю, то они стразу же начинают искать в воде места, где можно спрятаться и уже не стараются из воды не вылезать. В прудах с чистой водой, обильной растительностью и несильным притоком воды искусственным вскармливанием можно достичь быстрого выращивания раков.

Чтобы в прудах и других естественных водоемах повысить запасы речного рака и ракопродуктивность водоемов, необходимо вести правильное хозяйство, которое предполагает проведение биотехнических мероприятий в реках и водохранилищах и искусственное разведение раков в прудах. В прудовом раководстве под ракопродуктивностью понимается прирост раков за вегетационный период на единицу площади.

Чтобы определить величину ракопродуктивности прудов, необходимо из веса выращенного и выловленного количества раков (на единицу площади) вычесть их посадочный вес. Ежегодный прирост, получаемый в пруду на единицу площади за счет естественной пищи, называют естественной ракопродуктивностью, а прирост за счет естественной пищи и кормов, вносимых в пруд для кормления раков, – общей ракопродуктивностью. В естественных водоемах под ракопродуктивностью понимается продукция, то есть вылов раков за год из расчета на единицу площади.

Вылов раков, получаемых за счет естественной пищи, находящейся в водоемах, зависит от наличия пищи в и степени ее использования. Образование и развитие пищи в водоемах зависит от условий среды, способствующих интенсивности жизненных процессов. В результате сложных биологических процессов на дне водоема происходит разрушение микроорганизмами органического вещества ила, высвобождение окисленных элементов зольной части ила, обогащение воды минеральными солями и создание первичной продукции – фитопланктона и бактерий, поглощающих из воды раствор минеральных солей и органических соединений. В дальнейшем происходит развитие зоопланктона и бентоса, питающихся первичной продукцией (фитопланктоном и бактериями), необходимых для развития и роста раков.

Таким образом, ракопродукция создается вследствие биологического круговорота веществ, причем величина естественной ракопродукции зависит от интенсивности жизненных процессов, обусловливающих этот круговорот.

Данный текст является ознакомительным фрагментом.

Продолжение на ЛитРес

Разведение и выращивание ракообразных — презентация онлайн

1.

Разведение и выращивание ракообразных Лекция по дисциплине
«Культивирование нерыбных
объектов»

2. Выращивание раков

Раки относятся к членистоногим обитателям
пресноводных водоемов.
Существует два типа хозяйств по разведению раков —
прудовый и заводской. Экономически наиболее
выгодным считается прудовый. Поскольку разведение
раков процесс трудоемкий, начинающим раководам
целесообразно сначала выращивать сеголеток,
реализация которых при постоянном рынке сбыта
может дать немалую прибыль.
При разведении раков важное значение имеет
заготовка самок с живой икрой на плеоподах [ножках]
и их транспортировка в рачьи хозяйства. Чтобы
вырастить 1 т раков, необходимо заготовить 500—600
таких самок, которых отлавливают в природных
водоемах. В хозяйстве (маленькие пруды, бассейны
или специальные аппараты) проводят доинкубацию
зародышей, находящихся на плеоподах. При этом
очень важно создать хороший водообмен и аэрацию
воды.
В процессе разведения раков нужно постоянно
наблюдать за качеством воды, контролировать
количество растворенного в ней кислорода [не
менее 5—7] и водорода [7—9 мг/л). Водообмен
должен составлять примерно 500 л/мин на 1 га
водоема. Следует также тщательно изучить
природные кормовые ресурсы, которые есть в
водоеме, — водоросли, зоопланктон, черви,
сорная рыба и пр. Наличие природной
кормовой базы позволяет сократить затраты
на выращивание сеголеток и товарных раков.
Производителей раков помещают в пруды (площадь около 0,1 га, глубина 1,0—1,5 м, плотность
посадки 1—5 шт. на 1 м2). При температуре воды выше 7 °С им скармливают свежий или вареный
корм (мясо, боенские отходы, овощи, моллюски и т. д.). Средняя суточная дача должна
составлять 2% массы тела рака. Корм размещают на деревянных лотках [40×40 см]. При прудовом
способе разведения раков личинки первой стадии выходят в мае—июне. После второй линьки
молодь (животные, еще не достигшие величины взрослых раков) отлавливают и пересаживают в
маточный пруд, а личинки (маленьких рачков) доращивают до сеголеток массой 7—10 г. Их можно
доращивать в этом же пруду либо пересадить в другой, в котором условия удовлетворяют
требованиям зимовки. Раков-годовиков отлавливают и пересаживают в нагульные пруды, где
плотность посадки меньше, чем в предыдущем водоеме. В конце второго или на третьем году
жизни они достигают товарной массы 40—50 г при длине 9—10 см.
Получение молоди и товарных раков
возможно также в заводских условиях.
В последнее время биотехнология
культивирования раков в контролируемых
условиях совершенствуется.
Весь процесс промышленного
выращивания животных можно разделить
на несколько этапов:
• формирование и содержание маточного
стада,
• размножение;
• инкубация икры и подращивание
молоди;
• выращивание молоди до товарных
размеров.
Раков-производителей отлавливают в природных водоемах, размещают в заводских условиях,
где их выращивают в несколько этапов — летний нагул, процесс размножения, зимовка. Во
время летнего нагула самцов содержат отдельно от самок. При выращивании раков в
заводских условиях следует позаботиться об укрытиях (норах) для раков и регулярном
кормлении на специальных кормушках. Осенью самцов подсаживают к самкам (один самец
на две самки). После зимовки самок с икрой помещают в специальные инкубационные
аппараты (например, ИРИК, «Вейса», «Олсона» и др.), в которых каждую содержат отдельно.
Можно также собирать с самок икру и инкубировать ее в аппаратах при температуре 19-21 °С.
Водообмен при этом должен составлять 2 л/мин.
Предличинки, которые вышли из икры, до
первой линьки находятся в ячейках аппарата, а
после линьки начинают свободно передвигаться
и постепенно попадают в личинкособиратели.
Потом их подсчитывают и пересаживают в лотки,
ванны, бассейны, где кормят и подращивают до
жизнестойкой стадии. От каждой самки можно
получить не меньше 180 личинок второй стадии.
В природных условиях раки на всех стадиях
развития поедают организмы растительного и
животного происхождения. Для раков,
выращиваемых в заводских условиях,
специалисты разработали соответствующие
полноценные искусственные кормосмеси,
содержащие для сеголеток: сырого протеина —
42,6%, сырого жира — 8,12%, перевариваемого
протеина — 34,74%, клетчатки — 3,96%; для
товарных раков: сырого протеина — 24,2—34,3%,
сырого жира — 2,81—6,74%, перевариваемого
протеина — 24,68—27,85%, клетчатки — 6,8—
7,67%. Кроме того, в составе комбикорма
обязательно должны быть рыбные фарш или
мука [около 50%] и мел, поскольку кальций
необходим для построения карапакса [панцырь].
При заводском культивировании животных очень важно достичь частых линек, чтобы
обеспечить прирост. В прудах, где раков только подкармливают, можно вырастить до 30—50 кг
товарной продукции на 1 га водоема, а при регулярном кормлении на специальных
кормушках— примерно 40—50 г (1 рак) на 1 м2 площади дна.
Содержать и разводить речных раков можно и в домашних условиях (аквариумы, ванны),
однако в этом случае получают лишь небольшое количество личинок (рачков). Много хлопот
доставляет их кормление, сохранение от каннибализма, так что вырастить их до товарной
массы в домашних условиях очень сложно.
Чтобы получить 3—4 ц/га товарной продукции раков, нужно иметь не меньше 3—4 прудов,
подготовленных надлежащим способом.
Речные раки, как известно, в загрязненной воде не живут, поэтому мясо у них более чистое,
чем у других водных животных.

9. Выращивание креветки

Западная королевская
Креветка (Penaeus latisulcatus)
Креветка Медвежонок
шримс(Sclerocrangon salebrosa)
Из ракообразных животных креветки являются наиболее популярными объектами
культивирования. Во многих государствах, расположенных в тропической и
субтропической зонах Индийского и Тихого океанов, креветок с давних времен
выращивают в мелководных водоемах и на рисовых полях. Наиболее часто для
искусственного культивирования используют креветок, относящихся к семействам
Пенеидовые (Penaeidae) и Палемониды (Palaemonidae).
В тропических районах для устройства прудов используется литоральная зона. Участки дна в
результате строительства дамб превращаются в систему водоемов, связанных с морем
каналами и шлюзами. В период прилива пруды заполняются водой, вместе с которой туда
попадают и личинки, и молодь креветок. После перекрытия шлюзов креветки остаются в
прудах. При недостаточном количестве зашедших креветок в прибрежных районах
отлавливают молодь и переносят в водоемы. В прудах креветок подкармливают и содержат
до товарных размеров.
Рис в странах Юго-Восточной Азии выращивают обычно во время муссонных дождей,
когда имеется большое количество влаги. После сбора урожая на полях происходит частичное
испарение воды и ее соленость повышается. Приливные воды заносят креветок в каналы,
откуда их запускают на рисовые чеки, превращающиеся на время в мелководные и хорошо
прогреваемые водоемы. Креветки растут на рисовых полях в течение нескольких месяцев.
Описанный способ культивирования креветок не всегда эффективен, так как полностью
зависит от количества креветок, заходящих из моря. Специалисты многих стран ищут способы
разведения креветок, не зависящие от количества этих ракообразных в естественных
условиях.
На Филиппинах успешно выращивают тигровую креветку (Реnaeus monodon). Молодь
отлавливают и сортируют, помещают в глиняные сосуды и продают владельцам выростных
водоемов. Молодые креветки в течение 1-1,5 месяца содержатся в небольших прудах при
плотности посадки 300-500 тыс. шт./га, лишь затем их пересаживают в нагульные пруды.
Подкармливают креветок измельченной малоценной рыбой, мелкими ракообразными,
мясом моллюсков и некоторыми недорогими растительными кормами. Товарного веса (95100 г) креветки в различных водоемах достигают через 6-12 месяцев после посадки.
Ценным объектом выращивания считается гигантская креветка Макробрахиум
Розенберга (Macrobrachium rosenbergii). Эти креветки на ранних стадиях развития обитают в
соленых водах, а взрослые особи заходят в пресноводные водоемы, питаются там пищей
растительного и животного происхождения. Их икра оплодотворяется и созревает в пресной воде, но
перед выклевом личинок самки мигрируют в прибрежные соленые воды. После появления личинок
взрослые креветки возвращаются в пресноводные водоемы. Личинки в течение 1-1,5 месяца живут в
море, а затем концентрируются в опресненных районах. Через 7-8 месяцев они становятся
половозрелыми.
Для получения посадочного материала производителей отлавливают в реках и озерах с
помощью сетей, ловушек и сачков. Зрелых самок содержат отдельно от самцов и друг от
друга — по одному экземпляру в аквариуме. Самок после линьки помещают в аквариум к
самцу, где и происходит оплодотворение икры. Плодовитость одной самки колеблется от 10
до 100 тыс. икринок. Инкубация икры, прикрепленной под брюшком самки, длится 18-19
дней при температуре воды 26-28°С. Личинок содержат при температуре воды 27°С, рН 7,8 и
солености 12-14%. Подкармливать личинок начинают в возрасте 2-3 дней. При хороших
условиях и обильном кормлении за 2 месяца креветки вырастают до 5 см.
Морские креветочные хозяйства очень рентабельны. Лучше всего
разработана биотехника разведения и культивирования японской
тигровой креветки (Penaeus japonicus).
В Японии ежегодно на морских фермах получают более 900 т товарных
креветок. Свои методы культивирования креветок японские специалисты
широко пропагандируют и в других странах.
Выращивание креветок в Японии начинается со сбора производителей в прибрежных районах моря. Для этих
целей отбираются самки со зрелыми яйцами. Производителей содержат в бассейнах площадью 2-5 м2 и глубиной
0,3-1 м. После нереста и оплодотворения яиц взрослых креветок удаляют. Поступающая в бассейны вода
фильтруется и аэрируется. Температура поддерживается на уровне 25-28°С. Инкубация икринок веется при
искусственном освещении. Выклюнувшихся личинок, используя их реакцию на свет, собирают и пересаживают в
хорошо аэрируемые бассейны с культурами планктонных водорослей, служащих им кормом, Когда личинки
несколько подрастут, в их пищевой рацион вводятся науплиусы артемии и коловратки. Окрепшую молодь
выдерживают в бассейнах 20-25 дней, затем при весе 10-20 мг продают на морские фермы, специализирующиеся
на выращивании товарных рачков.
На креветочных фермах молодые креветки в течение некоторого времени содержатся в круглых сетчатых
садках, что облегчает уход за ними. Затем рачков рассаживают в бассейны или пруды, предварительно
освобожденные от растительности и хищников. Дно бассейнов и прудов покрыто слоем песка и гравия, куда
креветки закапываются в светлое время суток.
Молодь креветок кормят в утренние и вечерние часы свежей молотой рыбой, фаршем из
мяса моллюсков и мелких ракообразных, червями и искусственными кормами,
включающими в свой состав клейковину из зерна, крахмальный клей и дрожжи. Обычно
дневной рацион составляет 5-10% общего веса креветок. Товарного веса (15-25 г) рачки
достигают за 6 месяцев выращивания. Выживаемость их при различных условиях
содержания колеблется от 30 до 80%.
В южных регионах России выращивают гигантскую пресноводную креветку. Одним из самых
важных факторов для разведения креветок является температурный режим. Оптимальным для
размножения и комфортного существования считаются 22-28 градусов тепла. Температура ниже
данных значений приводит к замедлению жизнедеятельности ракообразных, а в более прохладных
условия (меньше 13 градусов) креветка гибнет. В связи с этим, разведение креветок под открытым
небом в условиях зимних холодов невозможно.
Водоем для культивирования креветки должен располагаться вблизи реки, для постоянного забора
воды. Глубина такого водоема может колебаться от 0,5 до 1,5 метров. Также необходимо на дне
водоема устроить укрытие для креветок (плитки черепицы, листы шифера, обломки труб и прочее).
Питаются креветки кормами животного и растительного происхождения. Перед размножением
креветок кормят в избыточном режиме, используя в основном живые корма, чтобы они получали не
менее 30% протеина.
Для размножения самок в течение трех недель выдерживают в лотках с
пониженной температурой (20-220 С ), затем в течение трех дней ее поднимают до 28-29
0С. Таким образом, можно добиться синхронности нереста.
Спаривание, икрометание и начальные стадии инкубации икры происходят в лотках
первой установки питомника, где постоянно содержатся производители. Инкубация
икры на плеоподах самок в наших опытах продолжалась 16-19 суток. Все это время
самки ухаживали за икрой: отбирали мертвые яйца, вентилировали кладки
движениями плавательных ножек. Каждую особь при этом необходимо содержать в
отдельном сетчатом садке. Через сутки после начала выклева личинок, самок снова
переводят в лотки первой установки с пресной водой, где содержится маточное стадо.
За это время успевает выйти около 70 — 80% наиболее полноценных личинок.
Артемии: только что вылупившаяся
(слева) и через 24 часа,
витаминизированная (справа)
Выращивание личинок гигантской пресноводной креветки наиболее сложная часть биотехники искусственного разведения этого
вида: именно на этот период приходится их наибольшая смертность.
Поэтому в период их развития и выращивания необходимо особенно
внимательно поддерживать все параметры среды на оптимальном
для личинок уровне: t° — 27 — 29°С, содержание растворенного в воде
кислорода не менее 5 мг/л, соленость 12 о/оо, рН 8,0 — 8,2,
содержание (нитритов не более 0,1 мг/л, других соединений азота — не
более 0,001 мг/л, освещенность 4000 лк, продолжительность
светового дня 12 часов, темного времени суток 12 часов,
концентрация пищевых частиц не ниже 5-10 шт/мл, плотность посадки
личинок не выше 30 экз/л.
Вылупление личинок из икры происходит в садочках из
мельничного шелкового газа, в которых их выращивали до
метаморфоза. В каждый из них помещают один выводок — потомство
одной самки (в нашей практике это, как правило, 15 — 20 тыс. личинок).
Плотность посадки личинок в целом в выростной емкости
(лотке,бассейне) не должна превышать 30 — 50 тыс.шт/ куб.м.
Вылупившихся личинок начинают кормить со второго дня жизни
однодневными науплиями артемии в количестве 8-10 штук на 1
личинку, 5 раз в сутки. На пятый день вводят неживые корма:
измельченный желток вареного куриного яйца, мелко-рубленный
рыбный фарш. Весь период выращивания уровень кормления должен
значительно превышать их потребности, составляя не менее 200% от
их массы в сутки.
Массовый метаморфоз личинок в постличинок происходит на 32 — 35 сутки их выращивания. Особей не
прошедших метаморфоз, отделяют. Постличинок пересаживают в вырастные емкости, там они ведут донный
образ жизни. На каждые 30 тысяч постличинок требуется объем воды не менее 30 куб.м. По мере роста молоди,
плотность посадки постепенно снижается и к третьему месяцу выращивания и достижения ими массы в 1,5 — 3,0 г
составляет до 300 — 500 экз./кв.м. Суточный рацион кормления постличинок в первые две недели после
метаморфоза составляет 100% от массы креветок, к месячному возрасту снижается до 80% и к двум месяцам
падает до 50%. Через 2,5-3 месяца молодь креветки достигает массы 1,5-3 грамма и в дальнейшем служит
посадочным материалом для товарного выращивания. Поскольку креветки растут неравномерно, рекомендуется
регулярный отлов крупных экземпляров, что улучшает условия роста особей, не достигших товарного размера.
Выращивание проводят в период со второй — третьей декады мая и до второй декады сентября, когда
температура воды достаточно устойчива и превышает 20°С, пруды имеют слабую проточность, естественная
кормовая база достаточна для их роста. Гигантская пресноводная креветка потребляет растительную пищу, но
предпочтение отдает животной. При совместном выращивании с рыбой креветки поедают экскременты рыб,
остатки искусственных кормов, а также трупы погибших рыб, являясь таким образом своеобразными санитарами
в нагульных водоемах, улучшая их санитарно-эпидемиологическое состояние.

22. Культивирование Омаров

Омары — холодноводные и крупные
представители ракообразных. Канадский
(Homarus americamis) и европейский
(Nephrops nosveigicus) омары обитают на
скалистых и каменистых грунтах
Атлантического океана у берегов Канады и
Европы. Они достигают массы 15-20 кг, длины
0,8 м. Другие виды омаров имеют меньшую
длину-0,5 м, массу до 6 кг. Все они являются
объектами промысла и в последние
десятилетия объектами культивирования в
США, Канаде, Норвегии и других странах.
В водах России омаров нет, но их можно
использовать для культивирования и
поэтапной акклиматизации в прибрежных
водах Баренцева, Японского и Охотского
морей.
Омары обитают при солености не ниже 30 %0
в зонах с температурами 0-200 С. Линяют с
апреля по январь при температуре 3,3-200 С,
наиболее активно линяют при 15-200 С.
Спаривание омаров происходит летом, как
правило, через две недели после линьки
самки. Яйца самки носят у себя под
брюшком до тех пор, пока из них не
вылупится молодь. Количество яиц у омаров
зависит от возраста и размеров: у
американского омара 5-12 тыс. шт., но может
доходить и до 90 тыс., у европейского 8-32
тыс.; у норвежского 1,3-4 тыс. С момента
спаривания до вылупления личинок
проходит 1,5-2 мес. Вылупляются личинки
при 9-200 С весной яиц летом.
Разведение омаров в искусственных
условиях начинается с поиска,
поимки и отбора производителей.
Наиболее подходящие экземпляры,
рассаживают в бассейны или
проволочные садки.
Для получения планктонных
личинок применяют два метода:
• первый — отбирают самок с икрой,
близкой к вылуплению, снимают
икру с брюшка и инкубируют ее в
непрерывном токе воды вплоть
до вылупления личинок;
• второй — самок с икрой
выдерживают в бассейнах до
появления личинок.
Личинки в течение первых 9-33 сут ведут пелагический образ жизни, оседая затем на дно.
Продолжительность пелагического периода зависит от температуры воды. Находясь в водной
толще на первых личиночных стадиях, рачки в природе являются легкой добычей хищников. В
первые три недели из каждых 10 тыс. личинок в живых остается лишь одна. В питомниках
личинок переносят в цилиндрические сосуды с вогнутым дном. Постоянный ток воды,
поступающей снизу, поддерживает личинок в толще, не позволяя им опускаться на дно и
нападать друг на друга, так как личинкам и молоди омаров свойствен каннибализм, что
затрудняет их выращивание.
Кормят личинок омаров размолотой печенью, мясом ракообразных и, моллюсков через 3 ч,
что свидетельствует о высокой интенсивности переваривания пищи. После четвертой линьки
омаров длиной 1,5 см выпускают в море. Выживание личинок в питомниках 22-40 %. Если
личинок держат отдельно и разреженно, то выживание повышается до 90 %.
Омары обладают огромной экологической потенцией. В природе у берегов Канады они обитают при
температуре 3-150 С, а в питомниках переносят температуру до 310 С. Содержание самок в бассейнах при 200 С
способствует ускорению развития эмбрионов, и выклев личинок наступает на 3 месяца раньше, чем в естественных
условиях. При температуре воды 27-310 С развитие личинок ускоряется в несколько раз. Путем создания условий в
питомниках, при которых максимально реализуются биопотенциальные свойства, возможно выращивание омаров
до товарной массы за 2 года.
Массовому выращиванию омаров в искусственных условиях, от личинки до особей промыслового размера, пока
мешают каннибализм в личиночном периоде развития и склонность взрослых особей вести уединенный образ
жизни. Учитывая эту склонность, разработана конструкция фермы для выращивания омаров: на сваях крепят клетки
с ячеями для одиночного содержания омаров. В нашей стране омаров можно; выращивать в Кольском заливе
Баренцева моря.

28. Выращивание лангустов

Лангусты — морские животные, предпочитающие каменистый
грунт, прозрачную воду, насыщенную кислородом,
температуру не выше 15-180 С.
Представители родов Panulirus и Palinurus имеют
промысловое значение. Половозрелые особи достигают
длины 50- 70 см и массы 8-13 кг, но чаще встречаются особи
длиной 20-40 см и массой 2-4 кг. Питаются они донными
беспозвоночными (моллюсками, ракообразными и др.) и
мелкой рыбой. Сами являются ценным объектом промысла и
культивирования. Обычно на морских фермах выращивают
до промысловых размеров молодь лангустов, пойманную в
море. Находясь в водоемах для выращивания, лангусты
нуждаются в чистой воде без взвеси и без следов токсичных
веществ. На ранних стадиях развития личинок кормят
науплиусами артемии, а на более поздних-яйцами морских
ежей, икрой и личинками рыб, взрослой артемией. Их
кормовой коэффициент равен 6. Опыты японских ученых
показали, что очень хорошие результаты получаются при
кормлении молоди лангустов смесями, включающими
аргинин, экстракт печени каракатицы, глюкозу, витамин С и
другие компоненты.
Лангусты очень плодовиты, одна самка
откладывает от 0,5 до 1,5 млн. яиц. В
естественных условиях в море выживают.
лишь отдельные личинки. Лангусты в
период размножения образуют так
называемые миграционные цепочки,
напоминающие железнодорожный состав.
В такой цепочке голова второго лангуста
касается хвоста первого и т. д. Цепь может
насчитывать до 30 и более лангустов.
Многие виды лангустов имеют длительные
пелагические стадии развития, что очень
затрудняет их искусственное разведение и
выращивание.
И все же достигнуты определенные успехи в культивировании лангустов. Кроме того,
молодь лангустов, пойманную в море, размещают в прудах и бассейнах, где она растет до
промыслового размера.
В нашей стране лангустов можно выращивать в Приморском крае. В районе Черного моря
их можно содержать осенью и весной в садках с целью подращивания.

31. Культивирование краба

Крабы относятся к отряду десятиногих ракообразных. Они обитают во всех морях и океанах
в соленой, солоноватой и почти пресной воде, от уреза воды до глубин 6 км. многие виды
съедобны и имеют промысловое значение. Большинство из них обитают в тропической зоне и
сложат объектами промысла и выращивания (краб-плавунец, голубой краб, японский краб и
др. ). Основными препятствиями для культивирования крабов являются длительный и сложный
метаморфоз личинок, в период которого большая часть личинок погибает, и каннибализм
крабов.
В России имеют важное промысловое значение холодноводные
крабы-камчатский, или королевский (Paralithodes camtschatica), и
синий краб (Paralithodes platypus), обитающий в северной части Тихого
океана при температуре 2-70 С. Они переносят колебания температуры
от минус 2 до 180 С.
Королевский краб обитает в соленой морской воде преимущественно у берегов Камчатки. После
зимовки косяки самцов и самок встречаются на глубинах от 5 до 30 м при температуре 2-40 С. После линьки
самки происходит спаривание. Отложенную и прикрепленную к брюшным ножкам икру самка носит 11,5
мес. Следующей весной при миграции на мелководья из яиц вылупляются, личинки — протозоэа, которая
затем превращается в зоэа, остается в толще воды около 2 мес, 4 раза линяет, переходит в стадию глаукотоэ и
оседает на дно, превращаясь после линьки в малька. Молодые крабы живут в зарослях водорослей. Крабы
живут 20-23 года. Ширина карапакса достигает 25 см, однако средняя-12,5 см, а масса-7 кг.
Размножаться королевский краб начинает поздно. Самки откладывают икру на 5-6-м году жизни, а самцы
становятся половозрелыми в возрасте 8-10 лет. Приблизительно в этом возрасте крабы достигают
промыслового размера. В естественных условиях самка выметывает до 200 тыс. яиц, из которых до перехода
от пелагических стадий до донной доживают лишь 7 тыс., или 3,5 %.
В толще воды личинки краба живут около 2 мес, и это создает трудности при
их культивировании. И все же в экспериментальных бассейнах выживаемость
личинок краба выше и составляет 10 %.
На ранних стадиях развития кормом для крабов служат личинки
двустворчатых моллюсков, балянусов и артемии. Рост и развитие личинок краба
ускоряются при повышении температуры и круглосуточной освещенности
бассейнов.
Культивирование краба возможно несколькими способами:
• 1 Сбор личинок на коллекторы, подpащивание до
жизнестойкого размера с последующим выращиванием в природных
условиях на естественных субстратах.
• 2 Сбоp личинок на коллектоpы с последующим
выращиванием до жизнестойкого размера на установках
маpикультуpы в поликультуpе.
• 3 Сбоp молоди с коллектоpов и установок маpикультуpы с
последующим доpащиванием до жизнестойкого pазмеpа в
контpолиpуемых условиях.
• 4 Получение личинок в контpолиpуемых условиях с выпуском
подpащенных личинок на стадии оседания на коллектоpы и
установки маpикультуpы с последующим доpащиванием до
жизнестойких pазмеpов.
• 5 Получение личинок и подpащивание молоди в
контpолиpуемых условиях до жизнестойких pазмеpов с
последующим выpащиванием на естественных субстpатах и
установках маpикультуpы.
• 6 Получение личинок с последующей кpиоконсеpвацией.
Использование кpиобанка личинок для pеализации способов 4,5.
Способы культивиpования пеpечислены в поpядке усложнения
и удоpожания стаpтовых затpат и технологического обоpудования, а
также в поpядке увеличения стабильности и эффективности
пpоизводства товаpного кpаба.

36. Спасибо за внимание!

Исследование искусственной инкубации яиц Cherax quadricarinatus

Аквакультура. 2020 15 декабря; 529: 735576.

, A, B , B , , , , , , , , B , a, ⁎ и B, ⁎

Cheng Shun

a Школа морских наук Университета Нинбо, Нинбо, Чжэцзян 315211, Китай

b Чжэцзянский институт пресноводного рыболовства, Ключевая лаборатория здоровой пресноводной аквакультуры Министерства сельского хозяйства, Ключевая лаборатория генетики и разведения пресноводных водных животных провинции Чжэцзян, Huzhou, Zhejiang 313001, China

Jia Yong-yi

b Чжэцзянский институт пресноводного рыболовства, Ключевая лаборатория здоровой пресноводной аквакультуры Министерства сельского хозяйства, Ключевая лаборатория генетики и разведения пресноводных водных животных провинции Чжэцзян, Хучжоу, Чжэцзян 313001, Китай

Chi Mei-li

b Чжэцзянский институт пресноводного рыболовства, ключевая лаборатория Министерства сельского хозяйства eshwater Aquaculture, Ключевая лаборатория генетики и разведения пресноводных водных животных провинции Чжэцзян, Хучжоу, Чжэцзян 313001, Китай

Лю Ши-ли

b Чжэцзянский институт пресноводного рыболовства, Министерство сельского хозяйства Ключевая лаборатория здоровой пресноводной аквакультуры, ключевая лаборатория отдела генетики и разведения пресноводных водных животных провинции Чжэцзян, Хучжоу, Чжэцзян 313001, Китай

Чжэн Цзянь-бо

b Чжэцзянский институт пресноводного рыболовства, Министерство сельского хозяйства Ключевая лаборатория здоровой пресноводной аквакультуры, Ключевая лаборатория генетики пресноводных водных животных и Разведение провинции Чжэцзян, Хучжоу, Чжэцзян 313001, Китай

Ван Дан-ли

а Школа морских наук, Университет Нинбо, Нинбо, Чжэцзян 315211, Китай

Гу Чжи-мин

2 Пресноводного рыболовства, Ключевая лаборатория Министерства сельского хозяйства здоровой пресноводной воды aculture, Ключевая лаборатория генетики и разведения пресноводных водных животных провинции Чжэцзян, Хучжоу, Чжэцзян 313001, Китай

a Школа морских наук, Университет Нинбо, Нинбо, Чжэцзян 315211, Китай

b Чжэцзянский институт пресноводного рыболовства , Ключевая лаборатория здоровой пресноводной аквакультуры Министерства сельского хозяйства, Ключевая лаборатория генетики и разведения пресноводных водных животных провинции Чжэцзян, Хучжоу, Чжэцзян 313001, Китай

Поступила в редакцию 30 апреля 2020 г . ; Пересмотрено 1 июня 2020 г .; Принято 1 июня 2020 г.

Copyright © 2020 Elsevier B.V. Все права защищены.

С января 2020 года Elsevier создал ресурсный центр COVID-19 с бесплатной информацией на английском и китайском языках о новом коронавирусе COVID-19. Ресурсный центр COVID-19 размещен на Elsevier Connect, общедоступном новостном и информационном веб-сайте компании. Настоящим Elsevier разрешает сделать все свои исследования, связанные с COVID-19, которые доступны в ресурсном центре COVID-19, включая этот исследовательский контент, немедленно доступными в PubMed Central и других финансируемых государством репозиториях, таких как база данных COVID ВОЗ с правами на неограниченное повторное использование в исследованиях и анализы в любой форме и любыми средствами с указанием первоисточника.Эти разрешения предоставляются компанией Elsevier бесплатно до тех пор, пока ресурсный центр COVID-19 остается активным.

Abstract

Краснопалый рак, Cherax quadricarinatus , является экономически ценным пресноводным раком. Тем не менее, некоторые производственные препятствия, такие как низкая скорость вывода яиц и асинхронный вывод, препятствуют его развитию в отрасли аквакультуры. Искусственная инкубация яиц может решить эти проблемы. В данном исследовании изучалась технология искусственной инкубации яиц краснопалых раков.Были получены следующие результаты: 1) 75% спирт в качестве дезинфицирующего средства в течение 60 с оказывал предпочтительное антибактериальное действие и повышал скорость вывода; 2) плотность 300 и 600 яиц/инкубатор приводила к значительно более высоким коэффициентам вывода и выживаемости, чем при плотности 900 яиц/инкубатор; 3) при плотности 600 яиц/инкубатор оптимальное количество сеток для прикрепления только что вылупившейся молоди составило 20 штук на инкубатор; 4) при плотности 600 яиц/инкубатор и 20 шт. сетки/инкубатор вывод составил 82.05% ± 4,09%, выживаемость составила 55,12% ± 7,51%, всего было выращено 129 200 SPF (свободных от специфических патогенов) проростков. Эту искусственную инкубационную систему поддерживали в состоянии, близком к асептическому, с отсутствием вируса белой точки, иридовируса , вибриона и инфузорий; это справедливо для всех используемых источников воды и для инкубации как икры, так и молоди раков. В заключение, если мы внедрим разумные методы дезинфекции, обнаружения SPF и выделения патогенов, а также используем оптимальную плотность яиц и системы инкубации, возможно крупномасштабное производство SPF рассады Cherax quadricarinatus .

Ключевые слова: Cherax quadricarinatus , Раки, Искусственная инкубация, Яйцо, SPF

1. Введение

Cherax quadricarinatus , широко известный как краснопалый рак, является экономически ценным пресноводным раком с выдающимися преимуществами и широкими перспективами для аквакультуры и развития (Jones, 1990; Zheng et al., 2019). Он произрастает в тропической северной Австралии и на юге Новой Гвинеи (Ghanawi and Saoud, 2012). Он может достигать высоких рыночных цен из-за своего гастрономического качества и высокого спроса (Edgerton, 2005; Webster et al., 2002). С момента интродукции и пробного выращивания краснопалых раков в начале 1990-х годов в Китае была разработана технология искусственного разведения в закрытых помещениях (Gu et al. , 2003). Тем не менее, все еще существуют некоторые препятствия для индустриализации краснопалых раков, такие как низкая скорость вылупления и асинхронное вылупление.

Для решения этих производственных проблем можно использовать технологию искусственной инкубации. Это также позволяет лучше контролировать условия окружающей среды, такие как качество воды и распространенность хищников и болезней.Кроме того, он требует меньше места, энергии и труда и позволяет получать животных, свободных от афаномикоза (Jose et al., 1999; Edgerton, 1999; Evans and Edgerton, 2002). Разработка этой технологии для производства раков уже давно привлекает внимание ученых и аквакультуристов многих стран (Jones and Valverde, 2020). В Китае Zhu et al. (2002) впервые попытались вывести яйца Procambarus clarkii in vitro, но их результаты показали значительно более низкую выводимость в искусственно инкубируемых яйцах по сравнению с яйцами, прикрепленными к материнским плеоподам.В 21 веке исследователи успешно провели множество исследований по искусственной инкубации яиц раков и добились прорывов в области дезинфицирующих средств, методов инкубации, инкубационной системы и других компонентов. Что касается дезинфицирующих средств, большинство исследований показали, что формальдегид (1500–4500 частей на миллион, вводимый каждые 2–3 дня в течение 15–25 минут) может значительно контролировать рост грибков, убивать паразитов и улучшать выводимость (Celada et al., 2004). ; Melendre et al., 2006; Melendre et al., 2007; Роюэла и др., 2009 г.; Антонин и др., 2010). Тем не менее, существуют опасения по поводу безопасности использования формальдегида из-за его предполагаемой канцерогенности и потенциального неблагоприятного воздействия на водную среду (Arndt et al., 2001). Обычное дезинфицирующее средство на основе 75% спирта может инактивировать большинство бактерий и вирусов (Lio-Po et al., 1982; Wang et al., 2013), включая коронавирус (COVID-19). Поэтому необходимо изучить его как дезинфицирующее средство при искусственной инкубации икры раков. Что касается методов и систем инкубации, Brian et al.(2001) применили подвесные апвеллеры для искусственной инкубации яиц Cherax destructor и добились средней выживаемости 87%, что было равно или лучше, чем выживаемость, наблюдаемая при инкубации с матерью. Другие исследователи оценили искусственную инкубацию яиц раков в рециркуляционных системах и обнаружили, что такие системы позволяют успешно проводить искусственную инкубацию икры благородных раков ( Astacus astacus ) (Antonín et al., 2010; Antonín et al., 2011; Jones и Вальверде, 2020 г.).

Целью исследования является изучение технологии искусственной инкубации яиц краснопалых раков путем подбора дезинфицирующих средств и оптимизации технологического процесса. Полученные результаты позволят создать технологию получения рассады SPF (свободной от конкретных патогенов), которая подходит для производства C. quadricarinatus , свободной от определенных патогенов.

2. Материалы и методы

Процесс искусственной инкубации включает дезинфекцию, инкубацию in vitro, обнаружение SPF и выделение возбудителя.Яйца были получены от самок C. quadricarinatus с плодами в Чжэцзянском институте пресноводного рыболовства, Хучжоу, Китай. Было задействовано 805 самок (вес 69,15 ± 11,04 г, длина тела 108,53 ± 12,44 мм, длина брюшка 53,75 ± 4,15 мм). У всех самок первого нереста, и все они одного возраста, качество икры в момент старта было одинаковым. Инкубационная система состояла из четырех основных компонентов: инкубатора ZISS (от компании Zissaqua в Корее, объем: 500 мл), озонового стерилизатора (мощность: 130 Вт, производство озона: 5 г/л), инкубатора (100 мл). × 40 × 40 см) и тепличный бассейн (площадь 13 м 2 ) с газопроводом и надувной трубой для подогрева воды в бассейне.Инкубатор ZISS был основным компонентом устройства; он мог удерживать яйца в состоянии непрерывного качения с контролируемым динамическим потоком воды по принципу гравитации. Яйца в инкубаторе ЗИСС находились в среде, богатой кислородом, а стабильный циркулирующий поток воды поворачивал их равномерно и мягко ( ). Семь инкубаторов помещали в инкубационный бак, а по десять инкубационных баков — в каждый бассейн теплицы. Для поддержания температуры воды как внутри, так и снаружи инкубационных емкостей на уровне 28–30 °С использовался природный газ. Для инкубации использовали один резервуар, а инкубационную воду дезинфицировали с помощью озонового стерилизатора каждый день в течение 2 ч. Воду в баке меняли через день.

Структура инкубатора ЗИСС. (а) Клапан регулирования кислорода. (b) Фильтрующая губка. (с) Выход. (d) Дугообразное дно. (е) Сукер. (е) Эйрстоун. Стрелки показывают вход воды, выход воды и маршрут зарядки кислородом в инкубаторе ZISS.

2.1. Эксперимент 1: изучение действия различных дезинфицирующих средств

Яйца осторожно отделяли от плеоподов с помощью гребенки, чтобы аккуратно, но прочно отделить яйца от яйценосных щетинок, к которым они прикреплены, и непосредственно в чашку для культивирования, и стерилизовали различными дезинфицирующими средствами. .Работали 18 самок, яйца в каждом инкубаторе от 2 самок. Были протестированы три варианта обработки:

Затем яйца дважды промывали стерильной водой, а по 10 яиц из каждой группы измельчали ​​с 200 мкл стерильной воды. Измельченные яйца разбавляли в 100 раз и затем культивировали на кровяном агаре (для выявления аэробных и факультативно-анаэробных бактерий) и ТХБС (в основном для выявления Vibrio ). Через 24 часа подсчитывали количество бактерий для определения бактериостатического эффекта.Остальные яйца помещали в инкубатор. Воду, используемую для инкубации, дезинфицировали озоном, а яйца дезинфицировали 75% спиртом в течение 60 с через день до начала вылупления. Температуру инкубационной воды поддерживали на уровне 28–30 °С. После вылупления подсчитывали количество молоди 1-й стадии. Определяли скорость вылупления (коэффициент вылупления = количество молодых особей на стадии 1/количество яиц). Было проведено три параллельных эксперимента при каждом условии дезинфицирующего средства.

2.2. Эксперимент 2: изучение влияния разного времени дезинфекции

Яйца отделяли от сот и стерилизовали 75% спиртом в течение разного времени дезинфекции. Работали 24 самки, яйца в каждом инкубаторе от 2 самок. Было испытано четыре времени дезинфекции:

Затем яйца дважды промывали стерильной водой и использовали по 10 яиц из каждой группы для определения бактериостатического эффекта в соответствии с этапами обнаружения, использованными в эксперименте 1. Остальные яйца инкубировали, следуя тем же шагам, что и в эксперименте 1. Наконец, определяли скорость вылупления. Для каждого времени дезинфекции проводили по три параллельных эксперимента.

2.3. Эксперимент 3: изучение влияния различной плотности яиц

Яйца отделяли от сот и стерилизовали 75% спиртом в течение 60 с. Простерилизованные яйца промывали стерильной водой, обогащенной кислородом, и помещали в инкубатор. Было занято 18 самок, икру в каждом инкубаторе от 1 до 3 самок.Были протестированы три плотности:

Протокол инкубации был таким же, как и в эксперименте 1. Наконец, было определено количество мальков стадии 1 и стадии 3. Были определены коэффициент вылупления и коэффициент выживаемости (коэффициент выживаемости = количество молодых особей на стадии 3/количество яиц). Для каждой плотности яиц проводили три параллельных эксперимента.

2.4. Опыт 4: изучение влияния кусочков сетки на вывод

Яйца отделяли от сот и затем стерилизовали 75% спиртом в течение 60 с. Простерилизованные яйца промывали стерильной водой, обогащенной кислородом, и помещали в инкубатор с плотностью 600 яиц/инкубатор. Использовали двенадцать инкубаторов, и в каждый инкубатор заранее добавляли кусочки сетки (2,0 × 2,0 см). Работали 24 самки, яйца в каждом инкубаторе от 2 самок. Было испытано четыре количества кусков сетки:

Протокол инкубации был таким же, как и в эксперименте 1. Наконец, было определено количество молоди на стадии 1 и стадии 3. Были определены показатели вылупления и выживаемости.Для каждого количества кусков сетки проводили три параллельных эксперимента.

2.5. Эксперимент 5: Генерация SPF (включая обнаружение SPF и выделение патогенов)

Все яйца отделяли от сот и стерилизовали 75% спиртом в течение 60 с. Простерилизованные яйца промывали стерильной водой, обогащенной кислородом, и помещали в инкубатор. Работала 721 самка, яйца в каждом инкубаторе от 2-х самок. Наконец, количество молодых особей стадии 1 и стадии 3 было определено количественно. Были определены показатели вылупления и выживаемости.

Мы провели SPF-детекцию на племенных раках, яйцах и инкубационной воде до и после дезинфекции; яйца и вода во время инкубации; и стадия 1 и стадия 3 несовершеннолетних. При этом в качестве контроля исследовали икру, воду, только что вылупившихся раков (молодь 1-й стадии) и свободноподвижных раков (мальков 3-й стадии) в период инкубации матери. Методы обнаружения были основаны на перечне болезней, связанных с креветками, Всемирной организации по охране здоровья животных (OIE), а также на отраслевых стандартах инспекции при въезде и выезде из Китая и карантинных отраслевых стандартах.Помимо обычных болезней краснопалых раков нами обнаружен вирус белой пятнистости, вирус радужной оболочки, , вибрион , инфузории и другие колонии; эти данные могут помочь предотвратить и изолировать вторжение эпидемических заболеваний. Все инкубационные устройства должны храниться в закрытом помещении. Инкубационная вода должна регулярно стерилизоваться озоновым стерилизатором и должна быть изолирована от других источников загрязнения. Следует избегать возможного перекрестного заражения, и люди не должны входить в закрытую зону инкубации в период культивирования.Во избежание эпидемии должны проводиться строгие процедуры дезинфекции.

2.6. Статистический анализ

Все данные представлены как среднее ± SD. Статистический анализ проводился с использованием программного обеспечения Statistica для Windows. Для всех статистических тестов значений P <0,05 считались значимыми.

3. Результаты

3.1. Выбор лучшего дезинфицирующего средства

Результаты бактериостатического теста показали, что наилучший антибактериальный эффект оказывала дезинфекция 75%-ным спиртом в течение 60 с, а яйца в этих условиях не несли Vibrio ( ).Через 7 дней инкубации яйца вылупились со следующими коэффициентами выклева: стерильная вода (65,29 ± 6,20)%, 75%-й спирт (88,11 ± 2,76)%, 2000 млн формальдегида (89,16 ± 5,08)%. Показатели вылупления яиц, продезинфицированных формальдегидом 2000 частей на миллион и 75% спиртом, были значительно выше, чем у яиц, продезинфицированных стерильной водой ( P  < 0,05), но не было существенной разницы между формальдегидом 2000 частей на миллион и 75% спиртом. ( P  > .05) ().

Антибактериальный эффект и эффект скорости вылупления различных дезинфицирующих средств.(A) Антибактериальный эффект различных дезинфицирующих средств. (а) Стерильная вода в течение 60 с в качестве контроля. (b) 2000 частей на миллион формальдегида в течение 15 мин. (c) 75% спирт в течение 60 с. Верхний ряд выявляли кровяным агаром; нижний ряд был обнаружен TCBS. (B) Скорость вылупления с различными дезинфицирующими средствами. Данные являются средствами троек. Столбики погрешностей представляют SEM. Столбцы, помеченные разными буквами, существенно различаются ( P  < 0,05).

3.2. Выбор наилучшего времени дезинфекции

Результаты показали, что 75% спирт в течение 60 с и 90 с обладал лучшим антибактериальным действием, чем другие дезинфицирующие средства ( ).Через 7 сут инкубации яйца вылупились со следующими скоростями вывода: 75%-й спирт в течение 10 с (75,53 ± 2,56) %, 30 с (81,25 ± 4,34) %, 90 с (81,78 ± 4,88) %, 60 с (84,47) %. ± 1,71)%. Вылупление яиц, продезинфицированных 75%-ным спиртом в течение 60 с, было значительно выше, чем у яиц, продезинфицированных 75%-ным спиртом в течение 10 с ( P  < 0,05), и не было никаких существенных различий между другими группами ( P  > .05) ().

Антибактериальный эффект и эффект вылупления при различной продолжительности дезинфекции.(A) Антибактериальный эффект разного времени дезинфекции. (а) 75% спирт в течение 10 с. (б) 75% спирт в течение 30 с. (c) 75% спирт в течение 60 с. (d) 75% спирт в течение 90 с. Верхний ряд выявляли с помощью кровяного агара, а нижний ряд выявляли с помощью TCBS. (B) Скорость вылупления разного времени дезинфекции. Данные являются средствами троек. Столбики погрешностей представляют SEM. Столбцы, помеченные разными буквами, существенно различаются ( P  < 0,05).

3.3. Выбор наилучшей плотности яиц

Результаты показали, что яйца вылупились через 7 дней инкубации, а через 16 дней яйца развились до стадии 3. Показатели вывода были следующими: 900 яиц/инкубатор (78,99 ± 3,15) %, 600 яиц/инкубатор (86,65 ± 3,09) %, 300 яиц/инкубатор (87,46 ± 3,63) %. Выживаемость была следующей: 900 яиц/инкубатор (50,67 ± 2,10) %, 600 яиц/инкубатор (57,05 ± 2,64) %, 300 яиц/инкубатор (57,81 ± 1,86) %. Показатели вылупления и выживаемости яиц, инкубированных при плотности 300 и 600 яиц/инкубатор, были значительно выше, чем у яиц, инкубированных при плотности 900 яиц/инкубатор ( P  < 0,05). Не было существенной разницы в коэффициенте вылупления или выживаемости между плотностью 300 и 600 яиц/инкубатор ( P  > .05) ( ).

Коэффициент вылупления и выживаемость при разной плотности яиц. Данные являются средствами троек. Столбики погрешностей представляют SEM. Столбцы, помеченные разными буквами, существенно различаются ( P  < 0,05).

3.4. Влияние разного количества кусочков сетки

Результаты показали, что яйца вылупились через 7 дней инкубации и что через 16 дней яйца развились до стадии 3. Показатели вылупления были следующими: 0 чистых штук (85,55 ± 3.11)%, 25 шт. нетто (85,57 ± 3,59)%, 15 шт. нетто (85,67 ± 5,01)%, 20 шт. нетто (86,29 ± 3,54)%; существенных различий между группами не было ( P  > 0,05). Показатели выживаемости были следующими: 0 чистых частей (52,37 ± 2,30) %, 25 чистых частей (60,75 ± 2,94) %, 15 чистых частей (61,64 ± 5,30) %, 20 чистых частей (63,19 ± 4,72) %. Показатель выживаемости существенно не отличался между группами с 15, 20 и 25 кусочками сетки ( P  > 05), но показатели были значительно выше для всех этих групп по сравнению с таковой с 0 кусочками сетки ( P  < .05). Вылупление и выживаемость группы с 20 сетками были самыми высокими при плотности 600 яиц/инкубатор ( ). Кроме того, яйца с плесенью были обнаружены в сердцевинных областях скоплений только что вылупившейся молоди только в 0 группах чистых кусков ().

Влияние разного количества частей сетки. (A) Скорость вылупления и выживаемость для разного количества чистых штук. Данные являются средствами троек. Столбики погрешностей представляют SEM. Столбцы, отмеченные разными буквами, существенно различаются ( P  < .05). (B) Эффект чистых частей. (a) Группа 0 чистых кусочков, яйца с плесенью в сердцевине скоплений только что вылупившейся молоди. (b) Группа из 20 чистых кусочков, без заплесневелых яиц.

3.5. Поколение SPF

На основе предыдущих экспериментов мы провели масштабные эксперименты. Яйца стерилизовали 75% спиртом в течение 60 с, промывали стерильной водой, обогащенной кислородом, и помещали в инкубатор. Во время инкубации воду дезинфицировали озоном, а яйца дезинфицировали 75% спиртом в течение 60 с через день.Результаты показали, что через 12–16 дней яйца превратились в молодь стадии 3. Показатели вылупления и выживаемости составили 82,05 ± 4,09% и 55,12 ± 7,51% соответственно, всего было выращено 129 200 SPF-саженцев ( ).

Основные этапы создания SPF. (A) Яйцо зачистки. (B) Дезинфекция 75% спиртом в течение 60 с. (C) Стадия 1 несовершеннолетних. (D) Стадия 3 несовершеннолетних. (E) Управление инкубацией. (F) Ежедневная дезинфекция озоном. (G) Вирус белой точки, радужный вирус, Vibrio и другие обнаружение колоний.

Результаты SPF-обнаружения показали, что в процессе инкубации in vitro вода, икра и молодь раков были близки к асептическому состоянию и не несли вируса белой пятнистости, иридовируса , вибриона и инфузорий, что свидетельствует о том, что меры дезинфекции и изоляции внешних бактерий были соответствующими.

4. Обсуждение

Процесс искусственной инкубации состоит из четырех ключевых компонентов: дезинфицирующее средство, плотность яиц, инкубатор и управление инкубацией.

Во-первых, большое влияние на вылупление оказывают дезинфицирующие средства. Грибковые инфекции, вызванные Saprolegnia и другими родственными оомицетами, представляют серьезную проблему для инкубируемой икры раков и могут привести к 100% гибели (Edgerton et al. , 2002). Основными средствами решения этой проблемы в предыдущих отчетах были химические противогрибковые ванны или удаление мертвых и инфицированных яиц (Antonín et al., 2010). Хотя периодическое удаление мертвых яиц положительно влияло на скорость вывода за счет уменьшения роста грибков, оно было трудоемким, а манипуляции могли привести к повреждению здоровых яиц (Celada et al., 2004; Гонсалес и др., 2011). Таким образом, противогрибковая обработка, используемая в этом исследовании, представляла собой комбинацию химических противогрибковых ванн, дезинфекции инкубационной воды и периодического удаления мертвых яиц. В качестве химической противогрибковой ванны использовали 75% спирт в течение 60 с через день до начала вылупления, а воду для инкубации дезинфицировали озоном. Мы воспользовались небольшими размерами, легким весом и простотой эксплуатации инкубатора, чтобы регулярно аккуратно сливать мертвые яйца, плавающие на верхнем слое водной поверхности инкубатора.Напротив, в большинстве предыдущих исследований формальдегид использовался для химических противогрибковых ванн (Celada et al. , 2004; Melendre et al., 2006; Melendre et al., 2007; Royuela et al., 2009; Antonín et al., 2010). Кроме того, Lio-Po et al. (1982) сообщили, что алкоголь оказывает микостатическое действие при очень высоких концентрациях. Результаты этого исследования показали, что 75% спирт на 60 с является эффективной альтернативой химической противогрибковой ванне формальдегиду.

Во-вторых, мы проверили плотность яиц. Селада и др. (2004) сообщили, что показатели эффективности, полученные в их экспериментах, сильно зависят от плотности яиц.Ройэла и др. (2009) сообщили, что мертвая икра раков является хорошим субстратом для Saprolegnia spp. и другие оомицеты. Гифы были способны распространяться от зараженных яиц к окружающим здоровым, и это было более серьезной проблемой при более высокой плотности яиц. В соответствии с результатами Celada et al. (2004) и Royuela et al. (2009), это исследование показало, что показатели вылупления и выживаемости при плотности яиц 300 и 600 эмбрионов/инкубатор были значительно выше, чем при плотности 900 эмбрионов/инкубатор ( P  < . 05).

Брайан и др. (2001) предположили, что инкубатор должен имитировать плеоподы самок раков. Когда самки насиживают яйца на своих плеоподах, они постоянно двигают плеоподами, чтобы «обмахивать» яйца; это обеспечивает постоянный источник пресной воды и связанного с ней кислорода для яиц. Поэтому мы использовали подвесную систему для подвешивания яиц в столбе движущейся воды. Мы сочли эту систему эффективной, поскольку она обеспечивала хорошее обеспечение яиц пресной водой и кислородом и отделяла яйца от поверхностей, которые могли способствовать бактериальным или паразитарным инфекциям.Кроме того, система инкубации, использованная в этом исследовании, поддерживала яйца в состоянии непрерывного вращения с контролируемым динамическим потоком воды по принципу гравитации.

Наконец, еще одним важным фактором успеха инкубации было управление инкубацией. Мы сосредоточились на двух следующих моментах. Во-первых, дезинфекция яиц и инкубационной воды и периодическое удаление мертвых яиц гарантировали успешную инкубацию. Во-вторых, инфицированные яйца постоянно становились основными участками скоплений только что вылупившейся молоди, что является наиболее вероятным объяснением их последующей гибели.Вылупившиеся раки естественным образом склонны прикрепляться к щетинкам материнских плеопод (Vogt, Tolley, 2004), но этот субстрат недоступен при искусственной инкубации. Таким образом, использование соответствующего количества чистых частей имеет решающее значение. В этом исследовании яйца с плесенью были обнаружены в сердцевине скоплений только что вылупившейся молоди только в группах с 0 чистыми кусочками. Кроме того, показатели выживаемости в группах с 15, 20 и 25 чистыми частями были значительно выше, чем в группе с 0 чистыми частями ( P  < .05). Мы предполагаем, что это произошло из-за того, что агрегация молодых особей на стадии 1 после вылупления привела к аноксической гибели других яиц или молодых особей, или вылупление не было синхронным, первые вылупившиеся молодые особи прикрепились к невылупившимся яйцам, что привело к гибели и появлению плесени. яиц. Поэтому, чтобы улучшить выживаемость и скорость вывода, необходимо было поместить в инкубатор кусочки сетки в качестве насадки. Более того, показатели вылупления и выживаемости группы с 20 штуками сетки были самыми высокими при плотности 600 яиц/инкубатор, поэтому 20 штук сетки на инкубатор было наиболее подходящим количеством для прикрепления 600 только что вылупившихся мальков,

Fungal (т.e., Psorospermum ) и бактериальные инфекции наряду с простейшими (например, Epistylis ) и многоклеточными паразитами ограничиваются внешней стороной яйца. Таким образом, если яйца отделить от самки и стерилизовать их внешнюю поверхность, их можно инкубировать отдельно от матери, чтобы получить детенышей, свободных от специфических патогенов (SPF) (Rudge and O’Sullivan, 2007). Rudge и O’Sullivan (2007) сообщили, что самки раков не передают вирусы яйцам; скорее, вирусы были переданы после вылупления яиц или, точнее, после того, как молодые особи начали питаться.Следовательно, производство рассады SPF может контролировать распространение болезни из источника рассады, что может повысить безопасность сохранения зародышевой плазмы и улучшить качество рассады. В связи с этим мы исследовали технологию искусственной инкубации яиц C. quadricarinatus и применили эту технологию в крупномасштабном производстве SPF рассады с положительными результатами. Мы также обнаружили, что синхронизация инкубации проростков SPF, культивируемых по технологии инкубации, была высокой.Это выгодно для производства, потому что всю молодь можно легко выпустить в пруды одинакового веса и возраста, что приводит к меньшему каннибализму и точному знанию количества молоди, зарыбленной в каждом пруду.

Рынок красной клешни растет, поэтому требуется более эффективное управление инкубаторием (Ghanawi and Saoud, 2012). Будущие исследования должны расширить подход до коммерческого уровня. Мы должны сочетать водные знания с физическими и механическими знаниями. Кроме того, лучше эффективно имитировать колебание яйценосных плеопод самок раков.Инкубатор AquaVerde, описанный в статье Jones and Valverde (2020), может быть хорошим выбором.

5. Заключение

В этом исследовании мы определили разумный метод дезинфекции (75% спирт в течение 60 с через день до начала вылупления), плотность яиц (600 яиц/инкубатор), метод инкубации (дезинфекция воды для инкубации с озоном в течение 2 ч через день; замена воды в баке через день; и использование 20 кусочков сетки/инкубатор для крепления) и инкубационной системы (с инкубатором ZISS в качестве основного компонента). Мы также добились SPF-обнаружения и изоляции возбудителя (состояние, близкое к асептическому, без вируса белой пятнистости, иридовируса, Vibrio и инфузорий), всего было выращено 129 200 SPF-саженцев. Это первое применение этой искусственной инкубационной системы для разведения краснопалых раков и сохранения новой зародышевой плазмы.

Соответствие этическим стандартам

Это исследование было одобрено Этическим комитетом Центра лабораторных животных Чжэцзянского университета (Zju201306-1-11-060).

Author statement

CHENG shun, JIA Yong-yi, CHI Mei-li, LIU Shi-li, ZHENG Jian-bo, WANG Dan-li, GU Zhi-min conceived and designed the experiments. CHENG shun, JIA Yong-yi, CHI Mei-li, ZHENG Jian-bo, LIU Shi-li performed the experiments. CHENG shun, JIA Yong-yi, CHI Mei-li analyzed the data. WANG Dan-li, GU Zhi-min supervised the project. CHENG shun, JIA Yong-yi, WANG Dan-li, GU Zhi-min wrote the paper. All authors have read and approved the manuscript.

Declaration of Competing Interest

The authors declare that there are no competing interests.

Благодарности

Эта работа выполнена при финансовой поддержке Национальной ключевой программы исследований и разработок Китая (грант № 2018YFD0

5) и Открытого проекта Ключевой лаборатории здоровой пресноводной аквакультуры Министерства сельского хозяйства и Ключевой лаборатории генетики пресноводной аквакультуры и селекции Провинция Чжэцзян, Китай (ZJK201903), при поддержке KC Wong Magna Fund в Университете Нинбо.

Референции

  • Антонин К., Хосе М.С., Милош Б., Ян М., Томаш П., Павел К. Искусственная инкубация яиц благородных раков ( Astacus astacus ) в частично рециркуляционной системе с использованием формальдегида в качестве противогрибковой обработки. Аква. Рез. 2010;41:618–623. [Google Scholar]
  • Антонин К., Хамид Н., Ирина К., Милош Б., Павел К. Ультрафиолетовый свет и полурециркуляционные системы в искусственной инкубации икры благородных раков ( Astacus astacus ): возможности и ограничения. Аква. Рез. 2011: 1–8. [Google Scholar]
  • Арндт Р.Э., Вагнер Э.Дж., Рутледж М.Д. Сокращение или прекращение обработки перекисью водорода на критической стадии развития радужной форели: воздействие на икру с глазами, вывод, деформации и контроль грибков. Н. Ам. Дж. Аквак. 2001; 63: 161–166. [Google Scholar]
  • Брайан В.Л., Уилсон А.Л., Дэниел Г.К.А. Метод проверки эффективности искусственной инкубации икры по сравнению с высиживанием самки у пресноводных раков Cherax destructor (Decapoda: Parastacidae) Аквакультура. 2001; 195: 299–309.[Google Scholar]
  • Селада Дж. Д., Каррал Дж. М., Ройуэла М. С., Мелендре П. М., Агилера А. Влияние различных противогрибковых средств на искусственную инкубацию яиц астацидных раков ( Pacifastacusleniusculus Dana). Аквакультура. 2004; 239: 249–259. [Google Scholar]
  • Эдгертон Б.Ф. Болезни краснопалого пресноводного рака. Аква. Маг. 1999; 25:26–38. [Google Scholar]
  • Эдгертон Б. Производство пресноводных раков для борьбы с бедностью. Всемирная аквакультура.2005; 36:48–64. [Google Scholar]
  • Эдгертон Б.Ф., Эванс Л.Х., Стивенс Ф.Дж., Оверстрит Р.М. Краткий обзор болезней пресноводных раков и комменсальных организмов. Аквакультура. 2002; 206: 57–135. [Google Scholar]
  • Эванс Л.Х., Эдгертон Б.Ф. Глава 10. Патогены, паразиты и комменсалы. В: Холдич Д.М., редактор. Биология пресноводных раков. Блэквелл Сайенс Лтд.; Оксфорд: 2002. стр. 377–438. [Google Scholar]
  • Ганави Дж., Сауд И.П. Линька, репродуктивная биология и управление инкубатором красноклешневых раков Cheraxquadricarinatus (von Martens 1868) Аквакультура.2012; 358–359: 183–195. [Google Scholar]
  • González A., Celada JD, Melendre PM, Carral JM, Royuela MS, Gonzalez B., García V. Влияние различных обработок бронополом на итоговую выживаемость при искусственной инкубации яиц раков ( Pacifastacus leniusculus , Astacidae) Aquac. Рез. 2011: 1–5. [Google Scholar]
  • Gu Z.M., Xv G.X., Huang X.M., Liu Q.W. , Mi G.Q. Искусственное разведение и уход за молодью в помещении Cherax quadricarinatus . Дж. Фиш.Китай. 2003;27(1):32–37. [Google Scholar]
  • Джонс С.М. Департамент первичной промышленности; Квинсленд, Брисбен, Австралия: 1990. Биология и потенциал аквакультуры тропических пресноводных раков, Cherax quadricarinatus. QI. [Google Scholar]
  • Jones C.M., Valverde C. Разработка технологии инкубации для массового производства красноклешневых раков, Cherax quadricarinatus . Пресноводные раки. 2020; 25:1–6. [Google Scholar]
  • Хосе Р.П., Хосе М.К., Хесус Д.К., Камино М., Мария С.Р., Хуан И.А. Возможности искусственной инкубации икры белокоготных раков ( Austropotamobius pallipes Lereboullet): сравнение материнской и искусственной инкубации. Аквакультура. 1999;170:29–35. [Google Scholar]
  • Lio-Po G.D., Sanvictores M.E.G., Baticados M.C.L., Lavilla C.R. Влияние фунгицидов in vitro на рост гиф и спорогенез Lagenidium spp. выделен из личинок Penaeus monodom и яиц Scylla serrata .Дж. Фиш Дис. 1982; 5: 97–112. [Google Scholar]
  • Мелендре П.М., Селада Дж.Д., Каррал Дж.М., Ройуэла М.С., Агилера А. Эффективность противогрибковых обработок при искусственной инкубации яиц сигнальных раков ( Pacifastacus leniusculus Dana. Astacidae) Аквакультура. 2006; 257: 257–265. [Google Scholar]
  • Мелендре П. М., Селада Дж. Д., Каррал Дж. М. Влияние частоты удаления молоди на стадии 2 на конечную выживаемость при искусственной инкубации яиц раков ( Pacifastacus leniusculus Dana Astacidae) J.Моллюски Res. 2007; 26: 201–203. [Google Scholar]
  • Royuela MS, Melendre PM, Celada JD, Carral JM, Gonzalez A., Gonzalez R., García V. Возможности искусственной инкубации икры сигнальных раков ( Pacifastacus leniusculus Dana) при высокой плотности и сниженном потоке используют формальдегид в качестве противогрибкового средства. Аквакультура. 2009; 288: 65–68. [Google Scholar]
  • Радж Э., О’Салливан Д. Инкубатор для яиц дает большие надежды для красных когтей. Аквакульт Австралии. 2007; 6: 26–37.[Google Scholar]
  • Фогт Г., Толли Л. Забота о расплоде пресноводных раков и связь с сенсорными нарушениями потомства. Дж. Морфол. 2004; 262: 566–582. [PubMed] [Google Scholar]
  • Ван Х., Ляо К.Дж., Ян Д.З., Xv X., Лю Дж. Исследование дезинфицирующего эффекта и срока действия 75% этанола. Междунар. Дж. Биол. 2013;36(4):182–184. [Google Scholar]
  • Webster C.D., Thompson K.R., Muzinic L.A., Rouse D.B., Manomaitis L. Выращивание и питание красноклешневых раков, Cherax quadricarinatus .Аква. Маг. 2002; 28:34–38. [Google Scholar]
  • Zheng J.B., Cheng S., Jia Y.Y., Gu Z.M., Li F., Chi M.L., Liu S.L., Jiang W.P. Молекулярная идентификация и профили экспрессии четырех сплайс-вариантов сексуально-летального гена у Cherax quadricarinatus . Комп. Биохим. Физиол. 2019; 234 (Часть Б): 26–33. [PubMed] [Google Scholar]
  • Zhu Y. F., Cui Y.H., Ge ZQ, Xv Y.X. Сравнительное исследование вылупления Procambarus clarkii с удерживанием яиц и без них. Дж. Гидроэкол.2002;22(4):16–17. [Google Scholar]

Селекция | Ассоциация производителей раков Квинсленда

Проект по селективному разведению красноклешневых раков

Индустрия производства красноклешневых раков началась в конце 1980-х годов с использованием поголовья неизвестного качества, собранного в дикой природе. В 2000 году лидеры отрасли пришли к выводу, что потенциал для более быстрого роста в значительной степени не изучен, и без позитивных действий потенциал очень значительных улучшений никогда не будет реализован.QDPI запустила программу селекции, которая была отменена в 2004 году. В 2007 году промышленность успешно подала заявку в Корпорацию исследований и развития сельской промышленности (RIRDC) за финансированием для реализации пятилетнего проекта селекции.

Исследовательский проект был проведен фермерами под руководством исследователей из Университета Джеймса Кука (JCU). В проекте приняли участие одиннадцать семейств популяций краснопалых раков, скрещивающихся в соответствии с циклическим скрещиванием.

Технология инкубатора

была разработана для обеспечения прослеживаемости и генетического разнообразия. Маточное стадо из каждого цикла отбирали из наиболее быстро растущих животных из предыдущего цикла. JCU отслеживал прогресс в борьбе с болезнью с помощью серии обследований прудов. (Просмотр RIRDC-Redclaw-selective-breeding-factsheets.pdf)

Проект успешно достиг всех своих целей. Использование схемы кругового спаривания обеспечило генетическое разнообразие в обозримом будущем. Селекционное разведение для более быстрого роста увеличило производительность пруда до 100%.Использование инкубатора для получения свободных от болезней животных подтвердило более раннюю теорию о том, что вылупившиеся детеныши заражаются общими болезнями, когда их вынашивает самка.

На графике показан ход проекта по сравнению с результатами последнего года, предоставленными QDPI для «Walkamin Strain»

Достижения, достигнутые в рамках этого проекта, проложили путь к значительному прогрессу в индустрии красноклешневых раков.

В рамках проекта не только был получен «штамм Толга» с превосходной скоростью роста красноклешневых раков, но также была оказана помощь в разработке метода «S3J Farming» выращивания красноклешневых раков – см. «Уроки исследований».

С помощью этого метода фермеры получают свободный от болезней, генетически превосходный поголовье из инкубатория. Эффективность и простота этого метода очень существенно влияют на рентабельность разведения красноклешневых раков.

Разработка методов интенсивного разведения краснопалых раков для товарного выращивания креветок – Технологии спермы

Название проекта

Разработка методов интенсивного разведения краснопалых раков для коммерческого производства креветок – технологии спермы

Имя консультанта/ов

Dr Damien Paris, Assoc.профессор Чаошу Цзэн, доктор Лиза Эллиотт

Колледж

Колледж общественного здравоохранения, медицины и ветеринарии; College of Science & Engineering

Краткое изложение проекта

Мировая индустрия красноклешневых раков достигла поворотного момента в своем развитии. Методы выращивания и сбора красного когтя хорошо известны. Однако существующие методы зарыбления прудов не обеспечивают стабильного снабжения товарными животными; не позволяя отрасли полностью реализовать свой потенциал для удовлетворения экспоненциально растущего внутреннего и международного спроса.Ограничивающим норму этапом является отсутствие рыбоводных крелей для зарыбления выращенных (производственных) прудов.

Основываясь на недавно разработанном инновационном методе инкубации эмбрионов in vitro , Австралийский завод по выращиванию раков (ACH) успешно произвел качественные пост-личинки (крейлинги) для коммерческой продажи, что вызвало растущий спрос как внутри страны, так и за рубежом. Однако количества оплодотворенных яиц для инкубации недостаточно для удовлетворения спроса, в первую очередь из-за неоптимальных методов, используемых в настоящее время для производства оплодотворенных яиц.Это является основным препятствием для роста отрасли и экспортного потенциала.

Повышение репродуктивной эффективности (плодовитости) зависит от нескольких важных факторов, включая питание животных, оптимизацию условий выращивания и нереста, а также понимание основных причин недостаточной фертильности с помощью методов оценки качества гамет и эмбрионов (Harlioglu and Farhadi 2017) . Кроме того, массовая гибель ранних крейлингов, известная как «синдром стадии 2», предполагает, что условия инкубации, кормление и кормление крейлингов в раннем возрасте нуждаются в улучшении.Таким образом, чтобы увеличить производство креветок, JCU в сотрудничестве с Australian Crayfish Hatchery создаст интенсивный нерестовый комплекс и разработает передовые репродуктивные технологии для ускорения селективного разведения и накопления спермы лучших маточных стад круглый год. В частности, мы предлагаем установить оптимальные методы содержания маточного стада красноклешней и крейлингов, исследовать качество гамет и эмбрионов, а также разработать методы искусственного нереста, искусственного оплодотворения и замораживания спермы.

Соответствующие публикации:

Harlioglu and Farhadi (2017) Факторы, влияющие на репродуктивную эффективность раков: последствия для аквакультуры. Исследование аквакультуры 48 (5), 1983-1997 гг.

Джерри (2001) Электрическая стимуляция экструзии сперматофоров у пресноводного ябби (Cherax destructor). Аквакультура 200, 317-322.

Bugnot and Greco (2009) Производство спермы у краснопалого рака Cherax quadricarinatus (Decapoda, Parastacidae). Аквакультура 295, 292-299.

Ключевые слова

Красный рак, Аквакультура, Промышленность, Размножение, Питание, Сперма, Эмбрион, Яйцо, Плодородие, Индуцированный нерест, Замораживание спермы, Искусственное оплодотворение, Стадия 2 синдрома, PhD

Подойдет заявителю, который

Мы ищем целеустремленного, инициативного и высокомотивированного студента для реализации докторского проекта по разработке технологий спермы для красноклешневых раков ( Cherax quadricarinatus ). Исследования будут включать: (i) оптимизацию методов сбора спермы; (ii) разработка методов определения качества спермы и их применение для оценки фертильности маточного стада в различных условиях содержания; и (iii) внедрение методов замораживания спермы и искусственного оплодотворения.

Проект начнется в январе 2019 года, и потенциальный кандидат должен будет подать заявку на получение одной из высококонкурентных стипендий доктора философии JCU до 30 сентября 2018 года (https://www.jcu.edu.au/graduate-research-school/candidates). /стипендии). Кандидаты должны иметь диплом с отличием 1-го класса или степень магистра научных исследований в смежной области, продемонстрировать владение английским языком на уровне 2 и желательно (в соавторстве) по крайней мере одну научную публикацию. Будут рассмотрены только кандидаты высокого уровня.

Заинтересованные лица должны отправить биографические данные (содержащие список публикаций, наград и рецензентов), а также академическую справку о своей высшей степени по электронной почте damien. [email protected] до среды 12 сентября 2018 г.

границ | Гигантский геном гигантского рака (Cherax quadricarinatus) с анализом псевдогенов cox1 в геномах десятиногих раков

Введение

Десятиногие ракообразные представляют собой очень своеобразную и разнообразную группу ракообразных, которые обеспечивают важные экосистемные услуги в основном в морской и пресноводной среде, при этом многие из более крупных видов имеют важное коммерческое значение для рыболовства и аквакультуры.Ценность создания и использования геномных ресурсов для ключевых видов и групп ракообразных широко признается для различных целей, включая филогенетические и популяционные исследования, программы селекции и управление маточным стадом (Tan et al., 2016; Grandjean et al., 2017; Wolfe). et al., 2019; Zenger et al., 2019; Zhang et al., 2019). Однако комплексные геномные исследования десятиногих ракообразных особенно ограничены (Zenger et al., 2019; Zhang et al., 2019) по сравнению с другими группами водных беспозвоночных. Большинство связанных с геномом исследований десятиногих ракообразных были сосредоточены на восстановлении митогенома и исследованиях транскриптомики, при этом было предпринято несколько попыток сборки генома, и большинство из них касалось коммерчески важных видов (Song et al., 2016; Yuan et al., 2018; Zhang et al. , 2019). Из видов десятиногих, сборки геномов которых были опубликованы и находятся в открытом доступе, качество сильно различается, а полнота BUSCO оставляет желать лучшего, за исключением Procambarus virginalis (87,0%) и Litopeneas vannamei (84,0%).6%) (табл. 1). В настоящее время очевидно, что сборка и аннотация геномов десятиногих представляют собой очень сложную задачу из-за необходимости иметь дело с большими повторяющимися геномами, часто с высокой гетерозиготностью, и не должны выполняться слабонервными или с ограниченным бюджетом. Чжан и др., 2019).

Таблица 1 . Геномы, используемые в этом сравнительном исследовании.

Отсутствие геномных ресурсов в сочетании с ограниченным пониманием молекулярных основ экспрессии генов и фенотипической изменчивости будет по-прежнему ограничивать достижения в области продуктивности десятиногих животных, основанной на аквакультуре.Поэтому понимание молекулярной основы фенотипической изменчивости и функции генов важно для программ селекции по таким признакам, как ускоренный рост и устойчивость к болезням (Zenger et al., 2019). Точно так же полногеномные сборки поддерживают полногеномные ассоциативные исследования (GWAS) для выявления локусов, специфичных для признаков, и для селекции на основе генома.

Пресноводные раки составляют важную группу десятиногих ракообразных (Crandall and De Grave, 2017), встречающихся в природе на всех континентах, за исключением Антарктиды и Африки (Toon et al., 2010; Бракен-Гриссом и др., 2014). Наибольшего видового богатства они достигают в Австралии и Северной Америке. Ряд видов являются объектами аквакультуры и рекреационной деятельности, местные рыбаки занимаются продовольственной безопасностью, а ловля наживки – для рыболовов, а другие виды вызывают озабоченность по поводу сохранения из-за целого ряда видов деятельности, угрожающих уязвимой пресноводной среде (Piper, 2000; Richman et al. , 2015). ; КАБИ, 2019). Геномная архитектура и эволюция кариотипа пресноводных раков также представляет интерес, поскольку они имеют одно из самых больших чисел хромосом ( 2n = 200 ), зарегистрированных для видов беспозвоночных (Tan et al., 2004). В Австралии пресноводные виды раков из рода Cherax Erichson, известные как гладкие ябби, включают в себя самые крупные промысловые виды раков в мире (Austin, 1987, 1996; Austin and Knott, 1996). Из них экономически важным и наиболее известным является краснопалый рак, Cherax quadricarinatus von Martens, широко распространенный в северной Австралии (Austin, 1996; FAO, 2019). Этот вид способен вырасти до более чем 200 граммов, что делает его вторым по величине коммерческим видом из Cherax (Austin, 1987) после маррона ( C.cainii Austin) (Остин и Райан, 2002). Популярность красной клешни как объекта аквакультуры и декоративного вида, а также ее способность к адаптации привели к широкому перемещению, что привело к обширному глобальному распространению, и она признана одним из основных инвазивных видов внутренних водных экосистем в тропиках (Ahyong and Yeo, 2007; Ларсон и Олден, 2013 г. ; Сауд и др., 2013 г.). Благодаря своему большому размеру и простоте содержания в неволе, C. quadricarinatus также все чаще используется в качестве модельного организма для решения фундаментальных вопросов, относящихся к молекулярной биологии, физиологии, функциональной геномике и клеточной биологии (Fernández et al. ., 2012; Памуру и др., 2012; Вентура и др., 2019).

Генетика C. quadricarinatus хорошо изучена с использованием подходов, основанных на ПЦР, а недавно секвенирование следующего поколения использовалось для митогеномных и транскриптомных исследований (Baker et al., 2008; Gan et al., 2016; Tan et al. ., 2016). В этой статье мы представляем первую сборку генома речного рака южного полушария с использованием подхода гибридной сборки с использованием длинных прочтений Nanopore и коротких прочтений Illumina, который оказался эффективным и действенным подходом для сборки и аннотации видов с большими и повторяющимися геномы (Остин и др., 2017; Тан и др., 2018 г. ; Ган и др., 2019 г.; Sánchez-Herrero et al., 2019), но лишь в минимальной степени исследована для подтверждения групп десятиногих моллюсков (Van Quyen et al., 2020).

Затем мы сравниваем нашу сборку с семью другими опубликованными сборками генома десятиногих и представляем предварительный филогеномный анализ десятиногих ракообразных. Наконец, мы используем эти данные для исследования появления и диверсификации ядерной митохондриальной ДНК (NUMT) в геномах десятиногих, что имеет прямое отношение к дебатам о достоверности наиболее распространенного подхода к ДНК-штрихкодированию жизни для молекулярной таксономической идентификации и оценка биоразнообразия на основе участка гена митохондриальной цитохромоксидазы 1 ( cox1 ) (Hebert et al., 2003; Кристеску, 2014 г.; деВард и др., 2018).

Материалы и методы

Генерация данных

Образцы тканей двух самцов особей C. quadricarinatus были собраны на Северной территории в Австралии, DWN1 из Рапид-Крик и M2R2 из Центра аквакультуры Университета Чарльза Дарвина, оба расположены в Дарвине в соответствии с институционально одобренными правилами этики, биозащиты и безопасности. Геномную ДНК экстрагировали с использованием набора E.Z.N.A.® Tissue DNA Kit (Omega Bio-tek) из ткани хвостовой мышцы.Один микрограмм DWN1 был отправлен в Macrogen, Корея, для подготовки библиотеки без ПЦР и секвенирования на платформе Illumina HiSeq. Дополнительное секвенирование Illumina на системе Illumina NovaSeq 6000 также было выполнено в Deakin Genomics Center с использованием библиотеки на основе ПЦР, созданной с помощью набора для подготовки библиотеки NEBNext Ultra Illumina. Используя образцы тканей от людей DWN1 и M2R2, для каждой библиотеки Nanopore ~ ​​1 мкг гДНК, измеренную флуорометром Qubit (Invitrogen), обрабатывали с использованием набора для подготовки библиотеки LSK108 с последующим секвенированием на R9.4 Проточная кювета MinION. Данные Nanopore были вызваны базой с версиями Albacore, совместимыми с используемыми комплектами и проточными кюветами (сняты с производства, были доступны на https://community.nanoporetech.com) и адаптированы к адаптеру с помощью инструмента Porechop (Wick, 2017).

De novo Сборка и каркас генома раков

Необработанные чтения были предварительно обработаны перед сборкой. Инструмент fastp (- poly_g_min_len 1 ) (Chen et al., 2018) использовали для обрезки последовательностей полиG с 3′-конца прочтений, сгенерированных на платформе Illumina NovaSeq.Все короткие чтения были обрезаны с помощью Trimmomatic (Bolger et al., 2014) для устранения адаптеров ( ILLUMINACLIP:2:30:10 ) и последовательностей низкого качества ( AVGQUAL:20 ), а затем собраны с помощью ассемблера Platanus (Kajitani). и др., 2014) с использованием параметров по умолчанию. Повторяющееся содержание и большой размер этого генома потребовали создания каркаса сборки с несколькими типами данных; они включали использование коротких и длинных чтений для охвата промежутков различных размеров в дополнение к использованию данных из предыдущего C.quadricarinatus транскриптомный проект (Tan et al., 2016) для сшивания каркасов, содержащих кодирующие гены. Первый уровень каркаса был выполнен с помощью Platanus, который формирует каркас собранных контигов и дополнительно закрывает промежутки с информацией о размере вставки и последовательности из библиотек с короткими парными концами. Впоследствии, когда был достигнут второй уровень каркаса с длинными считываниями Nanopore с использованием LINKS (Warren et al., 2015), который выполнялся в течение 20 итераций с несколькими значениями расстояния (90 463 d 90 464) и шагом скользящего окна (90 463 t 90 464), в дополнение к заданным значениям k-mer (- k 19 ), минимальному количеству ссылок (- l 5 ) и максимальному соотношению ссылок между двумя лучшими парами (- a 0.3 ). Подробные параметры, использованные в каждой итерации, доступны в Таблице данных 1. Полученные каркасы были отполированы с помощью пилона версии 1.22 (– исправить все ) (Walker et al., 2014) в течение пяти итераций. Третий этап каркаса был выполнен с использованием чтений C. quadricarinatus RNA-seq, созданных ранее (ERP004477) (Tan et al. , 2016). HISAT2 использовали для выравнивания прочтений RNA-seq со сборкой (Kim et al., 2019), информация из которой использовалась BESST (Sahlin et al., 2014) для дальнейшего создания каркасов.Все сборки оценивали на «полноту» на основе обнаружения консервативных генов с одной копией ( arthropoda_odb9 ) с помощью BUSCO (Simão et al., 2015).

Оценка размера генома

Jellyfish (Marçais and Kingsford, 2011) использовали для подсчета встречаемости 19-, 21- и 25-меров в предварительно обработанных коротких чтениях, создавая гистограммы частот k-меров, которые загружались на веб-сервер GenomeScope (максимальное покрытие км) disabled) (Vurture et al., 2017) для оценки размера гаплоидного генома, гетерозиготности и повторяющегося содержания.

Предсказание генов и функциональная аннотация

Первая итерация конвейера аннотаций MAKER v2.31.10 (Cantarel et al., 2008) была запущена для создания исходных моделей генов на основе хинтов транскриптов и белков ( est2genome = 1 ; протеин2геном = 1 ) из транскриптомных последовательностей C. quadricarinatus (Tan et al., 2016), белковых последовательностей из UniProt-SwissProt (Consortium, 2018) и дополнительного набора белков из четырех других опубликованных геномов десятиногих: Eriocheir sinensis (Song et al., 2016), Litopenaeus vannamei (Zhang et al., 2019), Marsupenaeus japonicas и Penaeus monodon (Yuan et al., 2018). Эти генные модели использовались для обучения двух ab initio предикторов генов, SNAP (Korf, 2004) и AUGUSTUS (Stanke et al., 2006), которые были предоставлены во второй итерации MAKER. Генные модели, полученные в результате этой итерации, снова использовались для повторного обучения SNAP и AUGUSTUS перед третьей и последней итерацией MAKER. Гены со значениями расстояния редактирования аннотации (AED) ≤ 0.5 были сохранены (Eilbeck et al., 2009). Небольшое значение AED указывает на меньшую степень расхождений между предсказанным геном и свидетельствами/подсказками, использованными при предсказании. Для функциональной аннотации использовали DIAMOND (Buchfink et al. , 2014) для поиска гомологии между предсказанными генами и известными белками в базе данных UniProtKB (Swiss-Prot и TrEMBL) (Consortium, 2018). Предсказанные белковые последовательности также сканировали на наличие мотивов, сигнатур и белковых доменов с использованием InterProScan (Jones et al., 2014).

Сравнительный анализ опубликованных геномов декапод

Общедоступные сборки геномов семи опубликованных видов десятиногих моллюсков ( Eriocheir sinensis, Exopalaemon carinicauda, ​​Litopenaeus vannamei, Marsupenaeus japonicus, Neocaridina denticulata, Penaeus monodon, Procambarus virginalis ) (Kenny et al., 2014; Сонг и др., 2016; Гутекунст и др., 2018; Юань и др., 2018 г.; Ли и др., 2019; Zhang et al., 2019) и три других недесятиногих ракообразных ( Daphnia pulex, Eulimnadia texana, Parhyale hawaiensis ) (Colbourne et al., 2011; Kao et al., 2016; Baldwin-Brown et al., 2017) были загружены (источники в таблице 1) и сравнены с точки зрения размеров генома и сборки, содержания повторов и полноты. «Полноту» генома оценивали с помощью BUSCO (Simão et al., 2015) на основе баз данных arthropoda_odb9 .Чтобы получить профили повторов, семьи повторов были идентифицированы de novo с использованием RepeatModeler (Smit and Hubley, 2019), который использует RepeatScout (Price et al., 2005) и RECON (Bao and Eddy, 2002) для поиска повторов. Результат этого шага содержит набор согласованных последовательностей из каждого идентифицированного семейства повторов, которые использовались RepeatMasker (Smit et al., 2019) для маскировки повторов в сборке.

Предварительное обнаружение NUMT

Восемь собранных геномов C.квадрикаринатус, Er. китайский, экс. carinicauda, ​​L. vannamei, M. japonicus, N. denticulata, Pe. монодон и Пр. virginalis также сканировали на наличие предполагаемых NUMT. Инструмент blastn (Altschul et al., 1990) использовали для выравнивания митохондриального гена cox1 каждого вида с соответствующим геномом (исключение: Procambarus clarkii cox1 использовался, так как полная последовательность cox1 для P . virginalis недоступен в NCBI).Каждый вывод был отфильтрован для устранения выравниваний на основе следующих критериев:

1. Длина выравнивания <100 нуклеотидов.

2. Длина выравнивания, которая охватывает 95% геномного каркаса.

3. Выравнивание по краю геномного каркаса.

Иллюстрация того, как применялись эти фильтры, представлена ​​в Таблице данных 2. Последовательности этих предполагаемых NUMT были извлечены на основе координат начала и окончания выравнивания и выровнены с помощью MAFFT (Katoh and Standley, 2013).IQ-TREE (Nguyen et al., 2014) использовался для тестирования модели и построения филогенетического дерева максимального правдоподобия (ML) (-m TESTMERGE ).

Филогенетические анализы

ML-дерево также было построено на основе ортологичных белковых последовательностей, предсказанных BUSCO. Это дерево состоит из шести десятиногих ( C. quadricarinatus, Er. sinensis, L. vannamei, M. japonicus, Pe. monodon, Pr. virginalis ) с D. pulex, Eu. texana и Pa.Поскольку в этом анализе использовались последовательности, предсказанные BUSCO, N. denticulata и Ex. carinicauda с низкой полнотой BUSCO были исключены из этого анализа. Вкратце, белковые последовательности в каждой ортологичной группе (на основе metazoa_odb9 и arthropoda_odb9 ) выравнивали с помощью MAFFT (Katoh and Standley, 2013) и обрезали с помощью Gblocks (Castresana, 2000). Только несколько выравниваний последовательностей, содержащих последовательности всех 10 видов, были сохранены и объединены в суперматрицу с помощью FASconCat-G (Kück and Longo, 2014).IQ-TREE (Nguyen et al., 2014) использовался для первоначального тестирования модели и построения дерева машинного обучения (-m TESTMERGE ), с опорными значениями, указанными SH-подобным тестом приблизительного отношения правдоподобия (SH-aLRT) ( Guindon et al., 2010) и сверхбыстрой начальной загрузки (UFBoot) (Minh et al., 2013) ( -alrt 1000 -bb 1000 ).

Результаты и обсуждение

Гигантский геном большого пресноводного рака

В этом исследовании было получено 191 Гбит/с данных HiSeq (2 × 100 п.н.) и 774 Гб/с данных NovaSeq (2 × 150 п.н.) в дополнение к 36 Гб/с ридов Nanopore (в среднем: 3419 п.н.) для помощи в построении каркаса.Методы на основе Kmer оценили размер генома Cherax quadricarinatus в 5 Гб (таблица данных 3), значение, которое находится в диапазоне размеров от 3,82 до 6,06 Гб, который был зарегистрирован для видов в инфраотряде Astacidea (Gregory, 2020) ( Рисунок 1А). Основываясь на этой оценке, данные, полученные в этом исследовании, дают глубину секвенирования 193× и 7× коротких и длинных прочтений соответственно. Данные последовательности доступны в архиве чтения последовательностей (SRA) на NCBI (BioProject: PRJNA559771).

Рисунок 1 . Cherax quadricarinatus и другие опубликованные и общедоступные геномы десятиногих. (A) Вверху: диапазон размеров геномов десятиногих видов в различных под- и инфраотрядах, основанный на информации из базы данных размеров генома животных. Внизу: несоответствие между сборкой и ожидаемыми размерами генома доступных в настоящее время геномов десятиногих. (B) «Полнота» генома на основе набора данных arthropoda_odb9 BUSCO. (C) Замаскированные повторяющиеся области каждого генома и профили вкрапленных повторов. (D) Дерево максимального правдоподобия (ML), основанное на прогнозах BUSCO, укорененное в D. melanogaster , со значениями SH-aLRT/UFBoot в качестве указания узловой поддержки. (E) Дерево ML на основе предполагаемых NUMT, идентифицированных из геномных сборок десятиногих.

Характеристики генома

C. quadricarinatus

Гибридная сборка этого генома привела к окончательной сборке размером 3,24 Гб, содержащейся в 508 682 скаффолдах, с длиной N 50 , равной 33 235 пн (таблица 1).Подробная информация о каждой сборке на каждом уровне строительных лесов доступна в Таблице данных 4. Инструмент BUSCO сообщает о наличии 81,3% и 12,8% полных и фрагментированных BUSCO членистоногих соответственно. Эти значения сопоставимы с оценкой полноты других недавно секвенированных геномов десятиногих, которые относительно намного меньше ( L. vannamei, Pr. virginalis, Er. sinensis ) (таблица 1, рисунок 1B). Профили GenomeScope показывают небольшое плечо в распределении k-меров, что указывает на некоторый уровень гетерозиготности в пределах генома и оценивает средний уровень гетерозиготности, равный 0.44%, что соответствует примерно 1 мутации в 230 п.н. (таблица данных 3). Это соответствует уровню гетерозиготности 0,53%, зарегистрированному для мраморных раков, Pr. virginalis (Gutekunst et al., 2018), и выше, чем у креветок как с M. japonicus , так и с Pe. monodon с гетерозиготностью 0,19% и 0,21% соответственно (Yuan et al., 2018). Кроме того, 33,73% этой сборки были замаскированы для повторов, при этом большая часть вкрапленных повторов представляла собой длинные вкрапленные ядерные элементы (LINE), представляющие профиль повторов, аналогичный профилю повторов Pr. virginalis , еще один вид раков (рис. 1С). В то время как сообщение о том, что только 5,9% отсутствующих генов BUSCO в этой сборке C. quadricarinatus предполагает, что присутствует большая часть генного пространства, сборка, представленная в этом исследовании, составляет только 64,8% ожидаемого генома 5 Гб с 85,2% короткого генома. считывания успешно сопоставляются со сборкой, указывая на то, что в этом большом геноме остались участки, отсутствующие в сборке. Это не является чем-то необычным для геномов десятиногих моллюсков, поскольку они редко собираются в полный размер, как видно из точек данных на рис.предполагаемый размер генома. Исключение составляет Pr. virginalis с размером собранного генома, близким к размеру его генома 3,5 Гб. Это исследование посвящено амбициозной сборке гигантского генома, пронизанного крупными повторяющимися структурами и гетерозиготными областями, что создает серьезные проблемы для вычислительных и биоинформационных ресурсов, но гибридная сборка имеет явные преимущества как эффективный метод пополнения ограниченного пула доступных геномных ресурсов. для отряда десятиногих. Эта сборка доступна на NCBI (BioProject: PRJNA559771, WGS: VSFE00000000).Примечательно, что это исследование включило в себя самый большой на сегодняшний день набор данных длинных прочтений Nanopore для сборки генома десятиногих (36 Гбит/с, ~7×), а другим является недавняя обновленная сборка генома черной тигровой креветки, в которой используется 2,5 Гб длинных ридов Nanopore (~1,25×) (Van Quyen et al., 2020). Единственное другое исследование, в котором длинные чтения используются в исследовании всего генома десятиногих, проведено Zhang et al. (2019), которые использовали риды PacBio для поддержки сборки генома тихоокеанской белой креветки L.Ваннамей .

Предсказанные гены и функциональные

В среднем 95,4% прочтений РНК-секвенций из пяти C. quadricarinatus типов тканей в исследовании Tan et al. (2016) были успешно согласованы со сборкой. Процесс аннотации предсказал в общей сложности 19 494 гена, кодирующего белок, со средней длиной гена 9 768 п. н., содержащим в среднем 4,4 экзона на ген. Это количество предсказанных генов находится в пределах диапазона, обычно сообщаемого для других десятиногих ракообразных ( Er.sinensis : 14436, M. japonicus : 16716, Pe. monodon : 18100, Пр. virginalis : 21772, L. vannamei : 25596). Из аннотированных генов, кодирующих белок, 88% функционально аннотированы на основе гомологии с существующими последовательностями белков UniProt или путем идентификации доменов и сигнатур белков. Последовательности белков и транскриптов, выравнивание гомологии BLAST и результаты InterProScan доступны в виде таблицы данных 5.

Эволюция десятиногих на основе ядерных генов

Выравнивание и обрезка 97 ортологичных генов привели к суперматрице из 16 679 символов аминокислот.Анализ максимального правдоподобия, основанный на этих белковых последовательностях, сгенерировал дерево, показанное на рисунке 1D. Филогения, основанная на плодовой мухе, восстанавливает бранхиоподы и амфиподы как виды вне группы по сравнению с видами десятиногих. Виды креветок и креветок ( L. vannamei , M. japonicus , Pe. monodon ) сгруппированы в кладу Dendrobranchiata, которая, в свою очередь, образует сестринские отношения со второй кладой, состоящей из трех других видов десятиногих. В этой последней кладе виды раков помещены как сестринские таксоны ( C.quadricarinatus и Пр. virginalis ), что согласуется с их таксономическим статусом видов внутри Astacidea, но с удивительно слабой узловой поддержкой (SH-aLRT 55,1%, UFBoot 66,0%). Эти взаимосвязи согласуются с результатами исследований, основанных на митогеноме и ядерных исследованиях (Bracken et al., 2009; Shen et al., 2013; Tan et al., 2019; Wolfe et al., 2019). Выравнивание и филогенетическое дерево, полученные в результате этого анализа, доступны в виде листа данных 6.

Интеграция митохондриального гена

cox1 в геном десятиногих моллюсков

Концепция штрих-кодирования ДНК, при которой короткая универсальная последовательность ДНК используется для различения видов, очень широко используется для поддержки таксономической идентификации, обнаружения загадочных видов и для создания справочной базы данных для поддержки экологии, биоразнообразия и сохранения. исследования (Ratnasingham and Hebert, 2007).Относительно недавним и потенциально мощным применением штрих-кодирования является использование быстро растущей базы данных COI в качестве справочной информации для поддержки исследований меташтрихкодирования ДНК в окружающей среде (Deiner et al., 2017; Günther et al., 2018). Однако у ДНК-штрихкодирования есть свои критики (Moritz and Cicero, 2004; Collins and Cruickshank, 2013), постоянно озабоченные влиянием копий митохондриальной ДНК на ядерный геном (Bensasson et al., 2001; Hazkani-Covo et al. , 2010) о достоверности методологии штрихового кодирования ДНК, что может сделать штриховое кодирование ДНК ненадежным для определенных таксономических групп (Sorenson and Quinn, 1998), включая ракообразных (Song et al., 2008).

В настоящее время сообщается о

NUMT у различных групп животных, включая ракообразных, при этом NUMT цитохромоксидазы 1 ( cox1 ) обнаружены у планктонных веслоногих (Bucklin et al., 1999) и щелкающих креветок (Williams and Knowlton, 2001). Нгуен и др. (2002) и Munasinghe et al. (2003) сообщили о первых NUMT для раков из рода Cherax , а Song et al. (2008) для видов Orconectes . Наше исследование расширяет выводы Song et al. (2008) в том смысле, что мы идентифицировали cox1 псевдогена в каждой из исследованных нами геномных сборок десятиногих, но обнаружили, что это число сильно различается среди таксонов.Этот анализ идентифицировал псевдогена cox1 в C. quadricarinatus (34 сайта вставки), за которыми следуют Pe. monodon (11), Пр. virginalis (8), M. japonicus (6), Ex. carinicauda (5), N. denticulata (3), Er. sinensis (2) и L. vannamei (1) (рис. 1E). NUMT, идентифицированные у этих десятиногих видов, образуют монофилетические группы по видам в филогенезе, предполагая, что митохондриальный ген cox1 был интегрирован в каждый ядерный геном после расхождения видов в этом анализе либо с множественными независимыми событиями переноса, либо с дальнейшей эволюцией NUMT. внутри каждого вида через события дублирования.Филогенетическое дерево NUMT доступно в листе данных 6.

В широкомасштабном исследовании NUMT в 85 эукариотических геномах Hazkani-Covo et al. (2010) обнаружили корреляцию с размером генома. Хотя обнаружение наибольшего количества NUMT у красноклешневых раков со вторым по величине собранным геномом десятиногих согласуется с этим наблюдением, доказательства аналогичной общей тенденции не столь очевидны для всех видов десятиногих. В этом контексте следует отметить, что у нас есть только относительно небольшая выборка геномов десятиногих, а различное качество сборки и объем данных о последовательностях среди исследований делает проверку этой гипотезы чреватой на данном этапе.Есть также несколько предостережений, связанных с этим анализом. Процесс идентификации зависит от методов поиска и реализованных фильтров, которые, если они слишком консервативны, могут ограничить обнаружение и исключить истинные NUMT с сильно расходящимися и изменчивыми последовательностями, особенно если время вставки из митогенома произошло миллионы лет назад (Tsuji et al. ., 2012). Также неизвестно, были ли другие опубликованные исследования десятиногих подвергнуты постобработке, чтобы исключить каркасы, содержащие митохондриальные гены, в процессе отправки в базы данных.Тем не менее, результаты этого анализа дают представление о распространенности NUMT в геномах десятиногих, что способствует дальнейшему изучению эволюции NUMT в будущих исследованиях.

Заключение

На основе митогеномных и транскриптомных исследований мы представляем первый проект генома краснопалого рака ( Cherax quadricarinatus ), основанный на относительно больших объемах коротких и длинных геномных прочтений с платформ Illumina и Oxford Nanopore (ONT).Хотя сборка относительно фрагментирована, она намного лучше, чем многие из тех, которые в настоящее время доступны для видов десятиногих, а качество аннотации эквивалентно другим недавно секвенированным геномам десятиногих. Из-за очень большого размера и повторяющихся структур генома красного когтя сборка была очень сложной. Тем не менее, мы продемонстрировали ценность длинных прочтений Nanopore и подхода гибридной сборки для улучшения сборки, основанной только на коротких прочтениях (таблица данных 4), что дает стимул для решения других таксонов раков и ракообразных с большими и сложными геномами.Этот проект генома станет важным и ценным ресурсом для поддержки текущих сравнительных геномных, филогеномных и молекулярных селекционных исследований для аквакультуры, сохранения и исследований, связанных с биоразнообразием, и может быть одобрен со временем с созданием дополнительных данных длительного чтения. Тем не менее, по-прежнему остается серьезной проблемой вычислительные ресурсы, необходимые для сборки больших повторяющихся геномов преимущественно из коротких прочтений, даже при помощи длинных прочтений (Lewin et al., 2018). В вычислительном отношении процессы сборки, создания каркасов и полировки для получения окончательного проекта генома заняли почти 85 процессоро-недель, а аннотация потребовала еще 100 процессоро-недель. Следующим важным шагом было бы исследование эффективности сборки генома раков с длинным считыванием, которая теперь возможна благодаря снижению затрат и повышению точности секвенирования длинных чтений, и которая должна быть менее дорогой и привести к значительному сокращению процессорного времени для сборки. задания.

Заявление о доступности данных

Наборы данных, полученные для этого исследования могут быть найдены в NCBI BioProject PRJNA559771, биообъектов SAMN12558911 и SAMN12885547 (WGS вступление: VSFE00000000; СРА вступлений: SRR10214688, SRR10416208, SRR10416210, SRR10445782, SRR10445783, SRR10445784, SRR10484712).

Вклад авторов

CA, HG и LC задумали проект. CA собрал образцы. HG и YL выполнили секвенирование. МТ проанализировал данные. MT и CA написали рукопись. FG и LC изменили рукопись. Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

Финансирование

Финансирование этого исследования было предоставлено Центром геномики Дикина Университета Дикина (Австралия), Национальным центром научных исследований и Университетом Пуатье (Франция) и Малайзийской платформой тропической медицины и биологии Университета Монаша Университета Монаша (Малайзия). ).

Конфликт интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

В этом исследовании использовались вычислительные ресурсы и услуги, предоставленные Национальной вычислительной инфраструктурой (NCI) при поддержке правительства Австралии. Благодарим Центр аквакультуры Университета Чарльза Дарвина и Музей и картинную галерею Северной территории за помощь в получении образцов.Мы также хотели бы поблагодарить Роберта Руге из Университета Дикина за помощь и использование кластера SIT HPC.

Дополнительный материал

Дополнительный материал к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.00201/full#supplementary-material

.

Сноска

Ссылки

Ахён, С.Т., и Йео, округ Колумбия (2007). Дикие популяции австралийского красноклешневого рака ( Cherax quadricarinatus von Martens) в водосборных бассейнах Сингапура. биол. Вторжения 9, 943–946. doi: 10.1007/s1s0530-007--0

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Э.В. и Липман Д.Дж. (1990). Базовый инструмент локального поиска выравнивания. Дж. Мол. биол. 215, 403–410. дои: 10.1016/S0S022-2836(05)803600-2

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Остин, К. (1987). Разнообразие австралийских пресноводных раков увеличивает потенциал аквакультуры. австр. Рыбы. 46, 30–31.

Академия Google

Остин, К. (1996). Систематика пресноводных раков рода Cherax erichson ( Decapoda: Parastacidae ) в Северной и Восточной Австралии: электрофоретическая и морфологическая изменчивость. австр. Дж. Зул. 44, 259–296. дои: 10.1071/ZO9O960259

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Остин, К., и Нотт, Б. (1996). Систематика пресноводных раков рода Cherax erichson ( Decapoda: Parastacidae ) в Юго-Западной Австралии: электрофоретическая, морфологическая и ареалная изменчивость. австр. Дж. Зул. 44, 223–258. дои: 10.1071/ZO9O960223

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Остин, К.М., и Райан, С.Г. (2002). Аллозимные доказательства нового вида пресноводных раков рода Cherax Erichson (Decapoda : Parastacidae) с юго-запада Западной Австралии. Инвертебр. Сист. 16, 357–367. DOI: 10.1071/IT0T1010

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Остин, К.М., Тан, М.Х., Harrisson, K.A., Lee, Y.P., Croft, L.J., Sunnucks, P., et al. (2017). Сборка генома De novo и аннотация самой крупной пресноводной рыбы Австралии, трески Мюррея ( Maccullochella Peelii ), прочитаны с помощью Illumina и секвенирования нанопор. Гигасайнс 6, 1–6. doi: 10.1093/gigascience/gix0x63

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Бейкер, Н., де Брюйн, М., и Мазер, П. Б. (2008). Закономерности молекулярного разнообразия диких популяций красного клешневого рака ( Cherax quadricarinatus ) из северной Австралии и Папуа-Новой Гвинеи: влияние плио-плейстоценовой эволюции ландшафта. Свежесть. биол. 53, 1592–1605. doi: 10.1111/j.13655-2427.2008.01996.x

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Болдуин-Браун, Дж. Г., WeekWeeks, С. К., и Лонг, А. Д. (2017). Новый стандарт для геномов ракообразных: сильно непрерывный, аннотированный геном креветки-моллюска Eulimnadia texana раскрывает порядок генов HOX и идентифицирует половую хромосому. Геном Биол. Эвол. 10, 143–156. дои: 10.1093/gbe/evx2x80

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Бенсассон, Д., Zhang, D.-X., Hartl, D.L., and Hewitt, G.M. (2001). Митохондриальные псевдогены: неуместные свидетели эволюции. Тренды Экол. Эвол. 16, 314–321. дои: 10.1016/S0S169-5347(01)021511-6

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Бракен, Х.Д., Тун, А., Фелдер, Д.Л., Мартин, Дж.В., Финли, М., Расмуссен, Дж., и соавт. (2009). Древо жизни десятиногих: сбор данных и продвижение к единому мнению об эволюции десятиногих. Система членистоногих.Филогения 67, 99–116.

Академия Google

Бракен-Гриссом, Х.Д., Ахён, С.Т., Уилкинсон, Р.Д., Фельдманн, Р.М., Швейцер, К.Е., Брейнхолт, Дж.В., и соавт. (2014). Появление омаров: филогенетические отношения, морфологическая эволюция и сравнение времени расхождения древней группы ( Decapoda: Achelata, Astacidea, Glypheidea, Polychelida ). Сист. биол. 63, 457–479. дои: 10.1093/sysbio/syu0u08

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Баклин, А., Guarnieri, M., Hill, R., Bentley, A., and Kaartvedt, S. (1999). «Таксономическая и систематическая оценка планктонных копепод с использованием митохондриальной изменчивости последовательности COI и конкурентной видоспецифичной ПЦР», в Molecular Ecology of Aquatic Communities , eds JP Zehr и MA Voytek (Dordrecht: Springer), 239–254.

Академия Google

Кантарел Б.Л., Корф И., Робб С.М.С., Парра Г., Росс Э., Мур Б. и соавт. (2008). MAKER: простой в использовании конвейер аннотаций, разработанный для новых модельных геномов организмов. Рез. генома. 18, 188–196. doi: 10.1101/gr.6743907

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Кастресана, Дж. (2000). Выбор консервативных блоков из нескольких выравниваний для их использования в филогенетическом анализе. Мол. биол. Эвол. 17, 540–552. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a0a26334

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Колбурн, Дж. К., Пфрендер, М. Э., Гилберт, Д., Томас, В. К., Tucker, A., Oakley, T.H., et al. (2011). Экореактивный геном Daphnia pulex . Наука 331, 555–561. doi: 10.1126/science.1197761

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Консорциум, ТЮ (2018). UniProt: всемирный центр знаний о белках. Рез. нуклеиновых кислот. 47, Д5Д06–Д5Д15. doi: 10.1093/nar/gky1y049

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Крэндалл, К. А., и Де Грав, С.(2017). Обновленная классификация пресноводных раков (Decapoda: Astacidea) мира с полным списком видов. J. Crustacean Biol. 37, 615–653. doi: 10.1093/jcbiol/rux0x70

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Кристеску, ME (2014). От штрихкодирования отдельных особей к метабаркодированию биологических сообществ: к интегративному подходу к изучению глобального биоразнообразия. Тренды Экол. Эвол. 29, 566–571. doi: 10.1016/j.дерево.2014.08.001

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Дейнер, К., Бик, Х.М., Махлер, Э., Сеймур, М., Лакурсьер-Руссель, А., Альтерматт, Ф., и другие. (2017). Метабаркодирование ДНК окружающей среды: трансформация методов исследования животных и растительных сообществ. Мол. Экол. 26, 5872–5895. doi: 10.1111/mec.14350

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

деВаард, Дж. Р., Левеск-Бодэн, В., деВаард, С. Л., Иванова, Н.V., McKeown, J. T. A., Miskie, R., et al. (2018). Ускоренная оценка разнообразия наземных членистоногих путем сочетания ловушек Малеза со штрих-кодированием ДНК. Геном 62, 85–95. doi: 10.1139/gen-20188-0093

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Эйлбек, К., Мур, Б., Холт, К., и Янделл, М. (2009). Количественные меры для управления и сравнения аннотированных геномов. Биоинформатика BMC 10:67. дои: 10.1186/14711-21055-10-67

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

ФАО (2019 г.). Cherax quadricarinatus (фон Мартенс, 1868).

Академия Google

Фернандес, М.С., Бустос, К., Люке, Г., Саез, Д., Нейра-Каррильо, А., Корнейлат, М., и др. (2012). Наличие протеогликанов в желудке раков Cherax quadricarinatus (Malacostraca: Decapoda). J. Crustacean Biol. 32, 802–815. дои: 10.1163/193724012X22X6X49804

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Ган, Х. М., Тан, М. Х., и Остин, К.М. (2016). Полный митогеном краснопалого рака Cherax quadricarinatus (Von Martens, 1868) ( Crustacea: Decapoda : Parastacidae ). Митохондриальная ДНК, часть A 27, 385–386. дои: 10.3109/19401736.2014.895997

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Gan, H.M., Tan, M.H., Austin, C.M., Sherman, C.D.H., Wong, Y.T., Strugnell, J., et al. (2019). Лучший шаг вперед: длинные чтения Nanopore, гибридная мета-сборка и очистка гаплотигов оптимизируют первую сборку генома черногубого морского ушка Южного полушария ( Haliotis rubra ). Перед. Гене . 10:889. doi: 10.3389/fgene.2019.00889

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Grandjean, F., Tan, M.H., Gan, H.M., Lee, Y.P., Kawai, T., Distefano, R.J., et al. (2017). Быстрое восстановление ядерных и митохондриальных генов путем удаления генома из пресноводных раков Северного полушария. Зоол. Скрипта 46, 718–728. doi: 10.1111/zsc.12247

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Гиндон, С., Дюфаярд, Дж.-Ф., Лефорт В., Анисимова М., Хордейк В. и Гаскуэль О. (2010). Новые алгоритмы и методы для оценки филогений максимального правдоподобия: оценка производительности PhyML 3.0. Сист. биол. 59, 307–321. Дои: 10.1093/sysbio/syq0q10

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Гюнтер Б., Кнебельсбергер Т., Нойманн Х., Лаакманн С. и Мартинес Арбису П. (2018). Метабаркодирование ДНК морской среды на основе митохондриальных и ядерных генов. Науч. Респ. 8:1482. дои: 10.1038/s4s1598-018-32917-х

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Gutekunst, J., Andriantsoa, ​​R., Falckenhayn, C., Hanna, K., Stein, W., Rasamy, J., et al. (2018). Эволюция клонального генома и быстрое инвазивное распространение мраморных раков. Нац. Экол. Эвол. 2, 567–573. дои: 10.1038/s4s1559-018-04677-9

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Хазкани-Чово, Э. , Зеллер, Р. М., и Мартин, В. (2010). Молекулярные полтергейсты: копии митохондриальной ДНК (numts) в секвенированных ядерных геномах. Генетика PLoS. 6:e1e000834. doi: 10.1371/journal.pgen.1000834

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., and deWaard, J.R. (2003). Биологическая идентификация с помощью штрих-кодов ДНК. Проц. биол. науч. 270, 313–321. doi: 10.1098/rspb.2002.2218

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Джонс, П., Binns, D., Chang, H.-Y., Fraser, M., Li, W., McAnulla, C., et al. (2014). InterProScan 5: классификация функций белков в масштабе генома. Биоинформатика 30, 1236–1240. doi: 10.1093/биоинформатика/btu0u31

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Кадзитани Р., Тосимото К., Ногучи Х., Тойода А., Огура Ю., Окуно М. и др. (2014). Эффективная сборка de novo сильно гетерозиготных геномов из полногеномных коротких ридов. Рез. генома. 24, 1384–1395. doi: 10.1101/гр.170720.113

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Као Д., Лай А.Г., Стаматаки Э., Росич С., Константинидес Н., Джарвис Э. и др. (2016). Геном ракообразного Parhyale hawaiensis , модели развития животных, регенерации, иммунитета и переваривания лигноцеллюлозы. Элиф 5:e2e0062. doi: 10.7554/eLife.20062.057

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Като, К.и Стэндли, Д.М. (2013). Программное обеспечение MAFFT для множественного выравнивания последовательностей, версия 7: улучшения производительности и удобства использования. Мол. биол. Эвол. 30, 772–780. doi: 10.1093/molbev/mst0t10

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Кенни, Н., Син, Ю., Шен, X., Чжэ, К., Ван, В., Чан, Т., и другие. (2014). Геномная последовательность и экспериментальная управляемость новой модели десятиногих креветок, Neocaridina denticulata . Мар. Наркотики 12, 1419–1437.дои: 10.3390/md1d2031419

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ким Д., Пагги Дж. М., Парк К., Беннетт К. и Зальцберг С. Л. (2019). Выравнивание генома на основе графа и генотипирование с помощью HISAT2 и HISAT-генотипа. Нац. Биотехнолог , 37, 907–915.

Реферат PubMed | Академия Google

Кюк П. и Лонго Г.К. (2014). FASconCAT-G: расширенные функции для подготовки множественных последовательностей к филогенетическим исследованиям. Перед. Зоол. 11:81. doi: 10.1186/s1s2983-014-0081-x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ларсон, Э. Р., и Олден, Дж. Д. (2013). Населенность и численность раков в озерах тихоокеанского северо-запада США. Свежесть. науч. 32, 94–107. дои: 10.1899/12-051.1

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Lewin, H.A., Robinson, G.E., Kress, W.J., Baker, W. J., Coddington, J., Crandall, K.A., et al. (2018). Проект Earth BioGenome: секвенирование жизни для будущего жизни. ПНАС 115, 4325–4333. doi: 10.1073/pnas.1720115115

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ли, Дж., Лв, Дж., Лю, П., Чен, П., Ван, Дж., и Ли, Дж. (2019). Исследование генома и построение карты генетического сцепления с обратным скрещиванием с высоким разрешением риджхвостой белой креветки Exopalaemon carinicauda приложений для картирования QTL признаков роста. BMC Genomics 20:598. doi: 10.1186/s1s2864-019-5981-x ​​

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Марсе, Г.и Кингсфорд, К. (2011). Быстрый подход без блокировок для эффективного параллельного подсчета вхождений k-меров. Биоинформатика 27, 764–770. doi: 10.1093/биоинформатика/btr0r11

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Мунасингхе, Д.Х. Н., Мерфи, Н.П., и Остин, К.М. (2003). Использование последовательностей митохондриальной ДНК из четырех областей генов для систематических исследований австралийских пресноводных раков рода Cherax (Decapoda: Parastacidae). J. Crustacean Biol. 23, 402–417. дои: 10.1163/200219755-999

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Нгуен, Л.-Т., Шмидт, Х.А., фон Хазелер, А., и Минь, Б.К. (2014). IQ-TREE: быстрый и эффективный стохастический алгоритм для оценки филогений с максимальным правдоподобием. Мол. биол. Эвол. 32, 268–274. doi: 10.1093/molbev/msu3u00

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Нгуен, Т. Т. Т., Мерфи, Н.П. и Остин, К.М. (2002). Амплификация множественных копий фрагментов митохондриального гена цитохрома b у австралийских пресноводных раков, Cherax destructor Clark ( Parastacidae: Decapoda ). Аним. Жене. 33, 304–308. doi: 10.1046/j.13655-2052. 2002.00867.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Памуру Р.Р., Розен О., Манор Р., Чанг Дж.С., Змора Н., Глейзер Л. и др. (2012). Стимуляция линьки с помощью РНК-интерференции гормона, ингибирующего линьку, у раков Cherax quadricarinatus . Ген. комп. Эндокринол. 178, 227–236. doi: 10.1016/j.ygcen.2012.05.007

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Пайпер, Л. (2000). Потенциал для расширения производства пресноводных раков в Австралии. Канберра: RIRDC, 19.

Академия Google

Прайс, А.Л., Джонс, Н.К., и Певзнер, П.А. (2005). De novo выявление повторяющихся семей в больших геномах. Биоинформатика 21(Доп.1), i3i51–i3i58. doi: 10.1093/биоинформатика/bti1i018

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Richman, N.I., Böhm, M., Adams, S.B., Alvarez, F., Bergey, E.A., Bunn, J.J.S., et al. (2015). Множественные факторы снижения глобального статуса пресноводных раков (Decapoda: Astacidea ). Филос. Т. Р. Соц. В 370:20140060. doi: 10.1098/rstb.2014.0060

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Салин, К., Вецци Ф., Нистедт Б., Лундеберг Дж. и Арвестад Л. (2014). BESST — эффективные леса для больших разрозненных конструкций. Биоинформатика BMC 15:281. дои: 10.1186/14711-21055-15-281

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Санчес-Эрреро, Дж. Ф., Фриас-Лопес, К., Эскуэр, П., Инохоса-Альварес, С., Арнедо, М. А., Санчес-Грасиа, А., и другие. (2019). Черновая последовательность генома паука Dysdera silvatica ( Araneae, Dysderidae ): ценный ресурс для функциональных и эволюционных геномных исследований хелицератов. Гигасайнс 8:giz0z99. doi: 10.1093/gigascience/giz0z99

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Сауд, И. П., Ганави, Дж., Томпсон, К.Р., и Вебстер, К.Д. (2013). Обзор культуры и болезней краснопалых раков Cherax quadricarinatus (Von Martens 1868). J. World Aquac. соц. 44, 1–29. doi: 10.1111/jwas.12011

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Шен Х., Брабанд А. и Шольц Г.(2013). Митогеномный анализ филогении десятиногих ракообразных подтверждает традиционные взгляды на их взаимоотношения. Мол. Филогенет. Эвол. 66, 776–789. doi: 10.1016/j.ympev.2012.11.002

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Симао, Ф. А., Уотерхаус, Р. М., Иоаннидис, П., Кривенцева, Е. В., и Здобнов, Е. М. (2015). BUSCO: оценка сборки генома и полноты аннотации с помощью однокопийных ортологов. Биоинформатика 31, 3210–3212.doi: 10.1093/биоинформатика/btv3v51

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Смит, А., и Хабли, Р. (2019). RepeatModeler-1.0.11 . Институт системной биологии.

Академия Google

Смит А., Хабли Р. и Грин П. (2019). RepeatMasker Open-4.0. 2013–2015 . Домашняя страница RepeatMasker.

Академия Google

Сонг, Х., Бухай, Дж. Э., Уайтинг, М. Ф., и Крэндалл, К. А. (2008). Много видов в одном: ДНК-штрихкодирование завышает количество видов при коамплификации ядерных митохондриальных псевдогенов. ПНАС 105, 13486–13491. doi: 10.1073/pnas.0803076105

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Сонг Л., Биан К., Луо Ю., Ван Л., Ю Х., Ли Дж. и др. (2016). Проект генома китайского мохнатого краба, Eriocheir sinensis . Гигасайнс 5:5. doi: 10.1186/s1s3742-016-0112-y

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Соренсон, доктор медицины, и Куинн, Т. В. (1998). Numts: вызов для систематики птиц и популяционной биологии. Аук 115, 214–221. дои: 10.2307/4089130

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Станке М. , Келлер О., Гундуз И., Хейс А., Ваак С. и Моргенштерн Б. (2006). АВГУСТ: ab initio предсказание альтернативных транскриптов. Рез. нуклеиновых кислот. 34 (Приложение 2), W4W35–W4W39. doi: 10.1093/нар/gkl2l00

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Тан, М. Х., Остин, К. М., Хаммер, М. П., Ли, Ю. П., Крофт, Л. Дж.и Ган, Х.М. (2018). В поисках Немо: гибридная сборка с ридами Oxford Nanopore и Illumina значительно улучшает сборку генома рыбы-клоуна ( Amphiprion ocellaris ). Гигасайнс 7, 1–6. doi: 10.1093/gigascience/gix1x37

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Tan, M.H., Gan, H.M., Gan, H.Y., Lee, Y.P., Croft, L.J., Schultz, M.B., et al. (2016). Первый всеобъемлющий транскриптом нескольких тканей Cherax quadricarinatus ( Decapoda: Parastacidae ) обнаруживает неожиданное разнообразие эндогенной целлюлазы. Орг. Дайверы. Эвол. 16, 185–200. doi: 10. 1007/s1s3127-015-02377-3

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Тан, М. Х., Ган, Х. М., Ли, Ю. П., Бракен-Гриссом, Х., Чан, Т.-Ю., Миллер, А. Д., и соавт. (2019). Сравнительная митогеномика десятиногих выявляет эволюционную неоднородность в архитектуре и составе. Науч. Респ. 9:1075. дои: 10.1038/s4s1598-019-471455-0

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Тан, Х., Цинь, Дж. Г., Чен, Б., Чен, Л., и Ли, X. (2004). Кариологические анализы красноклешневых раков Cherax quadricarinatus ( Decapoda: Parastacidae ). Аквакультура 234, 65–76. doi: 10.1016/j.aquaculture.2003.12.020

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Toon, A., Pérez-Losada, M., Schweitzer, C.E., Feldmann, R.M., Carlson, M., and Crandall, K.A. (2010). Гондванское излучение раков Южного полушария ( Decapoda : Parastacidae ): данные окаменелостей и молекул. Ж. Биогеогр. 37, 2275–2290. doi: 10.1111/j.13655-2699.2010.02374.x

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Van Quyen, D., Gan, H.M., Lee, Y.P., Nguyen, D.D., Nguyen, T.H., Tran, X.T., et al. (2020). Улучшенные геномные ресурсы черной тигровой креветки ( Penaeus monodon ). Mar. Genomics 100751. doi: 10.1016/j.margen.2020.100751

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Вентура, Т., Стюарт, М.Дж., Чендлер, Дж. К., Ротганс, Б., Элизур, А., и Хьюитт, А. В. (2019). Молекулярные аспекты развития и регенерации глаз у австралийских краснопалых раков, Cherax quadricarinatus . Аква. Рез. 4, 27–36. doi: 10.1016/j.aaf.2018.04.001

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Vurture, G.W., Sedlazeck, FJ, Nattestad, M., Underwood, C.J., Fang, H., Gurtowski, J., et al. (2017). GenomeScope: быстрое безреференсное профилирование генома по коротким чтениям. Биоинформатика 33, 2202–2204. doi: 10.1093/биоинформатика/btx1x53

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Уокер, Б.Дж., Абил, Т., Ши, Т., Прист, М., Абуэльель, А., Шактикумар, С., и другие. (2014). Pilon: интегрированный инструмент для комплексного обнаружения микробных вариантов и улучшения сборки генома. PLoS ONE 9:e1e12963. doi: 10.1371/journal.pone.0112963

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Уоррен, Р.Л., Янг С., Вандервалк Б.П., Бехсаз Б., Лагман А., Джонс С.Дж.М. и соавт. (2015). ССЫЛКИ: масштабируемое построение черновых геномов без выравнивания с длинными чтениями. Гигасайнс 4:35. doi: 10.1186/s1s3742-015-00766-3

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Уильямс, С. Т., и Ноултон, Н. (2001). Митохондриальные псевдогены широко распространены и часто коварны у щелкающих креветок рода Alpheus . Мол. биол. Эвол. 18, 1484–1493. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a0a03934

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Wolfe, J.M., Breinholt, J.W., Crandall, K.A., Lemmon, A.R., Lemmon, E.M., Timm, L.E., et al. (2019). Филогеномная основа, хронология эволюции и геномные ресурсы для сравнительных исследований десятиногих ракообразных. Проц. биол. науч. 286:2019.0079. doi: 10.1098/rspb.2019.0079

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Юань, Дж., Zhang, X., Liu, C., Yu, Y., Wei, J., Li, F., et al. (2018). Геномные ресурсы и сравнительный анализ двух экономичных видов пенеидных креветок, Marsupenaeus japonicus и Penaeus monodon . Март Геномика 39, 22–25. doi: 10.1016/j.margen.2017.12.006

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Зенгер, К.Р., Хаткар, М.С., Джонс, Д.Б., Халилисамани, Н., Джерри, Д.Р., и Раадсма, Х.В. (2019). Геномная селекция в аквакультуре: применение, ограничения и возможности с особым упором на морских креветок и жемчужных устриц. Перед. Жене. 9:693. doi: 10.3389/fgene.2018.00693

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Zhang, X., Yuan, J., Sun, Y., Li, S., Gao, Y., Yu, Y., et al. (2019). Геном пенеидной креветки дает представление об адаптации к бентосу и частой линьке. Нац. коммун. 10:356. дои: 10.1038/s4s1467-018-081977-4

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Искусственная инкубация яиц раков: обзор и отчет об экспериментальном исследовании влияния происхождения потомства (материнская или искусственная инкубация) на выживание и рост молоди сигнальных раков (Pacifastacus leniusculus, Astacidae)

  • Accefors H, Gydemo R , Westin L (1989) Рост и выживание молоди раков, Astacus astacus , в зависимости от пищи и плотности.In: de Pauw N, Jaspers E, Ackefors H, Wilkins N (eds) Аквакультура — биотехнология в стадии разработки. Европейское общество аквакультуры, Бреден, стр. 365–373

    Google Scholar

  • Аккефорс Х. , Кастелл Дж.Д., Бостон Л.Д., Рэти П., Свенссон М. (1992) Стандартные экспериментальные рационы для исследования питания ракообразных. II. Рост и выживание молоди раков Astacus astacus (Linné) при кормлении рационами, содержащими различное количество белков, углеводов и липидов.Аквакультура 104:341–356. дои: 10.1016/0044-8486(92)

    -7

    Артикул Google Scholar

  • Ackefors H, Gydemo R, Keyser P (1995) Рост и линька молоди благородных раков в заключении Astacus astacus (L.) (Decapoda: Astacidae). Freshw Crayfish 10: 396–409

    Google Scholar

  • Эндрюс Э.А. (1904) Особенности размножения раков.Ам Нат 38: 165–206. дои: 10.1086/278387

    Артикул Google Scholar

  • Arrignon J (1981) L’écrevisse et son élevage. Gauthier-Villars, Париж

    Google Scholar

  • Blake M, Nyström P, Hart P (1994) Влияние сорняков на молодь сигнальных раков ( Pacifastacus leniusculus Dana), подвергшихся воздействию взрослых раков и мирной рыбы. Энн Зул Фенн 31: 297–306

    Google Scholar

  • Бродский С.Ю. (1962) L’élevage artificiel des écrevisses de rivière — Единый метод совершенствования воспроизводства резервов. Вопр. Ecologii i Biosenologii 4

  • Brodsky SJ (1984) Sur l’élevage en Union Soviétique des écrevisses de rivière (Astacidae) по промышленному методу и по перспективам этого метода. Рыба Пт 78:5–9

    Google Scholar

  • Carral JM, Celada JD, Gaudioso VR, Temiño C, Fernández R (1988) Улучшение искусственной инкубации яиц раков ( Pacifastacus leniusculus Dana) при низких температурах во время эмбрионального развития.Fresw Crayfish 7: 239–250

    Google Scholar

  • Carral JM, Celada JD, Gonzalez J, Gaudioso VR, Fernández R, Lopez-Baissón C (1992) Искусственная инкубация яиц раков ( Pacifastacus leniusculus Dana) на ранних стадиях эмбрионального развития. Аквакультура 104: 261–269. дои: 10.1016/0044-8486(92)

    -3

    Артикул Google Scholar

  • Карраль Х.М., Саес-Ройуэла М., Селада Х.Д., Перес Х.Р., Мелендре П.М., Агилера А. (2003) Преимущества методов искусственного воспроизводства белокоготных раков ( Austropotamobius pallipes Lereboullet).Bull Fr Peche Piscicult 370–371: 181–184. doi: 10.1051 / kmae: 2003013

    Артикул Google Scholar

  • Carral JM, Pérez JR, Celada JD, Sáez-Royuela M, Melendre PM, Aguilera A (2004) Влияние частоты удаления мертвых яиц на производство молоди на стадии 2 при искусственной инкубации Austropotamobius pallipes Lereboullet. Bull Fr Peche Piscicult 372–373: 425–430. doi: 10.1051 / kmae: 2004015

    Артикул Google Scholar

  • Celada JD, Gaudioso VR, Paz P, Fernández R (1985) Идентификация и хронология фаз развития œufs de l’écrevisse ( Pacifastacus leniusculus Dana) для прямого наблюдения. Рыба Пт 82:5–8

    Google Scholar

  • Celada JD, Paz P, Gaudioso VR, Fernández R (1987) Эмбриональное развитие пресноводных раков ( Pacifastacus leniusculus Dana): сканирующее электронное микроскопическое исследование. Анат Рек. 219:304–310. дои: 10.1002/ar.10921

  • ПабМед Статья КАС Google Scholar

  • Celada JD, Carral JM, Gaudioso VR, Temiño C, Fernández R (1989) Реакция молодых пресноводных раков ( Pacifastacus lenisculus Dana) на несколько свежих и искусственно составленных рационов.Аквакультура 76:67–78. дои: 10.1016/0044-8486(89)

    -4

    Артикул Google Scholar

  • Celada JD, Carral JM, González J (1991) Исследование по идентификации и хронологии эмбриональных стадий пресноводных раков Austreopotamobius pallipes (Lereboullet, 1858). Ракообразные 61 (3): 225–232. дои: 10.1163/156854091X00119

    Артикул Google Scholar

  • Celada JD, Carral JM, Gaudioso VR, González J, Lopez-Baissón C, Fernández R (1993) Выживание и рост молоди пресноводных раков Pacifastacus leniusculus Дана питалась двумя сырыми кормами и двумя коммерческими кормами.J World Aquac Soc 24 (1): 108–111. doi:10.1111/j.1749-7345.1993.tb00157.x

    Артикул Google Scholar

  • Селада Х.Д., Каррал Х.М., Саес-Ройуэла М., Гаудиозо В.Р., Муньос М.К., Перес Х.Р. (1994) Исследование, проведенное в университете Леона. Фак Вет 38:55–70

    Google Scholar

  • Celada JD, Gonzalez J, Carral JM, Fernández R, Pérez JR, Sáez-Royuela M (2000) Хранение и транспортировка яиц сигнальных раков с эмбрионами, Pacifastacus leniusculus . N Am J Aquac 62: 308–310. doi :10.1577/1548-8454(2000)062<0308:SATOEE>2.0.CO;2

    Статья Google Scholar

  • Celada JD, Carral JM, Pérez JR, Sáez-Royuela M, Muñoz C (2001) Успешное хранение и транспортировка яиц белокоготых раков ( Austropotamobius pallipes Lereboullet). Аквак Инт 9: 269–276. дои: 10.1023/A:1015337211733

    Артикул Google Scholar

  • Celada JD, Carral JM, Sáez-Royuela M, Melendre PM, Aguilera A (2004) Влияние различных противогрибковых средств на искусственную инкубацию яиц астацидных раков ( Pacifastacus leniusculus Dana).Аквакультура 239: 249–259. doi:10.1016/j.aquaculture.2004.06.003

    Артикул КАС Google Scholar

  • Celada JD, Aguilera A, Carral JM, Sáez-Royuela M, Melendre PM (2008) Выращивание личинок линя ( Tinca tinca L. ) на живом корме ( Artemia ) и два графика перехода от живого к сухие диеты. J Appl Ихтиол. doi:10.1111/j.1439-0426.2008.01078.x

    Google Scholar

  • Цукерзис Дж.М. (1964) Эксперимент по инкубации яиц раков.Акад Наут Литовской ССР C1 33:87–93

    Google Scholar

  • Cukerzis JM (1969) Экология и физиология личинок Astacus astacus и Astacus leptodactylus . Inst Zool Bot Ac Sci Эстонская ССР, Таллин, стр. 171–177

    Google Scholar

  • Cukerzis JM (1984) La biologie de l’écrevisse ( Astacus astacus L.). ИНРА, Версаль

    Google Scholar

  • Cukerzis JM (1988) Astacus astacus в Европе.В: Холдич Д.М., Лоури Р.С. (ред.) Пресноводные раки: биология, управление и эксплуатация. Крум Хелм, Лондон, стр. 309–340

    Google Scholar

  • D’Abramo LR, Wright JS, Wright KH, Bordner CE, Conklin DE (1985) Требования к стеролам культивируемых молодых раков Pacifastacus leniusculus . Аквакультура 49:245–255

    Статья Google Scholar

  • Edgerton BF, Owens L (1997) Возраст при первом заражении Cherax quadricarinatus бациллоподобным вирусом Cherax quadricarinatus и Cherax Giardivirus -подобным вирусом, а также производство предположительно свободных от вирусов раков.Аквакультура 152:1–12

    Статья Google Scholar

  • Edgerton BF, Owens L (1999) Гистопатологические исследования пресноводных речных раков, Cherax quadricarinatus , в Австралии. Аквакультура 180:23–40

    Статья Google Scholar

  • Эванс Л.Х., Цветненко Э. , Грэм Т., Фан А., Финн С., Нотт Б., Коста Н. (1993) Часть II: эксперименты по искусственному размножению.В: Повышение коммерческой жизнеспособности раков. Министерство торговли и торговли, Западная Австралия, стр. 24–52

  • Герарди Ф., Холдич Д.М. (1999) Раки в Европе как чужеродные виды. Как сделать лучшее из плохой ситуации?. АА Балкема, Роттердам

    Google Scholar

  • González J, Carral JM, Celada JD, Sáez-Royuela M, Gaudioso VR, Fernández R, López-Baisson C (1993) Управление икрой раков ( Pacifastacus leniusculus Dana) для интенсификации производства молоди.Fresw Crayfish 9: 144–146

    Google Scholar

  • Gydemo R, Westin L (1989) Рост и выживание молоди Astacus astacus L. при оптимизированной температуре воды. В: де Пау Н., Джасперс Э., Акефорс Х., Уилкинс Н. (ред.) Аквакультура – ​​прогресс биотехнологии. Европейское общество аквакультуры, Бреден, Бельгия, стр. 383–391

    Google Scholar

  • Генрион М., Первис И.В. (2000) Яйца и детеныши пресноводных раков маррона ( Cherax tenuimanus ) можно успешно инкубировать искусственно.Аквакультура 184:247–254

    Статья Google Scholar

  • Henttonen P, Huner JV, Lindqvist OV, Henttonen L, Pitkäniemi J (1993) Линька, рост, выживаемость и окраска молоди Astacus astacus (L.), получающих рационы с зеленым растительным материалом и без него и содержащиеся в индивидуальных клетки и общие резервуары. Freshw Crayfish 9: 426–441

    Google Scholar

  • Hobbs HH Jr (1988) Распределение раков, адаптивная радиация и эволюция.В: Холдич Д.М., Лоури Р.С. (ред.) Пресноводные раки: биология, управление и эксплуатация. Крум Хелм, Лондон, стр. 52–82

    Google Scholar

  • Хофманн Дж. (1978) Кангрехос-де-Рио. Compañía Editorial Continental, Барселона

    Google Scholar

  • Järvenpää T (1995) Искусственная инкубация икры раков на движущемся лотке (аннотация). Свежие раки 8:716

    Google Scholar

  • King CR (1993) Время развития и хранения икры красноклешневого рака Cherax quadricarinatus von Martens.Аквакультура 109:275–280

    Статья Google Scholar

  • Köksal G (1988) Astacus leptodactylus в Европе. В: Холдич Д.М., Лоури Р.С. (ред.) Пресноводные раки: биология, управление и эксплуатация. Крум Хелм, Лондон, стр. 365–400

    Google Scholar

  • Леонард Б.В., Леннард В.А., Килдеа Д. (2001) Метод проверки эффективности искусственной инкубации яиц по сравнению с инкубацией яиц.вынашивание материнского потомства у пресноводного рака Cherax destructor (Decapoda: Parastacidae). Аквакультура 195:299–309

    Статья Google Scholar

  • Льюис С.Д. (2002) Пацифастак . В кн.: Холдич Д.М. (ред.) Биология пресноводных раков. Школа наук о жизни и окружающей среде, Ноттингемский университет, Ноттингем, стр. 511–540

    Google Scholar

  • Mason JC (1977) Искусственная инкубация яиц раков ( Pacifastacus leniusculus Dana).Fresw Crayfish 3: 119–132

    Google Scholar

  • Mason JC (1979) Влияние температуры, фотопериода, субстрата и укрытия на выживаемость, рост и накопление биомассы молоди Pacifastacus leniusculus в культуре. Freshw Crayfish 4: 73–82

    Google Scholar

  • Matthews M, Reynolds JD (1995) Культивирование яиц раков in vitro с использованием инкубатора с рециркуляцией воздуха.Freshw Crayfish 8:300–306

    Google Scholar

  • McDonnell GE, Russell D (1999) Антисептики и дезинфицирующие средства: активность, действие и устойчивость. Clin Microbiol Rev 12:147–179

    PubMed КАС Google Scholar

  • McDonnell G (2007) Антисептика, дезинфекция и стерилизация: типы, действие и устойчивость. Американское общество микробиологии, Вашингтон, округ Колумбия

    Google Scholar

  • Melendre PM, Celada JD, Carral JM, Sáez-Royuela M, Aguilera A (2006) Эффективность противогрибковой обработки во время искусственной инкубации яиц сигнальных раков ( Pacifastacus leniusculus Dana.Астациды). Аквакультура 257:257–265

    Статья КАС Google Scholar

  • Melendre PM, Celada JD, Carral JM, Sáez-Royuela M, Aguilera A (2007) Влияние частоты удаления молоди на стадии 2 на выживаемость при искусственной инкубации яиц раков ( Pacifastacus leniusculus Dana. Astacidae). J Shellfish Res 26(1):201–203

    Статья Google Scholar

  • Наката К. , Мацубара Х., Гошима С. (2004) Искусственная инкубация яиц японских раков ( Cambaroides japonicus ) с использованием простого и легкого метода с использованием микропланшета.Аквакультура 230:273–279

    Статья Google Scholar

  • Nylund V, Westman K (1992) Болезни раков и борьба с ними в Финляндии. Финское рыбное хозяйство 14:107–118

    Google Scholar

  • Nyström P (1994) Выживаемость молоди сигнальных раков ( Pacifastacus leniusculus ) в зависимости от интенсивности и плотности света. Nord J Freshw Res 69: 162–166

    Google Scholar

  • Paris P (1911) Essai d’incubation artificielle des oeufs d’écrevisse.Bull Soc Nat D’Aclim Пт 58:56–58

    Google Scholar

  • Pérez JR, Carral JM, Celada JD, Sáez-Royuela M, Romero MP (1998a) Влияние различных термических обработок во время эмбрионального развития на эффективность искусственной инкубации яиц раков ( Austropotamobius pallipes Lereboullet). Контроль продолжительности эмбриогенеза и последствия для коммерческого производства. Invertebr Reprod Dev 34(2–3):253–258

    Google Scholar

  • Pérez JR, Carral JM, Celada JD, Sáez-Royuela M, Muñoz C, Antolín JI (1998b) Влияние времени зачистки на успех искусственной инкубации пресноводных раков, Austropotamobius pallipes (Lereboullet), яйца .Aquac Res 29: 389–395

    Google Scholar

  • Pérez JR, Carral JM, Celada JD, Muñoz C, Sáez-Royuela M, Antolín JI (1999) Возможности искусственной инкубации яиц белокоготых раков ( Austropotamobius pallipes Lereboullet): сравнение материнских и искусственных инкубация. Аквакультура 170:29–35

    Статья Google Scholar

  • Pérez JR, Celada JD, Gonzalez J, Carral JM, Sáez-Royuela M, Fernández R (2003) Продолжительность хранения яиц при различных температурах у астацидных раков Pacifastacus leniusculus : критическая эмбриональная фаза.Аквакультура 219:347–354

    Статья Google Scholar

  • Поликар Т., Козак П., Мартин Дж. (2006) Влияние ванны для яиц и ежедневного удаления мертвых яиц на успешность вылупления и производство молоди на стадии 2 во время искусственной инкубации у благородных раков ( Astacus astacus L.). Bull Fr Pêche Piscic 380–381:1197–1206

    Статья Google Scholar

  • Reichenbach H (1886) Studien zur Entwicklungsgeschichte des Flusskrebses.Abhandlungen der Senckenbergischen Naturfors-chenden Gesellschaft 14:1–137

    Google Scholar

  • Reynolds JD (2002) Рост и размножение. В кн.: Холдич Д.М. (ред.) Биология пресноводных раков. Школа наук о жизни и окружающей среде, Ноттингемский университет, Ноттингем, стр. 152–191

    Google Scholar

  • Rhodes CP (1981) Искусственная инкубация яиц раков Austropotamobius pallipes Lereboullet.Аквакультура 25:129–140

    Статья Google Scholar

  • Sáez-Royuela M, Carral JM, Celada JD, Muñoz C (1995) Влияние содержания на выживаемость и рост молоди пресноводных раков стадии 2 ( Pacifastacus leniusculus Dana) в лабораторных условиях. Аквакультура 133:123–133

    Статья Google Scholar

  • Sáez-Royuela M, Carral JM, Celada JD, Muñoz C, Pérez JR (1996) Модифицированный фотопериод и интенсивность света влияют на выживаемость и рост молодых сигнальных раков стадии 2 Pacifastacus leniusculus .J Appl Aquac 6(3):33–37

    Статья Google Scholar

  • Sáez-Royuela M, Carral JM, Celada JD, Pérez JR (2001) Влияние типа укрытия и частоты кормления на выживаемость и рост молоди белокоготных раков на стадии 2 ( Austropotamobius pallipes Lereboullet) в лабораторных условиях . Aquacult Int 9:489–497

    Статья Google Scholar

  • Sáez-Royuela M, Carral JM, Celada JD, Pérez JR, González A (2007) Живой корм в качестве добавки с начала внешнего кормления молоди сигнальных раков ( Pacifastacus leniusculus Dana.Astacidae) в контролируемых условиях. Аквакультура 269:321–327

    Статья Google Scholar

  • Savolainen R, Ruohonen K, Tulonen J (2003) Влияние донного субстрата и наличия укрытия в экспериментальных аквариумах на рост и выживание сигнальных раков, Pacifastacus leniusculus (Dana) молоди. Aquac Res 34(4):289–297

    Статья Google Scholar

  • Savolainen R, Ruohonen K, Railo E (2004) Влияние плотности посадки на рост, выживаемость и повреждения хелипедом молоди сигнальных раков 2 стадии Pacifastacus leniusculus Dana.Аквакультура 231:237–248

    Статья Google Scholar

  • Stephensona H, Gabela M, Barnesb ME (2003) Ингибирование микробов в ответ на обработку перекисью водорода и формалином яиц чавычи, не имеющих выхода к морю, по данным сканирующей электронной микроскопии. N Am J Aquac 65:324–329

    Статья Google Scholar

  • Strempel KM (1973) Edelkrebserbrütung in Zuger-Gläsern und Anfütterung der Krebsbrut.Fresw Crayfish 1: 234–238

    Google Scholar

  • Taugbøl T, Skurdal J (1992) Рост, смертность и скорость линьки благородных раков Astacus astacus Молодь L. в экспериментах по аквакультуре. Аквак Фиш Манаг 23:411–420

    Google Scholar

  • Taylor CA (2002) Таксономия и сохранение местных запасов раков. В кн.: Холдич Д.М. (ред.) Биология пресноводных раков.Школа наук о жизни и окружающей среде, Ноттингемский университет, Ноттингем, стр. 236–257

    Google Scholar

  • Van Stappen G (1996) Использование кист. В: Lavens P, Sorgeloos P (ред.) Руководство по производству и использованию живых кормов для аквакультуры. Технический документ ФАО по рыболовству 361. ФАО, Рим, стр. 107–136

    Google Scholar

    • Характеристика популяционной генетической структуры красного болотного рака Procambarus clarkii в Китае

  • 1.

    Huner, JV. Представление луизианских красных болотных раков, Procambarus clarkii (Girard): обновление. Пресноводные раки 3 , 193–202 (1977).

    Google Scholar

  • 2.

    Gherardi, F. Раки, вторгшиеся в Европу: пример Procambarus clarkii. март Freshw. Поведение физ. 39 , 175–191 (2006).

    Артикул Google Scholar

  • 3.

    Барбарези, С., Сантини, Г., Трикарико, Э. и Герарди, Ф. Поведение инвазивных раков Procambarus clarkii (Girard). J. Nat. История 38 , 2821–2832 (2004).

    Артикул Google Scholar

  • 4.

    Adao, H. & Marques, JC. Биология популяции красного болотного рака Procambarus clarkii (Girard, 1852) на юге Португалии. Crustaceana 65 , 336–345 (1993).

    Артикул Google Scholar

  • 5.

    Wan, J.-j и др. . Влияние обработки соевой муки на показатели роста, усвояемость питательных веществ, выделение азота и фосфора у красного болотного рака Procambarus clarkii. Аквакульт. Междунар. 25 , 543–554 (2017).

    КАС Статья Google Scholar

  • 6.

    Юэ, Г. Х. и др. . Высокая распространенность множественного отцовства у инвазивных раков Procambarus clarkii. Междунар. Дж. Биол. науч. 6 , 107 (2010).

    Артикул ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 7.

    Абдель-Габер Р.А., Эль-Дин А.-Х. С., Варжабедян, К.Г. и Мохамед, М.М. Противовирусный иммунитет у красных болотных раков, Procambarus clarkii: продукция гемоцитов, пролиферация и апоптоз. Дж. Египет. соц. Паразитол. 43 , 71–86 (2013).

    Артикул пабмед Google Scholar

  • 8.

    Du, Z. Сравнительный транскриптомный анализ выявил три потенциальных противовирусных сигнальных пути в ткани лимфатических органов красного болотного рака Procambarus clarkii. Жен. Мол. Рез. 15 , gmr15048858 (2016).

    Google Scholar

  • 9.

    Жан, А. и др. . Зависимое от масштаба распространение после укоренения и генетическое разнообразие моллюска-вселенца в Южной Америке. Водолазы. Распредел. 18 , 1042–1055 (2012).

    Артикул Google Scholar

  • 10.

    Юэ, Г. и др. . Открытие четырех природных клонов у раков вида Procambarus clarkii. Междунар. Дж. Биол. науч. 4 , 279–282 (2008).

    КАС Статья ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 11.

    Ли, Ю. и др. . Генетическая структура популяции и характер расселения красного болотного рака Procambarus clarkii в Китае после укоренения. PLoS One 7 , e40652 (2012 г.).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 12.

    Ли, Ю. и др. . Вывод истории инвазии красного болотного рака (Procambarus clarkii) в Китай на основе митохондриальной контрольной области и последовательностей ядерных интронов. Междунар. Дж. Мол. науч. 16 , 14623–14639 (2015).

    Артикул ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 13.

    Zhu, B., Huang, Y., Dai, Y., Bi, C. & Hu, C. Генетическое разнообразие популяций красного болотного рака (Procambarus clarkii) в среднем и нижнем течении Янцзы Река на основе маркеров AFLP. Жен. Мол. Рез. 12 , 791–800 (2013).

    КАС Статья пабмед Google Scholar

  • 14.

    Ван, К. и др. . Генетическое разнообразие четырех популяций Procambarus clarkii в низовьях реки Янцзы. Биодайверы. науч. 17 , 518–523 (2009).

    Артикул Google Scholar

  • 15.

    Zhu, Z.Y. & Yue, G.H. Одиннадцать полиморфных микросателлитов, выделенных из красных болотных раков, Procambarus clarkii. Мол. Экол. Рез. 8 , 796–798 (2008).

    КАС Статья Google Scholar

  • 16.

    Du, Z., Jin, Y. & Ren, D. Углубленный сравнительный транскриптомный анализ кишечника красного болотного рака Procambarus clarkii, инфицированного WSSV. Науч. Респ. 6 , 26780 (2016).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 17.

    Ван С., Мейер Э., Маккей Дж. К. и Матц М. В. 2b-RAD: простой и гибкий метод полногеномного генотипирования. Нац.методы 9 , 808–810 (2012).

    КАС Статья пабмед Google Scholar

  • 18.

    Лю, Х. и др. . Карта генетического сцепления высокой плотности и точное картирование QTL для массы тела карася (Carassius auratus) с использованием секвенирования 2b-RAD. G3: Гены, геномы, генетика 7 , 2473–2487 (2017).

    Артикул Google Scholar

  • 19.

    Прентис, П. Дж., Уилсон, Дж. Р., Дормонтт, Э. Э., Ричардсон, Д. М. и Лоу, А. Дж. Адаптивная эволюция инвазивных видов. Trends Plant Sci. 13 , 288–294 (2008).

    КАС Статья пабмед Google Scholar

  • 20.

    Гиллис, М. К. и Уолш, М. Р. Быстрая эволюция смягчает экологические последствия инвазивного вида (Bythotrephes longimanus) в озерах штата Висконсин. в Proc.Р. Соц. B 284, 20170814 (Королевское общество, 2017 г.).

  • 21.

    Whitney, K.D. & Gabler, C.A. Быстрая эволюция интродуцированных видов, «инвазивных признаков» и реципиентных сообществ: проблемы прогнозирования инвазивного потенциала. Водолазы. Распредел. 14 , 569–580 (2008).

    Артикул Google Scholar

  • 22.

    Чжан М. и др. . Морфологический многовариантный анализ различных географических популяций Procambarus clarkii. Дж. Наньчанский университет (естественные науки) 40 , 189–196 (2016).

    Google Scholar

  • 23.

    Млинарек, Дж. и др. . Сравнительные исследования кариотипов европейских раков Astacus astacus и A. leptodactylus (Decapoda, Astacidae). Ракообразные 84 , 1497–1510 (2011).

    Артикул Google Scholar

  • 24.

    Сальвадори, С. и др. . Кариотип, рибосомные гены и теломерные последовательности раков Procambarus clarkii (Decapoda: Cambaridae). J. Crustacean Biol. 34 , 525–531 (2014).

    Артикул Google Scholar

  • 25.

    Пекораро, К. и др. . Методологическая оценка метода генотипирования 2b-RAD для выводов о структуре популяции желтоперого тунца (Thunnus albacares). март.Геном. 25 , 43–48 (2016).

    Артикул Google Scholar

  • 26.

    Blanco-Bercial, L. & Bucklin, A. Новый взгляд на популяционную генетику зоопланктона: анализ RAD-seq раскрывает структуру популяции североатлантических планктонных копепод Centropages typicus. Мол. Экол. 25 , 1566–1580 (2016).

    Артикул пабмед Google Scholar

  • 27.

    Доу, Дж. и др. . Оценка метода 2b-RAD для геномной селекции при разведении гребешка. Науч. Респ. 6 , 19244 (2016).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 28.

    Длугош К. и Паркер И. Основополагающие события инвазий видов: генетическая изменчивость, адаптивная эволюция и роль множественных интродукций. Мол. Экол. 17 , 431–449 (2008).

    КАС Статья пабмед Google Scholar

  • 29.

    Кольбе, Дж. Дж. и др. . (2004). Генетическая изменчивость увеличивается во время биологического вторжения кубинской ящерицы. Природа 431 , 177 (2004).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья пабмед Google Scholar

  • 30.

    Lee, C. E. Эволюционная генетика инвазивных видов. Тренды Экол.Эвол. 17 , 386–391 (2002).

    Артикул Google Scholar

  • 31.

    Lavergne, S. & Molofsky, J. Увеличение генетической изменчивости и эволюционного потенциала определяют успех инвазивной травы. Проц. Натл. акад. науч. США 104 , 3883–3888 (2007).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 32.

    Huang, S. Новые размышления над старой загадкой: что определяет генетическое разнообразие внутри и между видами? Геномика 108 , 3–10 (2016).

    КАС Статья пабмед Google Scholar

  • 33.

    Юань, Д. и др. . Методы оценки коллективного эффекта SNP: минорные аллели общих SNP количественно влияют на признаки/заболевания и подвергаются как положительному, так и отрицательному отбору. Препринт arXiv arXiv 1209 , 2911 (2012).

    Google Scholar

  • 34.

    Агравал А. А. Фенотипическая пластичность во взаимодействиях и эволюции видов. Наука 294 , 321–326 (2001).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья пабмед Google Scholar

  • 35.

    Коллманн, Дж. и Баньюэлос, М.Дж. Широтные тенденции роста и фенологии инвазивного чужеродного растения Impatiens glandulifera (Balsaminaceae). Водолазы. Распредел. 10 , 377–385 (2004).

    Артикул Google Scholar

  • 36.

    Леже, Э. А. и Райс, К. Дж. Инвазивные калифорнийские маки (Eschscholzia californica Cham.) вырастают крупнее местных особей в условиях ослабленной конкуренции. Экол. лат. 6 , 257–264 (2003).

    Артикул Google Scholar

  • 37.

    Рэпсон Г.и Уилсон, Дж. Б. Генеология Agrostis capillaris L. (Poaceae) — захватчика Новой Зеландии: 1. Фенология цветков. Новый рвение. Дж. Бот. 30 , 1–11 (1992).

    Артикул Google Scholar

  • 38.

    Райс, К. Дж. и Мак, Р. Н. Экологическая генетика Bromus tectorum. II. Внутривидовая изменчивость фенотипической пластичности. Oecologia , 84–90 (1991).

  • 39.

    Болтон, Т. Ф. и Грэм, В.М. Морфологическая изменчивость среди популяций инвазивных медуз. Мар. Экол. прог. сер. 278 , 125–139 (2004).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ Статья Google Scholar

  • 40.

    Ochocki, B.M. & Miller, T.E. Быстрая эволюция способности к расселению делает биологические инвазии более быстрыми и более изменчивыми. Нац. коммун. 8 , 14315 (2017).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ КАС Статья ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 41.

    Коррейя, А. М. и Феррейра, О. Роющее поведение интродуцированных красных болотных раков Procambarus clarkii (Decapoda: Cambaridae) в Португалии. J. Crustacean Biol. 15 , 248–257 (1995).

    Артикул Google Scholar

  • 42.

    Веймин, М. Последние разработки в выращивании риса и рыбы в Китае: целостный подход к улучшению условий жизни в сельской местности. В историях успеха в азиатской аквакультуре 15–40 (Springer, 2010).

  • 43.

    Arce, J. A. & Diéguez-Uribeondo, J. Структурные повреждения, вызванные инвазивными раками Procambarus clarkii (Girard, 1852) на рисовых полях Пиренейского полуострова: учебный случай. Фундамент. заявл. Limnol./Archiv für Hydrobiologie 186 , 259–269 (2015).

    Артикул Google Scholar

  • 44.

    Ли, Ю. и др. . Выделение ДНК из экзоскелета раков. Индийский J Exp.биол. 49 , 953–957 (2011).

    КАС пабмед Google Scholar

  • 45.

    Fu, X. и др. . RADtyping: интегрированный пакет для точного кодоминантного и доминантного генотипирования RAD de novo при картировании популяций. PloS one 8 , e79960 (2013 г.).

    ОБЪЯВЛЕНИЕ Статья ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 46.

    Excoffier, L., Laval, G. & Schneider, S. Arlequin (версия 3.0): интегрированный программный пакет для анализа данных популяционной генетики. Эволюция. Биоинформ. 2005 , 0 (2007).

    Google Scholar

  • 47.

    Притчард, Дж. К., Стивенс, М. и Доннелли, П. Вывод о структуре популяции с использованием данных о многолокусных генотипах. Генетика 155 , 945–959 (2000).

    КАС ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 48.

    Дженсен, Дж. Л., Бохонак, А. Дж. и Келли, С. Т. Изоляция на расстоянии, веб-сервис. Генетика BMC 6 , 13 (2005).

    Артикул ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 49.

    Ян, Дж., Ли, С. Х., Годдард, М. Э. и Вишер, П. М. GCTA: инструмент для полногеномного анализа сложных признаков. утра. Дж. Хам. Жене. 88 , 76–82 (2011).

    КАС Статья ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 50.

    Тамура, К., Стечер, Г., Петерсон, Д., Филипски, А. и Кумар, С. MEGA6: Молекулярно-эволюционный генетический анализ, версия 6.0. Мол. биол. Эвол. 30 , 2725–2729 (2013).

    КАС Статья ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 51.

    Берли, П. и Пальчевски, М. Единая система для оценки панмиксии и направления миграции между несколькими точками отбора проб. Генетика 185 , 313–326 (2010).

    Артикул ПабМед Центральный пабмед Google Scholar

  • 52.

    Хотхорн, Т., Хорник, К., Ван Де Виль, М.А. и Зейлейс, А. Внедрение класса перестановочных вредителей: упаковка монет. (2008).

    • Команда обнаружила гибриды инвазивных и местных раков в Миссури — ScienceDaily

    При изучении раков в реке Каррент на юго-востоке Миссури исследователи почти случайно обнаружили, что половозрелый рак, Faxonius virilis, , был скрещивание с местным раком, потенциально изменяющее генетику, историю жизни и экологию туземца.Исследование, опубликованное в журнале Aquatic Invasions, подчеркивает сложность обнаружения некоторых последствий биологических вторжений, говорят исследователи.

    «Созревшие раки, вероятно, являются самыми многочисленными местными раками в Северной Америке», — сказал соавтор исследования Кристофер Тейлор, куратор исследования ракообразных в Исследовании естественной истории штата Иллинойс. Несмотря на то, что он родом из Северной Америки, F. virilis считается инвазивным во многих частях США, потому что он быстро завоевывает новые местообитания при интродукции — например, когда рыбаки перемещают раков из одного ручья в другой в ведре с наживкой. сказал.

    Тейлор провел исследование вместе с Эриком Ларсоном, профессором природных ресурсов и наук об окружающей среде в Иллинойсском университете Урбана-Шампейн, и Закари Розански, аспирантом, который руководил исследованием.

    «Озарки в Миссури и Арканзасе — отличное место, чтобы побыть раком», — сказал Ларсон. «Русла ручьев каменистые, поэтому вы можете спрятаться от рыбных хищников, химический состав воды хороший, в ручье много кальция, и есть много источников подземных вод, которые впадают в основную реку.Вот почему там так много местных раков».

    Однако половозрелые раки не были аборигенными для водораздела реки Каррент, и их присутствие может привести к сокращению местных видов раков, сказал он.

    Другие инвазивные раки нарушили экосистемы, в которые они вторглись, сказал Ларсон. Например, ржавые раки родом из бассейна реки Огайо, но вторглись в воды многих других регионов США и Канады. Он гибридизуется с местными раками, вытесняя их и снижая их репродуктивную способность.Он также потребляет большое количество водных растений и других беспозвоночных, подрывая популяции некоторых видов спортивной рыбы и раков.

    Взрослые раки были впервые обнаружены в 1986 году в реке Каррент, нетронутом водоразделе, часть которого находится в ведении Службы национальных парков США.

    «Распространение и воздействие инвазивных видов может нанести существенный вред этой уникальной экосистеме», — сказал Ларсон.

    Исследователи надеялись определить степень распространения F.virilis путем сбора и идентификации митохондриальной ДНК из образцов окружающей среды, нового подхода к наблюдению за инвазивными видами, известного как «экологическая ДНК» или эДНК. Однако, когда они начали собирать раков для генетического анализа, чтобы разработать свой метод отбора образцов эДНК, они обнаружили удивительную проблему.

    «Первоначально мы обнаружили, что у некоторых местных пятнистых раков, Faxonius punctimanus , последовательности митохондриальной ДНК совпадают с инвазивными половозрелыми раками», — сказал Розански.«Мы также обнаружили обратное: некоторые половозрелые раки имели митохондриальную ДНК пятнистых раков».

    Это означает, что два вида гибридизировались друг с другом, сказал он.

    «Мы не наблюдали никаких различий в цветах или рисунках, указывающих на то, что это гибриды», — сказал Розанский. «Они выглядели как то одно, то другое».

    Открытие должно стать предупреждением для тех, кто использует экологическую ДНК для поиска инвазивных видов в районе с близкородственными местными видами, сказал Ларсон, чья лаборатория специализируется на использовании эДНК.

    «Мы случайно обнаружили инвазивного рака, у которого была нативная митохондриальная ДНК пятнистого рака», — сказал он. «В настоящее время большинство маркеров обнаружения эДНК используют митохондриальную ДНК, поэтому результаты этого исследования подчеркивают возможность пропуска обнаружения инвазивных видов в случае гибридизации».

    «Хотя это редко задокументировано, исследователи, работающие с инвазивными раками, не должны сбрасывать со счетов возможность гибридизации захватчиков с местными видами», — сказал Розанский.

    По словам исследователей, последствия для местных раков в системе реки Каррент в штате Миссури до сих пор неизвестны.

    INHS является подразделением Научно-исследовательского института прерий Университета Иллинойса в Урбана-Шампейне.

    No related posts.

    Похожие записи

    Вам будет интересно

    Стартапами это: Что такое стартап и как развить его в успешный бизнес

    Реклама сообщества в вк бесплатно: Реклама сообщества в ВК: как правильно рекламировать группу, где взять рекламу

    Добавить комментарий

    Комментарий добавить легко