Грант на разработку по: Российский фонд развития информационных технологий (РФРИТ) принимает заявки на грант от 20 до 300 млн рублей для разработчиков отечественного программного обеспечения (Постановление Правительства РФ № 1185 Гранты на разработку и внедрение отечественного И

Содержание

«В два клика». Россияне смогут получить грант на разработку IT-продукта через «Госуслуги»

— С чем связан интерес РФРИТ к экспорту отечественных IT-разработок?

Это направление возникло в связи с передачей в РФРИТ мандата и полномочий Института развития Росинфокоминвест, который отвечал за экспорт российских IT-решений на зарубежные рынки. И это решение закономерно. Уже сейчас некоторые из компаний, получивших грантовую поддержку Фонда в 2019–2020 годах, дорабатывают и выводят свои решения на зарубежные рынки. Теперь наша задача — сделать так, чтобы подобных компаний становилось больше. Необходимо обеспечить глобальную конкурентоспособность РФ и поступление валютной выручки от продажи отечественных цифровых продуктов.

— Как этого можно достичь?

Для начала мы хотим понять, что собой представляет российская IT-индустрия в целом. Пока же мы зачастую с удивлением открываем для себя те или иные аспекты. Например, в регионах есть яркие компании, которые уже добились успеха на международном рынке, но при этом не пользовались грантами для доработки своих решений. Это не значит, что они сторонятся господдержки, просто такие компании нашли свою нишу и в ней успешно развиваются. В дальнейшем мы хотели бы видеть их в числе партнёров, чтобы помочь другим компаниям продвигать свои решения за рубежом.

Выстраивая коммуникацию с отраслью — и с разработчиками, и с теми, кто внедряет цифровые решения, — мы хотим в 2022 году завершить оценку различных сегментов, создать карту российских решений. Необходимо понять, что происходит с разработкой того или иного класса программного обеспечения. Тогда мы будет точно знать, какие направления поддерживать, чтобы окончательно закрыть вопрос с переходом на российское ПО.

Например, в 2019–2020 годах на конкурсы РФРИТ заявлялись организации, которые хотели ускорить доработку продуктов, связанных с видеоконференцсвязью. Для них, в силу ограниченности бюджета Фонда, средств не хватило, хотя проекты были признаны хорошими. Далее случилась пандемия, вызвавшая ажиотажный спрос на подобные продукты. Из-за отсутствия отечественных решений российские образовательные учреждения, частные и государственные организации были вынуждены использовать зарубежные сервисы. Zoom получил колоссальный прирост аудитории и увеличение стоимости акций. Его российские конкуренты доработали свои платформы самостоятельно, но сделали это не настолько быстро, как могли бы с нашей поддержкой. Блестящая возможность занять свой сегмент на рынке была упущена. И это для нас очень болезненный кейс.

Если мы сможем оценить и измерить рынок, будем знать, сколько средств нужно для того, чтобы закрыть тот или иной сегмент, и начнём двигаться строго по этому плану, то вероятность не поддержать ещё одно востребованное решение будет существенно ниже.

Имея карту состояния отрасли, можно говорить о разных источниках финансирования: грантах для стратегических разработок, займах с субсидированной кредитной ставкой, средствах венчурных фондов, инвестициях с участием в капитале. Мы хотим подсчитать все эти объёмы.

— Мы не рассказали ещё об одном стратегическом направлении в деятельности РФРИТ: поддержке open source — разработки. Каковы планы Фонда?

Нам предстоит разработать стратегию развития этого направления в России, познакомиться с сообществом программистов, оценить, как мы встроены в глобальное комьюнити. Оpen source — это гигантский сегмент и несомненный тренд в развитии мировой IT-индустрии. К 2024 году доля открытого ПО в общем объёме разработки составит 50–70%. Российские программисты вносят огромный вклад в его развитие, только на платформе GitHub — крупнейшей в этом сегменте — зарегистрировано 2,5 млн россиян, русскоговорящих разработчиков там в 1,5 раза больше.

Мы хотим, чтобы Российская Федерация научилась извлекать выгоду из разработок открытого кода, для этого предстоит решить ряд организационных задач: создать национальный репозиторий для хранения открытого кода, «зеркалировать» зарубежные платформы и код, который там разработан.

Мы одни из организаторов престижного мероприятия — чемпионата мира по программированию ICPC. В нём участвуют более 1500 специалистов из разных стран, сквозная тема этого соревнования — как раз open source. Кроме того, в октябре этого года Фонд организует саммит по развитию OS в России.

Министерство цифрового развития, связи и массовых коммуникаций Российской Федерации

В рамках реализации федерального проекта «Цифровые технологии» национальной программы «Цифровая экономика Российской Федерации» действует комплексная система мер государственной поддержки проектов по разработке и внедрению отечественных цифровых продуктов, сервисов и платформенных решений.

Грантовую поддержку предоставляют специализированные операторы по результатам конкурсных отборов: Российский фонд развития информационных технологий, ФГБУ «Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере», Фонд «Сколково».

Система мер направлена на ускорение технологического развития предприятий различных отраслей экономики, поддержку разработки и внедрения востребованных решений, развитие приоритетных цифровых технологий на любой стадии жизненного цикла – от идеи, проведения исследований и создания прототипов до полноценного внедрения разработок.

Грантовая поддержка осуществляется по нескольким направлениям:

1. Поддержка проектов российских организаций по разработке отечественных решений в сфере ИТ;

2. Поддержка проектов малых инновационных предприятий, направленных на разработку, применение, коммерциализацию российских решений в сфере ИТ;

3. Поддержка проектов первого масштабного внедрения российских решений в сфере ИТ.

Проекты, участвующие в конкурсных отборах, должны соответствовать приоритетным направлениям государственной поддержки, утверждаемых президиумом Правительственной комиссии по цифровому развитию, использованию информационных технологий для улучшения качества жизни и условий ведения предпринимательской деятельности.

Кроме того, обязательным условием получения гранта является привлечение внебюджетного софинансирования.

Подробная информация о сроках конкурсных отборов, требованиях к проектам и участникам конкурсных отборов, а также конкурсная документация будут размещены на официальных сайтах операторов мер поддержки, а также на сайте ит-гранты.рф. Заявка на участие в конкурсном отборе подается в электронном виде.

Государственная поддержка проектов в форме грантов предоставляется в соответствии с постановлениями Правительства Российской Федерации от 3 мая 2019 г. № 550, 554, 555.

Philips получила грант на разработку пакета приложений для ультразвуковых исследований в акушерстве

«В Бурятии системы Lumify уже помогают спасать жизни матерей и младенцев. Специалисты Территориального центра медицины катастроф республики используют мобильную ультразвуковую систему для оценки состояния плода у беременных женщин, которые попадают в ДТП. А врачи Республиканского перинатального центра МЗ РБ применяют Lumify на борту санитарной авиации для проведения УЗИ пациенткам в критическом состоянии, в том числе с внутрибрюшными кровотечениями. Lumify помогает оперативно диагностировать жизнеугрожающие патологии во время родов и позволяет врачам своевременно принимать тактические решения», – рассказал Сергей Крутий, руководитель департамента «Ультразвуковые системы» Philips в Центральной и Восточной Европе, России и СНГ.

 

Повышение квалификации среднего медицинского персонала в странах с низким и средним уровнем дохода

 

Мобильные ультразвуковые системы, такие как Philips Lumify позволяют оценивать течение беременности у женщин в рамках программ, направленных на помощь местным общинам. Однако средний медицинский персонал часто обладает недостаточными навыками и опытом для уверенной постановки диагноза. Приложения на основе ИИ помогут преодолеть эту сложность: с ними специалист получит поддержку как во время самой процедуры УЗИ, так и при анализе результатов исследования. Программное обеспечение поможет акушерам обнаружить беременности, сопряженные с высоким риском, и предупредить неблагоприятные исходы.

 

ИИ поможет определить гестационный возраст плода и оценить его развитие

 

Всемирная организация здравоохранения рекомендует женщинам проходить по меньшей мере одно ультразвуковое исследование до 24 недели беременности, чтобы определить гестационный возраст плода значительно надежнее, чем это позволяет традиционный метод расчета по дате последней менструации перед беременностью. 2 Более точная оценка гестационного возраста позволит снизить количество искусственно вызванных родов и улучшить опыт деторождения для многих женщин. Своевременная помощь матерям и новорожденным также помогает избежать осложнений при преждевременных родах. Сегодня на рынке нет коммерчески доступных решений, способных автоматизировать получение и интерпретацию изображений для широкого спектра акушерских исследований – применение ограничено УЗИ плода на ранних сроках.

 

«На примере системы Lumify мы видим, как Philips привносит свою экспертизу в диагностику на месте оказание помощи. Это помогает достичь четырехкомпонентной цели: улучшения результатов лечения, повышения удовлетворенности пациентов и врачей, снижения расходов на медицинскую помощь, – отметил Матеис Гроот Вассинк, руководитель направления «Доступ к медицинской помощи и акушерские УЗИ», Philips. – Благодаря гранту фонда Билла и Мелинды Гейтс мы расширим возможности устройства, что улучшит опыт как беременных женщин, так и акушеров по всему миру. Мы стремимся снизить уровень материнской и младенческой смертности, а также сделать дородовую помощь более доступной в регионах с ограниченными материальными ресурсами».

 

Компания Philips и фонд Philips Foundation сейчас проводят несколько программ, направленных на снижение смертности матерей и новорожденных в сообществах с ограниченным доступом к медицинской помощи. Среди них партнерские проекты с Фондом ООН в области народонаселения и правительством Республики Конго, а также с Центром повышения квалификации в области женского и детского здоровья университета Ага Хана.

 

Philips – один из глобальных лидеров в области ультразвуковых технологий; высокотехнологичные системы компании установлены в клиниках по всему миру. Philips создала ряд инноваций для ультразвуковых исследований, таких как 3D-визуализация сердца, инструменты для расчета количественных параметров на основе искусственного интеллекта, мобильные ультразвуковые решения. Портфель решений Philips для УЗИ способствует обеспечению высокого качества диагностики в широком спектре областей медицины, включая радиологию, кардиологию, неотложную помощь, акушерство/гинекологию, онкологию. Узнать больше об ультразвуковых системах Philips можно по ссылке.

Российские фонды грантовой поддержки

РОССИЙСКИЙ ФОНД ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

Российский фонд фундаментальных исследований (РФФИ) создан указом Президента Российской Федерации от 27 апреля 1992 года № 426 «О неотложных мерах по сохранению научно-технического потенциала Российской Федерации» и является самоуправляемой государственной некоммерческой организацией в форме федерального учреждения, находящегося в ведении Правительства Российской Федерации.

В качестве представителя государства, Фонд обеспечивает целевую, адресную, диверсифицированную поддержку передовых групп ученых вне зависимости от того, к какому ведомству они относятся. Поддержка инициативных научно-исследовательских работ по всем основным направлениям фундаментальной науки осуществляется строго на конкурсной основе по результатам проведённой всесторонней экспертизы.

Фонд осуществляет свою деятельность в соответствии с Конституцией Российской Федерации, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации и уставом.

Сайт РФФИ: http://www.rfbr.ru/rffi/ru/contest

РОССИЙСКИЙ НАУЧНЫЙ ФОНД

Российский научный фонд (РНФ) создан по инициативе Президента Российской Федерации в целях поддержки фундаментальных и поисковых исследований, развития научных коллективов, занимающих лидирующие позиции в определённой области науки.

Для достижения цели своей деятельности Фонд проводит конкурсный отбор научных, научно-технических программ и проектов по нескольким направлениям.

Такими направлениями, в частности, являются проведение инициативных фундаментальных и поисковых исследований научными коллективами, отдельными научными и научно-педагогическими работниками, развитие научных организаций и образовательных организаций высшего образования, создание в научных организациях и образовательных организациях высшего образования лабораторий и кафедр мирового уровня, развитие экспериментальной базы для проведения научных исследований.

Сайт РНФ: http://rscf.ru

ФЕДЕРАЛЬНАЯ ЦЕЛЕВАЯ ПРОГРАММА (ФЦП) МИНИСТЕРСТВА ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Основная цель Программы — развитие научно-технологического потенциала Российской Федерации в целях реализации приоритетных направлений развития науки, технологий и техники в Российской Федерации.

Федеральная целевая программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014—2020 годы»

Программа ориентирована на проведение и финансирование исследований, дающих выход на конкретные разработки и продукты. Она направляет ресурсы на проведение прикладных исследований по тем технологическим направлениям, которые являются приоритетными для российской экономики и способствуют повышению ее конкурентоспособности.

Кроме того, в рамках Программы финансируется создание и поддержка инновационной инфраструктуры, призванной связать сектор исследований и разработок с субъектами рыночной экономики, обеспечить конвертацию знаний, преобразование их в рыночный продукт.

Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы».

Сайт ФЦП: http://fcpir.ru/events_and_publications/_contest/

ГРАНТЫ ПРЕЗИДЕНТА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Конкурсы на право получения грантов Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых – кандидатов наук и докторов наук

Министерство образования и науки Российской объявляет конкурсы на право получения грантов Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых – кандидатов наук (далее — конкурс МК-2014) и молодых российских ученых – докторов наук (далее — конкурс МД-2014).

Организатором конкурсов является Министерство образования и науки Российской Федерации .

В конкурсах могут принимать участие российские научные или образовательные организации, а также организации, осуществляющие производство научно-технической продукции, имеющие трудовые отношения с молодыми российскими учеными — кандидатами наук и (или) молодыми российскими учеными — докторами наук, работы которых были представлены этими организациями на конкурс.

Сайте Министерства образования и науки РФ: http://минобрнауки.рф

РОССИЙСКИЙ ГУМАНИТАРНЫЙ НАУЧНОЫЙ ФОНД (РГНФ)

Российский гуманитарный научный фонд был создан по инициативе российских ученых Правительством Российской Федерации в сентябре 1994 года. Основными целями фонда являются государственная поддержка развития гуманитарных наук, распространение гуманитарных знаний в обществе, возрождение традиций отечественной гуманитарной науки.

Для достижения целей Фонд проводит несколько десятков конкурсов различных видов по всем основным направлениям гуманитарного знания: истории, археологии, этнографии, экономике, философии, социологии, политологии, правоведению, науковедению, филологии, искусствоведению, психологии, проблемам комплексного изучения человека, психологии и педагогике.

Ежегодно в рамках конкурсов РГНФ поддерживает инициативные научно-исследовательские проекты, проекты по изданию научных трудов, проекты по развитию научных телекоммуникаций и материальной базы научных исследований, проекты по созданию информационных систем, проекты экспедиций, других полевых исследований, экспериментально-лабораторных и научно-реставрационных работ, проекты по организации российских и международных научных мероприятий, проекты участия российских ученых в научных мероприятиях за рубежом и командировок российских ученых для работы над совместными научно-исследовательскими проектами.

Виды конкурсов: Основной конкурс. Региональные конкурсы. Международные конкурсы. Конкурс поддержки молодых ученых. Конкурс проектов подготовки научно-популярных трудов. Конкурс для физических лиц. Конкурс РГНФ — Императорское Православное Палестинское Общество

Сайт РГНФ: http://www.rfh.ru/index.php/ru/konkursy

ФОНД ПОДДЕРЖКИ И РАЗВИТИЯ НАУЧНО-ТЕХНИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА «РОСНАУКА»

НАРОДНАЯ ПРЕМИЯ «РОСНАУКА» это ежегодная народная премия, вручаемая российским ученым, инженерам и изобретателям.

Бюджет премии формируется на основе принципа народного и спонсорского финансирования и будет распределен между семью номинациями поровну. Лауреаты определяются народным голосованием и решением Комитета Премии.

Премия присуждается за отдельную научную, инженерную или творческую работу, либо за совокупность работ, объединенных единой тематикой, и выполненных по тематике одной из семи номинаций объявленных Фондом. Представляемые на конкурс работы должны включать как научно-техническое, так и технико-экономическое обоснование предлагаемого проекта, подтверждающие возможность его практической реализации и ожидаемый экономический и социальный эффект.

Сайт Фонда: http://kpfu.ru/science/narodnaya-premiya-39rosnauka39-90552.html

ФОНД СОДЕЙСТВИЯ РАЗВИТИЮ МАЛЫХ ФОРМ ПРЕДПРИЯТИЙ В НАУЧНО-ТЕХНИЧЕСКОЙ СФЕРЕ

ПРОГРАММА «У.М.Н.И.К.»

Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере осуществляет реализацию программ поддержки малых форм предприятий, деятельность которых направлена на создание высокотехнологичной продукции.

Программы фонда: умник, умник на старте, развитие, кооперация

В конкурсах по Программе «УМНИК» в Российской академии наук могут принимать молодые ученые

(граждане РФ до 28 лет) c инновационными проектами, имеющими среднесрочную (3‑6 лет) перспективу практической реализации – разработка конечного продукта (технологии).

Программы «УМНИК» проходят 2 раза в год (весна, осень), продолжительность программы составляет 2 года. Финансирование научно-исследовательских работ (НИР), проводимых по Программе, предоставляется в виде гранта.

Сайт Фонда: http://umnik-ras.ru/podacha_zayavok.html

БЛАГОТВОРИТЕЛЬНЫЙ ФОНД В. ПОТАНИНА

Благотворительный фонд Владимира Потанина — один из первых частных фондов в современной России. Он был создан в 1999 году предпринимателем Владимиром Потаниным для реализации масштабных программ в сфере образования и культуры.

Фонд проводит долгосрочные стипендиальные и грантовые программы, адресованные талантливым студентам и преподавателям ведущих государственных и негосударственных вузов России, музейным специалистам, профессионалам спортивной отрасли, специалистам по созданию и развитию эндаументов.

Стипендиальная программа Владимира Потанина, которая включает:

  • Стипендиальный конкурс для студентов, обучающихся в магистратуре.
  • Грантовый конкурс для преподавателей магистратуры.
  • Школу фонда для студентов и преподавателей.
  • Cтажировка студентов МГИМО.
  • Стипендии на обучение в магистратуре ВШМ СПбГУ.
  • Гранты на обучение в Российском Международном Олимпийском Университете (РМОУ).

Сайт Фонда: http://www.fondpotanin.ru/about

ФОНД ПЕРСПЕКТИВНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

Фонд перспективных исследований (ФПИ) создан в октябре 2012 года на основании Федерального закона от 16 октября 2012 года №174-ФЗ.

Отправной точкой для принятия закона стал Указ Президента РФ от 7 мая 2012 года № 603, в котором глава государства поручил Правительству Российской Федерации обеспечить динамичное развитие прорывных высокорискованных исследований и разработок фундаментальной науки, а также реализацию прикладных исследовательских программ в интересах обеспечения обороны страны и безопасности государства. Фонд перспективных исследований создан как один из ключевых инструментов для решения этих задач.

Работа Фонда ведется по трем основным направлениям исследований: химико-биологическому и медицинскому, физико-техническому, информационному.

Сайт Фонда: http://www.rsci.ru/

ФОНД СКОЛКОВО

Фонд развития Центра разработки и коммерциализации новых технологий занимается созданием уникального для России центра «Сколково».

Цель проекта — формирование благоприятных условий для инновационного процесса: ученые, конструкторы, инженеры и бизнесмены совместно с участниками образовательных проектов будут работать над созданием конкурентоспособных наукоемких разработок мирового уровня в пяти приоритетных направлениях.

В рамках кластера биомедицинских технологий поддерживаются и развиваются инновации в области биомедицинских технологий. В кластер входит свыше 90 компаний.

Сайт Фонда Сколково: http://www.sk.ru

ФОНД ИНФРАСТРУКТУРНЫХ И ОБРАЗОВАТЕЛЬНЫХ ПРОГРАММ «РОСНАНО»

Фонд инфраструктурных и образовательных программ создан в 2010 году в соответствии с Федеральным законом № 211-ФЗ «О реорганизации Российской корпорации нанотехнологий».

Целью деятельности Фонда является развитие инновационной инфраструктуры в сфере нанотехнологий, включая реализацию уже начатых РОСНАНО образовательных и инфраструктурных программ.

Сайт Фонда: edu-reestr.rusnano.com

ФОНД «ДИНАСТИЯ»

Фонд «Династия» создан в 2002 году. Поиск и поддержка талантов, их идей и проектов в области естественных и общественных наук — так видит свою задачу фонд «Династия».

Приоритетные направления деятельности Фонда — развитие фундаментальной науки и образования в России, создание условий для работы ученых на родине, популяризация науки и просвещение.

«Династия» — первый в России нового времени частный некоммерческий фонд, поддерживающий науку и образование. Его работой управляет Совет Фонда, который принимает решения по ключевым вопросам стратегии развития и определяет приоритеты деятельности.

Ежегодно проводится 18 открытых грантовых конкурсов: для молодых физиков-теоретиков, математиков, биологов, химиков, специалистов в области компьютерных наук, учителей физики, математики, химии и биологии, конкурс «Научный музей в XXI веке» и др.

С 2011 года фонд «Династия» проводит конкурс на соискание грантов для молодых биологов, специализирующихся в области молекулярной и клеточной биологии.

Участник Конкурса должен быть моложе 35 лет на дату начала Конкурса (ему не должно исполниться 35 лет на 1 сентября года объявления Конкурса).

Сайт Фонда: http://www.dynastyfdn.com/grants/biologists

ФОНД ПОДДЕРЖКИ ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ
(Алферовский фонд)

Фонд учрежден 23 февраля 2001 г. лауреатом Нобелевской премии академиком Ж.И. Алфёровым с целью объединения интеллектуальных, финансовых и организационных усилий российских и зарубежных физических и юридических лиц для содействия развитию российской науки и образования.

Фонд выплачивает гранты и стипендии для поддержки и развития российской науки, системы высшего и среднего образования наиболее талантливым школьникам, студентам, молодым ученым, в том числе стипендию им. Д.Н. Третьякова, присуждаемую за выдающиеся достижения в учебном процессе и успехи в научно-исследовательской деятельности в области технологии полупроводниковых материалов.

Фонд принимает участие в реализации научно-технических проектов и программ по разработке и использованию наукоемких технологий, соответствующих приоритетным направлениям развития науки и техники.

Сайт Фонда: alferov-fond.ru/

НЕПРАВИТЕЛЬСТВЕННЫЙ ЭКОЛОГИЧЕСКИЙ ФОНД ИМЕНИ В.И. ВЕРНАДСКОГО

Грантовая программа Фонда имени В.И. Вернадского предусматривает выделение грантов с целью оказания конкретной поддержки российским организациям в решении эколого-социальных проблем территорий с последующим отчетом об их использовании и предоставлением результатов работы.

Программа реализуется с целью практического внедрения проектов, разработок и идей, направленных на сохранение благоприятной окружающей среды, обеспечение экологической безопасности и максимально рационального использования природных ресурсов для здоровья и благополучия ныне живущих и будущих поколений.

Сайт Фонда: www.vernadsky.ru/

ПОЛОЖЕНИЕ О КОМИССИИ ПО ОТБОРУ ПОЛУЧАТЕЛЕЙ ГРАНТОВ НА РЕАЛИЗАЦИЮ ПРОЕКТОВ ПО РАЗРАБОТКЕ ОТЕЧЕСТВЕННОГО ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ И УВЕЛИЧЕНИЮ ЕГО ДОЛИ В УСЛОВИЯХ ЦИФРОВОЙ ЭКОНОМИКИ, А ТАКЖЕ ПО РАЗРАБОТКЕ ТЕХНОЛОГИЧЕСКИХ РЕШЕНИЙ ПО СОЗДАНИЮ ФЕДЕРАЛЬНЫХ И РЕГИОНАЛЬНЫХ ГОСУДАРСТВЕННЫХ ИНФОРМАЦИОННЫХ РЕСУРСОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ТЕХНОЛОГИИ РАСПРЕДЕЛЕННЫХ РЕЕСТРОВ, ВНЕДРЕНИЕМ МЕТОДОВ И ТЕХНОЛОГИЙ ОБРАБОТКИ И ХРАНЕНИЯ ИНФОРМАЦИИ

Приложение

к приказу Министерства

цифрового развития, связи

и массовых коммуникаций

Российской Федерации

от 30. 10.2019 N 634

Список изменяющих документов

(в ред. Приказа Минкомсвязи России от 15.06.2020 N 277)

1. Настоящее Положение определяет порядок деятельности комиссии Министерства цифрового развития, связи и массовых коммуникаций Российской Федерации по отбору получателей грантов на реализацию проектов по разработке отечественного программного обеспечения и увеличению его доли в условиях цифровой экономики, а также по разработке технологических решений по созданию федеральных и региональных государственных информационных ресурсов с использованием технологии распределенных реестров, внедрением методов и технологий обработки и хранения информации (далее соответственно — Комиссия, конкурсный отбор, гранты, проекты).

2. В своей деятельности Комиссия руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, нормативными правовыми актами Минкомсвязи России, настоящим Положением, а также конкурсной документацией, регламентирующей проведение соответствующего конкурсного отбора.

3. Комиссия осуществляет следующие функции:

а) рассматривает заявки, а также представленные организацией, определенной Минкомсвязью России в соответствии с пунктом 2 Правил предоставления субсидии из федерального бюджета российскому юридическому лицу в целях реализации отдельных мероприятий федерального проекта «Информационная безопасность» национальной программы «Цифровая экономика Российской Федерации», утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 11 сентября 2019 г. N 1185 (Собрание законодательства Российской Федерации от 2019, N 37, ст. 5191) (далее соответственно — оператор, Правила), материалы;

б) принимает решение об утверждении списка организаций — получателей гранта, признанных победителями конкурсного отбора.

4. Решение Комиссии оформляется в форме протокола, подписывается всеми членами Комиссии, принявшими участие в заседании Комиссии, утверждается председателем Комиссии и в течение 2 (Двух) рабочих дней со дня его подписания размещается на официальном сайте Минкомсвязи России в информационно-телекоммуникационной сети «Интернет».

5. В случае если участие в заседании Комиссии может повлечь за собой конфликт интересов по вопросам, рассматриваемым на заседании Комиссии, члены Комиссии обязаны сообщить в письменной форме о конфликте интересов председательствующему на заседании Комиссии, а также заявить самоотвод до начала проведения заседания Комиссии.

6. Состав Комиссии утверждается приказом Минкомсвязи России и состоит из представителей Минкомсвязи России, центра компетенций федерального проекта «Информационная безопасность», АНО «Аналитический центр при Правительстве Российской Федерации», АНО «Цифровая экономика» и иных федеральных органов исполнительной власти.

7. Работа Комиссии осуществляется в форме заседаний. Заседание Комиссии считается правомочным, если на заседании Комиссии присутствует не менее половины от общего числа ее членов.

8. В состав Комиссии входят председатель, заместитель председателя, секретарь и члены Комиссии.

9. Председатель Комиссии:

организует работу Комиссии;

определяет место, дату и время проведения ее заседаний;

председательствует на заседаниях Комиссии;

руководит деятельностью Комиссии;

осуществляет общий контроль за реализацией принятых Комиссией решений.

10. В отсутствие либо по поручению председателя Комиссии его функции исполняет заместитель председателя Комиссии.

11. Секретарь Комиссии:

обеспечивает подготовку материалов к заседаниям Комиссии;

уведомляет членов Комиссии о месте, дате и времени ее проведения не позднее чем за 2 (Два) рабочих дня до даты проведения заседания Комиссии;

ведет протоколы заседаний Комиссии;

обеспечивает хранение документов Комиссии.

12. Члены Комиссии:

принимают личное участие в работе Комиссии;

рассматривают заявки на участие в конкурсе.

13. Все члены Комиссии осуществляют свою деятельность на безвозмездной основе, делегирование полномочий члена Комиссии не допускается. Члены Комиссии, не согласные с решением, принятым на заседании Комиссии, могут письменно изложить свое особое мнение, которое приобщается к протоколу заседания.

14. Члены Комиссии обладают равными правами при обсуждении вопросов, рассматриваемых на заседании Комиссии.

15. В случае согласия с рейтингом участников конкурсного отбора, составленным оператором по результатам оценки заявок, Комиссией принимается решение об утверждении списка победителей конкурсного отбора.

16. В случае несогласия с рейтингом участников конкурсного отбора, составленным оператором по результатам оценки заявок, в части отдельных заявок Комиссия принимает решение о направлении указанных заявок и прилагаемых к ним материалов в Экспертный совет по программному обеспечению при Минкомсвязи России, Положение о котором утверждено приказом Минкомсвязи России от 5 марта 2019 г. N 84 (зарегистрирован Министерством юстиции Российской Федерации 23 апреля 2019 г., регистрационный N 54476) (далее — Экспертный совет) для проведения в срок, не превышающий 5 (Пяти) рабочих дней, дополнительной экспертизы и направления результатов указанной экспертизы оператору.

17. Утратил силу. — Приказ Минкомсвязи России от 15.06.2020 N 277.

18. С учетом дополнительной экспертизы, проведенной Экспертным советом, оператор в срок, не превышающий 2 (Двух) рабочих дней, формирует новый рейтинг участников конкурсного отбора и с учетом данного рейтинга представляет список победителей конкурсного отбора на утверждение Комиссии.

19. Решение об утверждении предложенного оператором списка победителей конкурсного отбора и о направлении отдельных заключений и заявок на дополнительную экспертизу в Экспертный совет принимается Комиссией простым большинством голосов.

При равенстве голосов решающим является голос Председателя Комиссии. При голосовании каждый член Комиссии имеет один голос. Голосование осуществляется открыто. Заочное голосование не допускается.

20. Организационно-техническое обеспечение деятельности Комиссии осуществляется Минкомсвязью России.

Биофизики Подмосковья получили международный грант на разработку лекарства от редких видов рака

Команда молодых ученых Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ прошли конкурсный отбор на участие в акселераторе компании Bayer с проектом развития веществ-кандидатов в лекарственные препараты против ряда онкологических заболеваний, сообщает пресс-служба Министерства инвестиций, промышленности и науки Московской области.

«На конкурс подмосковные ученые представили проект, направленный на создание первого в своем классе препарата для персонализированной терапии онкологических заболеваний, вызванных мутацией G-белок-сопряженного-рецептора CysLT2R», — говорится в сообщении.

Проект «Обратные агонисты конститутивно активных рецепторов CysLT2R с онкогенной мутацией L129Q» ведется на базе Центра.

«Мы всегда стремились к тому, чтобы наши исследования не только приводили к научным публикациям, но и имели практический выход, в данном случае в виде разрабатываемых кандидатов в лекарственные препараты. Для нашей страны очень важно иметь R&D-проекты по разработке оригинальных лекарств. Мы благодарны компании Bayer за поддержку нашей инициативы», — рассказал Алексей Мишин, координатор команды проекта, заместитель руководителя лаборатории структурной биологии рецепторов, сопряженных с G-белком, МФТИ.

Проект получит грантовое финансирование в размере до 25 тысяч евро, а компания Bayer предоставит команде международную экспертизу на всех этапах развития проекта: от исследований и разработок до позиционирования будущего продукта на рынке.

«В Московской области сформировались несколько крупных научно-исследовательских центров, работающих в сферах фармацевтики, биотехнологий, медицины – в Дубне, Пущине и Долгопрудном. Региональное правительство активно поддерживает развитие этих площадок и создает условия для привлечения в эту сферу молодых ученых. Гранты, премии, а также программа социальная ипотека – все эти инструменты активно применяются в нашем регионе для создания и развития кадрового потенциала Подмосковья в сфере науки.  В результате сегодня наши специалисты и наши разработки получают признание на международном уровне», — отметила министр инвестиций, промышленности и науки Московской области Екатерина Зиновьева.

Программа «Старт»: как инновационным предприятиям принять участие в конкурсе в 2021 году>>

Как финансировать разработку программного обеспечения для исследований

Многие программы для исследований начинают свою жизнь благодаря гранту на исследования. Но что произойдет, если ваш код окажется полезным, и вы захотите расширить или укрепить его для публикации в более широком сообществе? Гранты на исследования обычно не могут помочь, потому что они сосредоточены на решении исследовательских задач, а не на улучшении кода. К кому обратиться?

Мы составляем список спонсоров и спонсоров, которые могут помочь с затратами на улучшение кода.Этот список не является исчерпывающим, но мы бы хотели, чтобы он был таким. Если вам известны другие источники этого типа финансирования, сообщите нам, и мы добавим их в список.

В общем, мы рекомендуем использовать службу ResearchResearch.com для выявления, а затем фильтрации различных возможностей для финансирования.

Специальные вызовы

  • BBSRC TRDF2 (разработка инструментов и ресурсов). Конкурсный звонок (показатель успешности <20%), который проводится ежегодно. Код должен находиться в зоне BBSRC.Для получения дополнительной информации см. Последний звонок.
  • Гранты Digital Science Catalyst. До 15 000 фунтов стерлингов на научное программное обеспечение, которое может помочь привлечь дополнительные инвестиции. Это постоянный вызов, как описано на веб-сайте Digital Science.
  • EPSRC Программное обеспечение будущего. Это, как правило, для крупных флагманских кодов и очень конкурентоспособное (вероятность успеха <10%). Он запускается примерно каждые два года, и код должен находиться в зоне действия EPSRC.Для получения дополнительной информации см. Последний звонок.
  • Европейская комиссия. Различные возможности в h3020 ICT и EINFRATRUCTURES. Обычно для этого требуется консорциум кандидатов, поэтому они не подходят для небольших проектов.
  • Источник данных Jisc Research. Малые гранты для проектов по совершенствованию инструментов и процессов, связанных с данными исследований. Вероятно, это будут будущие звонки. Подробности смотрите на сайте Jisc.

Организации, к которым можно обратиться

  • Компании. Различные компании имеют небольшие инвестиционные схемы, в том числе Google.
  • Фонды. Различные фонды могут поддерживать разработку программного обеспечения, если это соответствует их целям. Некоторые фонды для обзора включают Фонд Слоана, Фонд Мура, Фонд программного обеспечения Python и Фонд Карнеги
    • .
  • Правительство. Правительство Великобритании разработало схемы проблем, связанных с открытием данных, например, Выпуск фонда данных и фонда прорыва.
  • Гранты InnovateUK ICT. Зависит от звонка и требует лидерства в отрасли или сотрудничества. Посетите веб-сайт InnovateUK, чтобы узнать о применимых грантах.
  • Органы местного самоуправления. Некоторые местные органы власти могут предоставить финансирование, если ваше программное обеспечение принесет пользу местному населению.
  • Адаптивный режим RCUK / режим под руководством исследователя. Обычно принимают заявки на разработку программного обеспечения, но должны быть ориентированы на исследовательские цели. Текущие звонки.
  • Университеты. Многие университеты имеют схемы финансирования инноваций, особенно если ваше программное обеспечение имеет коммерческий потенциал.Хорошее место для начала — это проконсультироваться с вашим офисом по исследовательским инновациям или трансфера технологий.

Технологические гранты — Государственный грант США

Технологические гранты можно определить по-разному. Они могут включать финансирование разработки новых технологий, усовершенствование существующих технологий или финансирование для добавления или улучшения технологий для школы или местного агентства.

Гранты

Technology могут использоваться для финансирования закупок компьютеров для школ, разработки программного обеспечения для более безопасных или более энергоэффективных производственных процессов, систем улучшения связи для правоохранительных органов или автоматизации систем климат-контроля для музеев и это лишь несколько категорий.

Технологические гранты предоставляются несколькими федеральными агентствами. Департаменты энергетики, национальной безопасности, сельского хозяйства, образования и многие подведомственные учреждения этих департаментов в разное время предлагали финансирование в виде грантов на технологии. Поиск на grants.gov и на веб-сайтах отдельных агентств может дать множество возможностей для подачи заявок.

Частные корпоративные фонды предлагают финансирование или возможности получения технологических грантов в натуральной форме, связанные либо с их продуктом, либо с миссией их фонда.Например, производитель компьютеров или разработчик программного обеспечения могут предлагать соответствующие гранты для приобретения своих продуктов по значительно сниженной цене или для создания среды, которая повысит потребность в продукте в будущем. Они могут надеяться, что вы продолжите использовать продукт, и они надеются повысить лояльность к бренду с помощью гранта. Некоторые просто хотят способствовать общему распространению технологий.

Хотя это не очень распространено, но иногда конечный пользователь может получить доступ к технологическим грантам.Денежные гранты на технологии, как правило, предоставляются некоммерческим организациям, школам и государственным учреждениям, но гранты в натуральной форме иногда предоставляются отдельным лицам через общественные или местные корпоративные гранты.

Подача заявки на получение технологического гранта ничем не отличается от процесса подачи заявки на получение гранта любого другого типа. Вам потребуется подробное описание потребностей, описание программы, план обеспечения устойчивости после того, как грант будет исчерпан, полный и исчерпывающий бюджет программы и, возможно, резюме или биография любого ключевого персонала.Если программа значительная, вам, вероятно, также потребуется представить или предоставить оценку программы.

Как получить финансирование для вашей идеи программного обеспечения

Без сомнения, мы живем в эпоху технологий. Программное обеспечение постоянно меняет то, как мы общаемся, как мы получаем доступ к развлечениям, как мы ведем бизнес, этот список можно продолжить. Столь быстрое появление новых технологий вызвано огромным всплеском инноваций благодаря непрерывному потоку новых потребностей и способов использования программного обеспечения.

Как и следовало ожидать, есть множество людей с блестящими идеями, способными удовлетворить постоянно растущую потребность общества в программном обеспечении. Однако большинству из этих людей обычно не хватает ресурсов, чтобы воплотить свою идею в жизнь.

При этом есть много способов получить ресурсы, необходимые для запуска вашего программного обеспечения.

Банковская ссуда

Одним из наиболее очевидных способов было бы получить ссуду в банке или открыть кредитную линию; Однако для этого потребуется, чтобы у вас была солидная кредитная история и / или существующие активы, которые вы готовы предоставить в качестве залога.Из-за этого, хотя это может быть один из наиболее очевидных вариантов, это один из менее доступных способов получить финансирование для стартапа программного обеспечения.

Правительство США будет выделять гранты на поддержку новых технологий и образования. Университеты активно создают образовательные программы по предпринимательству на уровне бакалавриата и магистратуры, получая грант на обучение в университете, чтобы вы могли больше узнать о пространстве, а создание учетных данных и связей может помочь привлечь дополнительные ресурсы для вашего стартапа.Вы также можете подать идею запуска программного обеспечения, чтобы запросить грант для малого бизнеса у правительства. Процесс подачи заявки на грант занимает некоторое время, но это не будет стоить вам никакого капитала. Хорошее место для начала поиска грантов — Grants.gov.

Краудфандинг

Другой источник финансирования — это так называемая «краудфандинговая кампания», которая по сути представляет собой сбор небольших сумм денег от большого количества людей, которые хотят внести свой вклад в идею вашего стартапа программного обеспечения.Это можно сделать через Интернет, некоторые из наиболее известных онлайн-платформ для краудфандинга включают:

  • Kickstarter
  • Indiegogo
  • RocketHub

Есть финансовые инвесторы и компании, занимающиеся разработкой программного обеспечения, которые всегда ищут инновационные идеи от профессионалов бизнеса, с которыми можно было бы присоединиться. Знакомство с нужными людьми и презентация привлекательного стартапа по разработке программного обеспечения — жизнеспособный источник финансирования.

Один из способов предстать перед этими инвесторами и владельцами бизнеса — это принять участие в инкубаторе или акселераторе семян.Обычно это соревнования, в которых люди и компании идут лицом к лицу в надежде получить шанс на успех. Хорошие результаты в этих соревнованиях часто означают скачок в прибыльности и стоимости; большинству победителей предоставляется финансирование, бесплатные услуги и даже связи с отраслью.

Вопросы, которые задают инвесторы

Но какие основные вопросы задают себе инвесторы во время презентации программного обеспечения, чтобы определить, является ли запуск стоящей возможностью?

По словам Джейсона У.Тейлор, основатель Code Authority Custom Software и CodeLaunch — ежегодного акселератора начального капитала, ориентированного на стартапы программного обеспечения, «основатель или руководящая группа важнее идеи продукта». Таким образом, хотя концепция программного продукта по-прежнему актуальна, профессиональный опыт имеет большое значение в глазах инвестора. Например, если два человека выдвинули одну и ту же идею, инвесторы, скорее всего, пойдут с человеком, обладающим наиболее значимым опытом. Из-за этого инвесторы часто задают себе следующие вопросы (и дают им высокий коэффициент веса) о человеке, который продвигает идею:

  • Каков уровень их опыта управления бизнесом?
  • Сколько у них деловой хватки?
  • Они знатоки «космоса»?
  • Кто еще составляет команду?
  • Могут ли они общаться, продавать и вести?

Инвесторы — это люди с опытом, который обычно приводит их к успеху в создании и продаже компаний, независимо от того, являются ли они отдельными «ангелами» или кажутся более сложными венчурными фондами.У них развился инстинкт, чтобы замечать людей, которые «притворяются», и их привлекают люди, носящие характер, напоминающий им самих себя на эквивалентной стадии.

После того, как человек или команда установили свои учетные данные во время запуска программного обеспечения, они должны продать саму идею. Следующий шаг — выяснить, что инвесторы ищут в продукте. В отношении идеи продукта инвесторы обычно задают себе следующие вопросы:

  • Находится ли идея продукта в растущем пространстве?
  • Является ли оно инновационным и / или изобретательным?
  • Запатентовано ли оно и / или запатентовано предварительно?

После того, как инвесторы были проданы идеи и способностей человека или команды, они захотят изучить историю стартапа или идеи.По сути, инвесторы хотят увидеть, какие личные инвестиции внесла команда в их программный стартап, прежде чем продвигать свою идею. Инвесторы не хотят, чтобы кто-то имел высокооплачиваемую работу и только неполный рабочий день работал над идеей стартапа; инвесторам нужны люди, которые посвятили этому делу свое сердце и душу. Чтобы гарантировать, что они получают нужных людей, а не только впечатляюще выглядящие полномочия, инвесторы обычно задают команде следующие вопросы:

  • Была ли идея запуска программного обеспечения поддержана основателями из-за денег, пота и риска?
  • Какие другие заинтересованные стороны были созданы?
  • Насколько вовлечены эти заинтересованные стороны?
  • Какие рычаги влияния имеют эти заинтересованные стороны?

И, наконец, после того, как основатели представили свои предложения, подтвердили свои полномочия и продемонстрировали решимость, предоставив историю своего стартапа, остается один вопрос, который инвесторы зададут себе. Будет ли программный стартап способствовать развитию маркетинга, доходов, клиентов или услуг в другие мои холдинги? Это синергетический?

Если вы человек, у которого есть идея для программного продукта, но у вас нет финансирования, мы надеемся, что потенциальные ресурсы в этой статье дали вам несколько идей, которые помогут запустить ваш стартап. Если вы планируете представить свой стартап по разработке программного обеспечения инвесторам, примите эти советы близко к сердцу:

Сосредоточьтесь на своих сильных сторонах и устраните слабые стороны. Если вы не лучший коммуникатор, приступайте к практике.Если вы плохо разбираетесь в области стартапа, возьмите книгу и начните учиться. По сути, имейте стремление стать экспертом во всем, что связано с вашей идеей — если вы не воспользуетесь своей возможностью, кто-то другой обязательно сделает это за вас.

Автор: Астрид Эйра

Астрид Эйра — постоянный эксперт B2B в FinancesOnline, специализирующийся на нише SaaS. Она специализируется на программном обеспечении для бухгалтерского учета и управления персоналом, пишет честные и откровенные обзоры некоторых из самых популярных систем. Сама будучи владельцем малого бизнеса, Астрид использует свой опыт, чтобы помогать владельцам бизнеса и предпринимателям узнавать, как новые технологии могут помочь им в ведении своей деятельности. Она заядлый поклонник активного отдыха, где вы найдете ее, когда она не занимается подсчетом цифр и не тестирует новое программное обеспечение.

Гранты на развитие технологий — Грантовое финансирование

Путевые расходы

Посещаемость конференции

Вы можете попросить внести вклад в покрытие расходов на участие в научных и академических собраниях для популяризации ресурса / технологии, включая расходы на компенсацию выбросов углерода во время вашего путешествия.Пределы:

  • Ведущий заявитель — 2000 фунтов стерлингов в год
  • Персонал, задействованный на вашем гранте — 1000 фунтов стерлингов в год

Вам необходимо указать запрашиваемую сумму для каждого человека.

Вы также можете запросить покрытие расходов по уходу, если вы или любой персонал, работающий по вашему гранту, посещаете конференцию. Это включает в себя уход за детьми и любые другие обязанности по уходу, которые у вас есть, при условии:

  • Wellcome выплачивает вам зарплату
  • конференция напрямую связана с вашим исследованием
  • расходы на обслуживание превышают те, которые вы обычно платите за обслуживание
  • организатор конференции и ваша организация-работодатель не в состоянии покрыть расходы.

Вы можете запросить до 1000 фунтов стерлингов на человека за каждую конференцию.

Совместные поездки

Вы можете запросить оплату путевых расходов и суточных для совместных визитов для вас и любого персонала, работающего по вашему гранту. Вам нужно будет обосновать каждое посещение и его продолжительность.

Прочие поездки

Мы можем оплатить другие важные визиты, например, в учреждения, для сбора проб и полевых работ. Вы можете включить расходы на проживание.

Затраты на компенсацию выбросов углерода

Это новая политика.Это относится ко всем типам дорожных расходов, которые предоставляет Wellcome.

Вы можете запросить:

  • стоимость поездки с низким уровнем выбросов углерода, где это целесообразно, даже если это дороже (например, поездка вместо полета)
  • Ресурсы или мероприятия, связанные с проектами, которые предоставляют альтернативу поездкам, такие как видеоконференции, общение и файлы. совместное использование программного обеспечения
  • компенсирует выбросы углерода во время поездок.

Мы не будем оплачивать основную инфраструктуру, которую должна предоставить ваша хост-организация, за исключением случаев, когда вы имеете право запрашивать эти расходы в соответствии с нашей политикой накладных расходов.Примеры этих затрат включают:

  • Пакеты видеоконференцсвязи для всей организации
  • высокоскоростной широкополосный доступ
  • HD-экраны.

Информацию о том, что вам и вашей организации необходимо делать, см. В нашей политике компенсации выбросов углерода для командировок.

Суточные

Если вы отсутствуете на сроком до одного месяца , вы можете попросить о проживании. К ним относятся проживание, питание и непредвиденные расходы (например, прохладительные напитки или газеты).

Если у вашей управляющей организации есть политика прожиточного минимума, используйте их ставки.

Если в вашей управляющей организации нет политики прожиточного минимума, используйте ставки HMRC.

Если вы отсутствуете на более одного месяца и на срок до 12 месяцев , мы оплатим только разумные расходы на аренду, включая апарт-отели. Вам следует обсудить соответствующие ставки с вашей управляющей и принимающей организациями или с Wellcome, в зависимости от обстоятельств. Мы ожидаем, что вы выберете наиболее экономичные варианты, по возможности забронировав их заранее.

Если вы из страны с низким или средним уровнем дохода и будете работать в стране с высоким уровнем дохода более одного месяца и до 12 месяцев , вы также можете попросить до 10 фунтов стерлингов в день для покрытия дополнительные расходы, такие как транспорт и непредвиденные расходы.

Если вы отсутствуете на более 12 месяцев , мы оплатим расходы на ваше жилье. Вам следует обсудить свои потребности с управляющей и принимающей организациями.

Пособие, которое мы предоставляем, будет зависеть от потребностей семьи и бизнеса. Мы установим максимальную надбавку, которую мы платим для каждого местоположения. Это будет основано на текущих рыночных данных или, если данные недоступны, по согласованию с вашей управляющей организацией с использованием эквивалентных рыночных ставок. Пожалуйста, свяжитесь с нами, если вам нужна помощь в подсчете затрат.

Мы покроем прямые расходы, которые вам придется заплатить, чтобы найти и арендовать дом. Мы не берем на себя расходы на коммунальные услуги или ремонт.

Заграничные исследования

Если вы или какой-либо исследовательский персонал, работающий по вашему гранту, будете проводить исследования вдали от вашей домашней лаборатории, мы поможем с дополнительными расходами на работу над проектом за границей. См. Подробности в разделе «Надбавки за границу».

Как финансировать проект разработки программного обеспечения

Критическим фактором успеха проекта разработки программного обеспечения является то, как он финансируется.Это будет определять многие аспекты поведения команды на протяжении всего проекта.

Чем больше гибкость стратегии финансирования, тем больше шансов, что команда создаст качественный продукт, и тем больше шансов, что они понравятся заинтересованным сторонам. Но большая гибкость обычно требует более умелого подхода к руководству и управлению проектами.

Это очень интересные компромиссы, которые могут иметь огромное влияние на уровень успеха ваших ИТ-усилий. В этом блоге я рассмотрю несколько распространенных вариантов финансирования проектов разработки программного обеспечения.

Контекст имеет значение при выборе варианта финансирования

Важным принципом гибкости бизнеса является контекст. Этот принцип признает, что разные команды находятся в разных ситуациях, что не существует «лучших практик», но вместо этого все практики / методы являются контекстными по своей природе.

Любая практика имеет компромиссы, которые хорошо работают в одних ситуациях, но не подходят в других.Чтобы выбрать эффективный способ работы (WoW), вам необходимо понять компромиссы различных доступных вам техник, а затем выбрать комбинацию, которая лучше всего подходит для вас, учитывая ситуацию, с которой вы сталкиваетесь, а также навыки и культуру вовлеченные люди.

Признание этого дает людям выбор, а не рецепты. Многие методы или фреймворки продвигают один способ работы; по сути, они заранее выбрали комбинацию практик, которым они хотят, чтобы вы следовали. Вместо этого вам нужен совет о том, какие технологические решения вам следует учитывать, каковы ваши варианты и каковы связанные с ними компромиссы. Это позволит вам принимать более обоснованные решения относительно того, что лучше всего подойдет вам, вместо того, чтобы следовать предписанию того, что он считает лучшим.

Связано: Освоение процесса принятия решений: практическое руководство

Например, на рисунке 1 вы видите диаграмму целей процесса, показывающую, как команда может получить финансирование. При этом вам необходимо определить стратегию финансирования (показана красным прямоугольником) и определить объем того, что вы финансируете (допустим, команда проекта).Затем решите, как группа будет получать доступ к предоставляемым им средствам (обычно это выбирает финансовая группа вашей организации).

По каждой из этих трех точек принятия решения вы видите, что у вас есть варианты. Эта диаграмма целей немного необычна, потому что все три точки принятия решения имеют упорядоченные варианты, что указано стрелками рядом с каждым списком. В случае упорядоченных вариантов мы смогли оценить относительную эффективность вариантов, при этом наиболее эффективные варианты располагались вверху списка, а наименее эффективные — внизу.

Другие диаграммы целей, не показанные здесь, иногда содержат неупорядоченные списки опций. В этих случаях каждый вариант имеет компромиссы, но мы не можем честно сказать, что один вариант более эффективен, чем другие.

Важно отметить, что рейтинги, показанные на Рисунке 1, относятся к командам разработчиков программного обеспечения, хотя мы подозреваем, что рейтинги, вероятно, будут верными и для команд, не занимающихся разработкой программного обеспечения.

Рисунок 1. Цель процесса безопасного финансирования

Давайте посмотрим, как сравниваются стратегии финансирования, изображенные на Рисунке 1.

Варианты финансирования команды

Как вы видите на Рисунке 1, существует шесть вариантов финансирования команды. Да, стратегий может быть больше, и вы, безусловно, можете комбинировать стратегии. Однако цель состоит в том, чтобы охватить представительный диапазон вариантов, чтобы вы знали, что у вас есть выбор. Эти стратегии финансирования, от наиболее эффективных до наименее эффективных, представлены ниже:

  1. Плата за функцию: Функции, такие как добавление нового отчета или реализация новой пользовательской истории, финансируются индивидуально.
  2. Дополнительные затраты: Это вариант по времени и материалам, при котором команда получает низкую ставку за время, необходимое для покрытия основных затрат за счет бонусов за доставку, выплачиваемых за производство расходных материалов. Это также называется «основанным на результате» или «возмещением затрат».
  3. Время и материалы (T&M): При таком подходе мы платим по мере поступления, оплачивая почасовую или дневную ставку («время») плюс любые понесенные расходы («материалы»).
  4. Этап: С помощью этой стратегии мы оцениваем и затем финансируем проект в течение определенного периода времени, прежде чем вернуться за дополнительным финансированием. По сути, это серия небольших приращений финансирования с фиксированной стоимостью.
  5. Фиксированная цена / стоимость (в диапазоне): В начале проекта мы разрабатываем и затем подтверждаем первоначальную оценку, основанную на наших предварительных требованиях и усилиях по моделированию архитектуры. Оценка должна быть представлена ​​в виде довольно большого диапазона, часто +/- 25% или даже +/- 50%, чтобы отразить рискованность оценок «фиксированной цены».
  6. Фиксированная цена / стоимость (точная): Первоначальная оценка создается на раннем этапе жизненного цикла и представляется либо в виде точной цифры, либо в виде очень небольшого диапазона (например.г. +/- 5% или +/- 10%).

В таблице 1 представлены компромиссы, связанные с описанными выше стратегиями финансирования. Интересно отметить, что наименее рискованные и более эффективные стратегии финансирования требуют более сложных подходов к финансовому управлению, чем менее эффективные стратегии финансирования.

Это может оказаться спорным наблюдением в некоторых организациях. Например, мы сталкивались со многими организациями, которые считают, что финансирование по фиксированной цене — это низкий риск, но на самом деле это очень высокий риск на практике.

Таблица 1. Сравнение вариантов финансирования
Вариант финансирования Преимущества Недостатки
Тарификация по функциям · Позволяет делать ставки на отдельные функции, поддерживая очень гибкий подход к меняющимся требованиям.

· Подходит для аутсорсинга функциональной работы, но обычно не используется для внутренней разработки.

· Позволяет заинтересованным сторонам разумно расходовать свои инвестиции в ИТ.

 · Требует значительного участия и опыта заинтересованных сторон.

· Финансирование для решения технических проблем, таких как погашение технического долга, скорее всего, не хватит в пользу новых функций.

· Трудно обеспечить ложную предсказуемость, необходимую для традиционных, а зачастую и годовых стратегий составления бюджета.

Стоимость плюс · Очень хорошо подходит для разработки на аутсорсинге, распределяя риск между заказчиком и поставщиком услуг, поскольку поставщик услуг покрывает свои расходы, но не будет получать прибыль, если он не будет постоянно поставлять качественное программное обеспечение.

· Низкий финансовый риск как для команды, так и для заинтересованных сторон.

· Позволяет заинтересованным сторонам разумно расходовать свои инвестиции в ИТ.

 · Требует активного управления со стороны заинтересованных сторон и четкого определения того, как определить, выполнила ли команда проекта свое соглашение об уровне обслуживания (SLA) и, следовательно, получила ли она премию за результат.

· Трудно обеспечить ложную предсказуемость, необходимую для традиционных, а зачастую и годовых стратегий составления бюджета.

Время и материалы · Низкий финансовый риск при наличии эффективного управления.

· Обеспечивает гибкость для развития команды в соответствии с потребностями.

· Позволяет заинтересованным сторонам разумно расходовать свои инвестиции в ИТ.

 · Требует от заинтересованных сторон активного мониторинга и управления финансами команды.

· В случае аутсорсинга поставщики должны обеспечивать полную прозрачность, например, доски задач, чтобы заинтересованные стороны были уверены, что они получают отдачу от своих денег.

· Трудно обеспечить ложную предсказуемость, необходимую для традиционных, а зачастую и годовых стратегий составления бюджета.

Ворота сцены · Финансовый риск среднего уровня, поскольку он дает заинтересованным сторонам финансовый рычаг воздействия на команду, выполняющую поставку. · В некоторых организациях существует обременительный процесс финансирования, поэтому требование к командам получать финансирование поэтапно может увеличить их бюрократические накладные расходы и риск опоздания.

· Может быть сложно контролировать, как тратятся деньги, когда выходы на сцену находятся в нескольких месяцах (обычно ежеквартально).

· За исключением начальной фазы, финансирование должно быть привязано к предоставлению дополнительных рабочих решений, а не к бумажным артефактам — выход на этап может совпадать с вехами DA для заинтересованных сторон, проверенной архитектурой и / или непрерывной жизнеспособностью в качестве компонента гибкого управления.

Фиксированная цена / стоимость (в диапазоне) · Диапазоны дают заинтересованным сторонам более реалистичную оценку неопределенности, с которой сталкивается команда. · Высокий финансовый риск из-за того, что первоначальная оценка основана на первоначальных требованиях, которые, скорее всего, изменятся. Также хрупко, когда существуют значительные технические неизвестности.

· Чтобы сузить диапазон оценки, нам нужно будет провести значительное предварительное моделирование и планирование, тем самым увеличивая наши затраты на задержку и общий риск возникновения потерь.

· Многие заинтересованные стороны будут сосредоточены на нижней части диапазона оценки и, таким образом, будут иметь нереалистичные ожидания.

· Многие заинтересованные стороны не понимают необходимости ранжированных оценок и, вероятно, нуждаются в ознакомлении с этой концепцией.

Фиксированная цена / стоимость (точная) · Предоставляет заинтересованным сторонам точную, хотя почти всегда нереалистичную, цену, на которую можно надеяться.

· Работает хорошо, когда нам позволяют сократить объем работ, чтобы уложиться в бюджет.

 · Очень высокий финансовый риск из-за вероятности изменения требований и технических неизвестностей.

· Не сообщает о фактической неопределенности, с которой столкнулась команда проекта, и не дает ложных ожиданий относительно точности.

· Когда команде не разрешается отказываться от объема работ, они недооценивают качество, что в конечном итоге приводит к увеличению совокупной стоимости владения (TCO).

Выбор хорош при финансировании проекта

Если вы хотите быть эффективными, вы должны соответствовать своему подходу к ситуации, с которой вы сталкиваетесь. Поскольку разные команды сталкиваются с разными ситуациями, один подход не подойдет всем, и вместо этого вам нужно иметь выбор, который вы понимаете и можете применить соответствующим образом.

Связано: Определение уровня детализации, необходимого для плана выпуска

Что еще более важно, вы должны быть готовы развивать свой подход по мере изменения вашей ситуации. Как мы показали в этом блоге, у вас есть несколько вариантов финансирования проектов разработки программного обеспечения. Мы рекомендуем делать все возможное в той ситуации, с которой вы сталкиваетесь, и всегда стараться учиться и совершенствоваться.

Материал для этого блога был адаптирован из «Выбери свой WoW»! Справочник по дисциплинированной гибкой доставке для оптимизации вашего образа работы, опубликованный в январе 2019 года.

Как только у вас будет надежное финансирование, вам нужно будет отслеживать расходы. ProjectManager.com — это облачное программное обеспечение для управления проектами, которое имеет функции, необходимые для поддержания вашего бюджета. Но он также помогает вам планировать, составлять график и сообщать о своем прогрессе, предоставляя вам данные в режиме реального времени, чтобы вы всегда были в курсе событий. Попробуйте сегодня с помощью этой бесплатной 30-дневной пробной версии.

Accueil | FID

Фонд инноваций в развитии

Фонд для инноваций в развитии (FID) — это новая инициатива по поддержке инноваций, способствующих сокращению глобальной бедности и неравенства.Благодаря гибкому грантовому финансированию FID позволяет новаторам и исследователям проверять новые идеи, собирать точные доказательства того, что работает, и масштабировать наиболее эффективные и экономически эффективные решения.

Что делает FID

1.

Финансирование инноваций для борьбы с бедностью и неравенством

Инновации необходимы для глобальной борьбы с бедностью и неравенством, особенно в беднейших странах мира.

Во всем мире новые подходы, политики и программы влияют на то, как правительства, бизнес и НПО работают над улучшением благосостояния наиболее уязвимых слоев населения.Для выявления и масштабирования наиболее многообещающих решений председатель правления FID и лауреат Нобелевской премии 2019 года Эстер Дюфло предлагает изменить парадигму в нашем подходе к борьбе с бедностью и неравенством: вместо того, чтобы принимать решения на основе общих теорий, можно провести научную проверку конкретных решений, чтобы оценить их решения об эффективности и финансировании могут и должны основываться на доказательствах .

Инновации играют центральную роль в ускорении построения более справедливого и инклюзивного мира. FID воплощает эту идею, предлагая обновленный подход к помощи в целях развития, предоставляя гранты для тестирования новых идей, экспериментов и демонстраций — на основе строгих методов оценки — того, что работает в процессе разработки, и масштабирования наиболее эффективных решений с наибольшим положительным эффектом.

FID принимает заявки:
  • для инноваций в любом секторе и, в частности, поощряет приложения для решений в области образования, здравоохранения, изменения климата и гендерного равенства
  • для инноваций во всех странах с низким и средним уровнем дохода , и специально поощряет заявки из приоритетных стран на французскую помощь
  • от заявителей практически любого типа , включая исследователей, правительства, НПО и коммерческие компании.

2. Основные принципы FID

FID принимает решения о финансировании на основе трех основных принципов:

  • Строгое доказательство воздействия на улучшение условий жизни людей, живущих в бедности. Свидетельства очевидных, измеримых результатов демонстрируют, что работает в борьбе с бедностью и неравенством. FID полагается на точные доказательства причинно-следственных связей при определении того, какие инновации следует финансировать, и поддерживает исследования для получения данных об инновациях в области развития.
  • Рентабельность в достижении конкретных целей развития по сравнению с существующими подходами. Используя лучший в своем классе подход к рентабельности, FID инвестирует в инновации, которые могут принести больше отдачи на каждый евро, чем альтернативные решения.
  • Возможности для масштабирования, широкого распространения и устойчивости . Конечная цель FID — поддерживать эффективные решения в области развития, которые будут воспроизводиться и масштабироваться для улучшения жизни миллионов людей при финансовой поддержке государственного и / или частного сектора.

3. Траектории масштабирования инноваций

Инновации обычно можно масштабировать одним из трех путей:

Инновация, предназначенная для расширения при финансовой поддержке правительств развивающихся стран, доноров или филантропов.

Инновация, предназначенная для расширения бизнеса, финансируемого, например, за счет платежей клиентов и полученного дохода, инвестиций или коммерческого капитала.

Инновация, предназначенная для расширения за счет сочетания коммерческих и общественных каналов (например,g., частично за счет донорского или благотворительного гранта и частично за счет заработанного дохода, например, государство оплачивает или субсидирует стоимость продаваемого продукта или услуги, которые улучшают жизнь бедных).

Проблемы в финансировании и разработке геномного программного обеспечения: корни и средства правовой защиты | Геномная биология

  • 1.

    Авторы Википедии. 40-футовый телескоп. Википедия, свободная энциклопедия. 2019. https://en.wikipedia.org/wiki/40-foot_telescope По состоянию на 01.03.2019.

  • 2.

    https://www.yourgenome.org /. Дата обращения 03.01.2019.

  • 3.

    Авторы Википедии. SPARCstation 1. Википедия, Бесплатная энциклопедия. 2019. Дата обращения 03.01.2019.

  • 4.

    Фолкнер Д.В., Юрка Дж. Редактор множественных выровненных последовательностей (MASE). Trends Biochem Sci. 1988; 13: 321–2.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 5.

    авторов Википедии. Уильям Гершель. Википедия, свободная энциклопедия. 2019. https://en.wikipedia.org/wiki/William_Herschel Дата обращения: 01.03.2019.

  • 6.

    Морли К. Исторический калькулятор инфляции в Великобритании. 2019. http://inflation.iamkate.com/. Дата обращения 03.01.2019.

  • 7.

    Авторы Википедии. Манхэттенский проект. Википедия, свободная энциклопедия. 2019. https://en.wikipedia.org/wiki/Manhattan_Project Дата доступа 03.01.2019.

  • 8.

    Калькулятор инфляции в США.Coinnews Media Group LLC. 2019. https://www.usinflationcalculator.com. Дата обращения 03.01.2019.

  • 9.

    Авторы Википедии. Программа Аполлон. В Википедии, Свободной энциклопедии. https://en.wikipedia.org/wiki/Apollo_program 2019. Дата обращения: 03.01.2019.

  • 10.

    Авторы Википедии. Программа «Спейс шаттл». Википедия, свободная энциклопедия. 2019. https://en.wikipedia.org/wiki/Space_Shuttle_program По состоянию на 01.03.2019.

  • 11.

    Брамфил Г.LHC в цифрах. Природа. 2008. https://doi.org/10.1038/news.2008.1085.

  • 12.

    Национальный исследовательский институт генома человека. Завершение проекта генома человека: часто задаваемые вопросы. 2019. https://www.genome.gov/human-genome-project/Completion-FAQ. Дата обращения 03.01.2019.

  • 13.

    Ван Ноорден Р., Махер Б., Нуццо Р. 100 лучших статей. Природа . 2014; 514: 550–3.

    PubMed Статья CAS PubMed Central Google Scholar

  • 14.

    Wren JD. Программы по биоинформатике в 31 раз больше представлены среди самых влиятельных научных работ последних двух десятилетий. Биоинформатика. 2016; 32: 2686–91.

    PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 15.

    Пирсон WR, Lipman DJ. Улучшенные инструменты для сравнения биологической последовательности. Proc Natl Acad Sci U S. A. 1988; 85: 2444–8.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 16.

    Ченна Р., Сугавара Х., Койке Т., Лопес Р., Гибсон Т.Дж., Хиггинс Д.Г., Томпсон Дж.Д. Множественное выравнивание последовательностей с помощью программ серии Clustal. Nucleic Acids Res. 2003; 31: 3497–500.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 17.

    Хиггинс Д.Г., Sharp PM. CLUSTAL: пакет для выполнения множественного выравнивания последовательностей на микрокомпьютере. Ген . 1988; 73: 237–44.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 18.

    Jeanmougin F, Thompson JD, Gouy M, Higgins DG, Gibson TJ. Множественное выравнивание последовательностей с помощью Clustal X. Trends Biochem Sci. 1998. 23: 403–5.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 19.

    Ларкин М.А., Блэкшилдс Г., Браун Н.П., Ченна Р., МакГеттиган П.А., МакВильям Х., Валентин Ф., Уоллес И.М., Уилм А., Лопес Р. и др. Clustal W и Clustal X версии 2.0. Биоинформатика. 2007; 23: 2947–8.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 20.

    Томпсон Дж. Д., Хиггинс Д. Г., Гибсон Т. Дж. CLUSTAL W: повышение чувствительности прогрессивного множественного выравнивания последовательностей за счет взвешивания последовательностей, штрафов за пропуски для конкретных позиций и выбора матрицы весов. Nucleic Acids Res. 1994; 22: 4673–80.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 21.

    Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Е.В., Липман Д. Базовый инструмент поиска локального выравнивания. J Mol Biol. 1990; 215: 403–10.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 22.

    Альтшул С.Ф., Мэдден Т.Л., Шеффер А.А., Чжан Дж., Чжан З., Миллер В., Липман Д. Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска по базам данных белков. Nucleic Acids Res. 1997; 25: 3389–402.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 23.

    Eddy SR. Профиль скрытых марковских моделей.Биоинформатика. 1998. 14 (9): 755–63.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 24.

    Эдди SR. Ускорен поиск профиля HMM. PLoS Comput Biol. 2011; 7: e1002195.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 25.

    Финн Р.Д., Клементс Дж., Эдди С.Р. Веб-сервер HMMER: интерактивный поиск сходства последовательностей. Nucleic Acids Res. 2011; 39: W29–37.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 26.

    Notredame C, Хиггинс Д.Г., Херинга Дж. T-coffee: новый метод быстрого и точного выравнивания множественных последовательностей. J Mol Biol. 2000. 302: 205–17.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 27.

    Kent WJ. BLAT — инструмент для выравнивания типа BLAST. Genome Res. 2002; 12: 656–64.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 28.

    Эдгар Р. МЫШЦЫ: множественное выравнивание последовательностей с высокой точностью и высокой пропускной способностью. Nucleic Acids Res. 2004; 32: 1792–7.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 29.

    Като К., Асименос Г., То Х. Множественное выравнивание последовательностей ДНК с помощью MAFFT. Методы Мол биол.2009; 537: 39–64.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 30.

    Като К., Кума К., Тох Х, Мията Т. MAFFT версия 5: повышение точности множественного выравнивания последовательностей. Nucleic Acids Res. 2005; 33: 511–8.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 31.

    Като К., Мисава К., Кума К., Мията Т. MAFFT: новый метод быстрого совмещения множественных последовательностей, основанный на быстром преобразовании Фурье.Nucleic Acids Res. 2002; 30: 3059–66.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 32.

    Katoh K, Standley DM. Программное обеспечение для множественного выравнивания последовательностей MAFFT, версия 7: улучшения производительности и удобства использования. Mol Biol Evol. 2013; 30: 772–80.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 33.

    Като К., Тох Х.Последние разработки в программе множественного выравнивания последовательностей MAFFT. Краткий биоинформ. 2008; 9: 286–98.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 34.

    Felsenstein J .PHYLIP (Пакет для определения филогении). 1980. http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/.

    Google Scholar

  • 35.

    Мэддисон В.П., Мэддисон ДР. MacClade, версии 3–4: Анализ филогении и эволюции характера.18. Своффорд DL. ПАУП *. Филогенетический анализ с использованием экономичности (и других методов). 1993. http://paup.phylosolutions.com/. Дата обращения 03.01.2019.

  • 36.

    Ян З. PAML: программный пакет для филогенетического анализа методом максимального правдоподобия. Comput Appl Biosci. 1997. 13: 555–6.

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 37.

    Ян З. PAML 4: филогенетический анализ методом максимального правдоподобия. Mol Biol Evol.2007; 24: 1586–91.

    CAS Статья Google Scholar

  • 38.

    Кумар С., Стечер Г., Тамура К. MEGA7: молекулярно-эволюционный генетический анализ версии 7.0 для больших наборов данных. Mol Biol Evol. 2016; 33: 1870–4.

    CAS Статья Google Scholar

  • 39.

    Кумар С., Тамура К., Ней М. MEGA3: интегрированное программное обеспечение для анализа молекулярной эволюционной генетики и выравнивания последовательностей.Краткий биоинформ. 2004. 5: 150–63.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 40.

    Тамура К., Дадли Дж., Ней М., Кумар С. MEGA4: программа молекулярно-эволюционного генетического анализа (MEGA), версия 4.0. Mol Biol Evol. 2007; 24: 1596–9.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 41.

    Тамура К., Петерсон Д., Петерсон Н., Стечер Г., Ней М., Кумар С.MEGA5: анализ молекулярной эволюционной генетики с использованием методов максимального правдоподобия, эволюционного расстояния и максимальной экономии. Mol Biol Evol. 2011; 28: 2731–9.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 42.

    Тамура К., Стечер Г., Петерсон Д., Филипски А., Кумар С. MEGA6: анализ молекулярной эволюционной генетики, версия 6.0. Mol Biol Evol. 2013; 30: 2725–9.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 43.

    Huelsenbeck JP, Ronquist F. MRBAYES: Байесовский вывод филогенетических деревьев. Биоинформатика. 2001; 17: 754–5.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 44.

    Ronquist F, Huelsenbeck JP. MrBayes 3: байесовский филогенетический вывод в смешанных моделях. Биоинформатика. 2003; 19: 1572–4.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 45.

    Ronquist F, Teslenko M, van der Mark P, Ayres DL, Darling A, Höhna S, Larget B, Liu L, Suchard MA, Huelsenbeck JP. MrBayes 3.2: эффективный байесовский филогенетический вывод и выбор модели в большом модельном пространстве. Syst Biol. 2012; 61: 539–42.

    PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 46.

    Мэддисон Д.Р., Мэддисон ВП. Мескит: модульная система для эволюционного анализа. 2003. http://mesquiteproject.org.Дата обращения 03.01.2019.

  • 47.

    Guindon S, Delsuc F, Dufayard JF, Gascuel O. Оценка филогении с максимальной вероятностью с помощью PhyML. Методы Мол биол. 2009; 537: 113–37.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 48.

    Гуиндон С. , Дюфаярд Дж. Ф., Лефорт В., Анисимова М., Хордейк В., Гаскуэль О. Новые алгоритмы и методы для оценки филогении максимального правдоподобия: оценка производительности PhyML 3.0. Syst Biol. 2010; 59: 307–21.

    CAS Статья Google Scholar

  • 49.

    Guindon S, Gascuel O. Простой, быстрый и точный алгоритм для оценки крупных филогений по максимальному правдоподобию. Syst Biol. 2003. 52: 696–704.

    Артикул Google Scholar

  • 50.

    Guindon S, Lethiec F, Duroux P, Gascuel O. PHYML online — веб-сервер для быстрого филогенетического вывода на основе максимального правдоподобия.Nucleic Acids Res. 2005; 33: W557–9.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 51.

    Hubisz MJ, Pollard KS, Siepel A. PHAST и RPHAST: филогенетический анализ с моделями пространства / времени. Краткий биоинформ. 2011; 12: 41–51.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 52.

    Pollard KS, Hubisz MJ, Rosenbloom KR, Siepel A.Обнаружение ненейтральных скоростей замещения в филогенезе млекопитающих. Genome Res. 2010; 20: 110–21.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 53.

    Siepel A, Bejerano G, Pedersen JS, Hinrichs AS, Hou M, Rosenbloom K, Clawson H, Spieth J, Hillier LW, Richards S, et al. Эволюционно консервативные элементы в геномах позвоночных, насекомых, червей и дрожжей. Genome Res. 2005; 1: 1034–50.

    Артикул CAS Google Scholar

  • 54.

    Siepel A, Haussler D. Объединение филогенетических и скрытых марковских моделей в анализе биопоследовательностей. J Comput Biol. 2004; 11: 413–28.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 55.

    Зипель А., Хаусслер Д. Филогенетическая оценка контекстно-зависимой скорости замещения по максимальной вероятности. Mol Biol Evol. 2004. 21 (3): 468–88.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 56.

    Стаматакис А. RAxML-VI-HPC: филогенетический анализ на основе максимального правдоподобия с использованием тысяч таксонов и смешанных моделей. Биоинформатика. 2006; 22: 2688–90.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 57.

    Стаматакис А. RAxML версия 8: инструмент для филогенетического анализа и постанализа крупных филогений. Биоинформатика. 2014; 30: 1312–3.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 58.

    Стаматакис А., Гувер П., Ружмонт Дж. Алгоритм быстрой загрузки для веб-серверов RAxML. Syst Biol. 2008; 57: 758–71.

    PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 59.

    Стаматакис А., Людвиг Т., Мейер Х. RAxML-III: быстрая программа для вывода больших филогенетических деревьев на основе максимального правдоподобия. Биоинформатика. 2005; 21: 456–63.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 60.

    Пруд SLK, Muse SV. HyPhy: проверка гипотез с использованием филогении. В: Nielsen R, редактор. Статистические методы в молекулярной эволюции. Нью-Йорк: Спрингер; 2005. с. 125–81.

    Глава Google Scholar

  • 61.

    Bouckaert R, Heled J, Kühnert D, Vaughan T, Wu CH, Xie D, Suchard MA, Rambaut A, Drummond AJ. BEAST 2: программная платформа для байесовского эволюционного анализа. PLoS Comput Biol. 2014; 10: e1003537.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 62.

    Драммонд А.Дж., Рамбаут А. ЗВЕРЬ: Байесовский эволюционный анализ с помощью выборки деревьев. BMC Evol Biol. 2007; 7: 214.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 63.

    Цена МН, Дехал П.С., Аркин А.П. FastTree: вычисление больших деревьев минимальной эволюции с профилями вместо матрицы расстояний. Mol Biol Evol. 2009; 26: 1641–50.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 64.

    Цена МН, Дехал П.С., Аркин А.П. FastTree 2 — деревья примерно максимального правдоподобия для больших трасс. PLoS One. 2010; 5: e9490.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 65.

    Бейли Т.Л., Боден М., Буске Ф.А., Фрит М., Грант С.Е., Клементи Л., Рен Дж., Ли В.С., Ноубл В.С. MEME SUITE: инструменты для поиска и поиска мотивов. Nucleic Acids Res. 2009; 37: W202–8.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 66.

    Бейли Т.Л., Элкан С. Подбор модели смеси путем максимизации ожидания для обнаружения мотивов в биополимерах. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol. 1994; 2: 28–36.

    CAS PubMed Google Scholar

  • 67.

    Бейли Т.Л., Элкан С. Неконтролируемое обучение множеству мотивов в биополимерах с использованием максимизации математического ожидания. Mach Learn. 1995; 21: 51–80.

    Google Scholar

  • 68.

    Бейли Т.Л., Уильямс Н., Мисле С., Ли У. ЦМЕМ: обнаружение и анализ мотивов последовательностей ДНК и белков. Nucleic Acids Res. 2006; 34: W369 – W73.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 69.

    Grant CE, Bailey TL, Noble WS. FIMO: поиск вхождений данного мотива. Биоинформатика. 2011; 27: 1017–8.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 70.

    Burge C, Karlin S. Предсказание полных структур генов в геномной ДНК человека. J Mol Biol. 1997. 268: 78–94.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 71.

    Lowe TM, Eddy SR. tRNAscan-SE: программа для улучшенного обнаружения генов транспортной РНК в геномной последовательности. Nucleic Acids Res. 1997. 25: 955–64.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 72.

    Gruber AR, Lorenz R, Bernhart SH, Neuböck R, Hofacker IL. Веб-сайт Венской РНК. Nucleic Acids Res. 2008; 36: W70–4.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 73.

    Hofacker IL. Сервер вторичной структуры Венской РНК. Nucleic Acids Res. 2003. 31 (13): 3429–31.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 74.

    Lorenz R, Bernhart SH, Höner Zu Siederdissen C, Tafer H, Flamm C, Stadler PF, Hofacker IL. Пакет ViennaRNA 2.0. Алгоритмы Мол биол. 2011; 6: 26.

    PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 75.

    Зажим M, манжета J, Searle SM, Barton GJ. Редактор выравнивания Jalview Java. Биоинформатика. 2004. 20: 426–7.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 76.

    Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ. Jalview версии 2 — редактор множественного выравнивания последовательностей и инструментальная среда для анализа. Биоинформатика. 2009; 25: 1189–91.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 77.

    Эйзен М.Б., Спеллман П.Т., Браун П.О., Ботштейн Д. Кластерный анализ и отображение паттернов экспрессии в масштабе всего генома. Proc Natl Acad Sci U S. A. 1998; 95: 14863–8.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 78.

    Fujita PA, Rhead B, Zweig AS, Hinrichs AS, Karolchik D, Cline MS, Goldman M, Barber GP, Clawson H, Coelho A, et al. База данных браузера генома UCSC: обновление 2011 г. Nucleic Acids Res. 2011; 39: D876–82.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 79.

    Карольчик Д., Беарч Р., Диханс М., Фьюри Т.С., Хинрикс А., Лу Ю.Т., Роскин К.М., Шварц М., Сугнет К.В., Томас Д.Д. и др. База данных браузера генома UCSC.Nucleic Acids Res. 2003; 31: 51–4.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 80.

    Карольчик Д., Хинрихс А.С., Фьюри Т.С., Роскин К.М., Сугнет К.В., Хаусслер Д., Кент В.Дж.. Инструмент поиска данных браузера таблиц UCSC. Nucleic Acids Res. 2004; 32: D493–6.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 81.

    Кент В.Дж., Сугнет С. В., Фьюри Т.С., Роскин К.М., Прингл Т.Х., Захлер А.М., Хаусслер Д.Браузер генома человека в UCSC. Genome Res. 2002; 12: 996–1006.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 82.

    Meyer LR, Zweig AS, Hinrichs AS, Karolchik D, Kuhn RM, Wong M, Sloan CA, Rosenbloom KR, Roe G, Rhead B, et al. База данных браузера генома UCSC: расширения и обновления 2013. Nucleic Acids Res. 2013; 41: D64–9.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 83.

    Каннингем Ф., Амод М.Р., Баррелл Д., Бил К., Биллис К., Брент С., Карвалью-Сильва Д., Клэпхэм П., Коутс Г., Фицджеральд С. и др. Ensembl 2015. Nucleic Acids Res. 2015; 43: D662–9.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 84.

    Фличек П., Ахмед И., Амод М.Р., Баррелл Д., Бил К., Брент С., Карвалью-Силва Д., Клэпхэм П., Коутс Г., Фэрли С. и др. Ensembl 2013. Nucleic Acids Res. 2013; 41: D48–55.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 85.

    Фличек П., Амод М.Р., Баррелл Д., Бил К., Биллис К., Брент С., Карвалью-Силва Д., Клэпхэм П., Коутс Г., Фицджеральд С. и др. Ensembl 2014. Nucleic Acids Res. 2014; 42: D749–55.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 86.

    Фличек П., Амод М.Р., Баррелл Д., Бил К., Брент С., Карвалью-Сильва Д., Клэпхэм П., Коутс Г., Фэрли С., Фицджеральд С. и др. Ensembl 2012. Nucleic Acids Res. 2012; 40: D84–90.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 87.

    Ятс А., Аканни В., Амод М.Р., Баррелл Д., Биллис К., Карвалью-Сильва Д., Камминс С., Клэпхэм П., Фицджеральд С., Гил Л. и др. Ensembl 2016. Nucleic Acids Res. 2016; 44: D710–6.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 88.

    Cline MS, Smoot M, Cerami E, Kuchinsky A, Landys N, Workman C, Christmas R, Avila-Campilo I, Creech M, Gross B и др. Интеграция данных биологических сетей и экспрессии генов с помощью Cytoscape. Nat Protoc.2007; 2: 2366–82.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 89.

    Шеннон П., Маркиел А., Озьер О., Балига Н.С., Ван Дж. Т., Рэймидж Д., Амин Н., Швиковски Б., Идекер Т. Cytoscape: программная среда для интегрированных моделей сетей биомолекулярного взаимодействия. Genome Res. 2003. 13: 2498–504.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 90.

    Smoot ME, Оно К., Рушейнски Дж., Ван П.Л., Идекер Т. Cytoscape 2.8: новые функции для интеграции данных и визуализации сети. Биоинформатика. 2011; 27: 431–2.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 91.

    Робинсон Дж. Т., Торвальдсдоттир Х, Винклер В., Гутман М., Лендер Э. С., Гетц Г., Месиров Дж. П. Программа просмотра интегративной геномики. Nat Biotechnol. 2011; 29: 24–6.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 92.

    Falush D, Stephens M, Pritchard JK. Вывод о структуре популяции с использованием данных мультилокусного генотипа: связанных локусов и коррелированных частот аллелей. Генетика. 2003. 164: 1567–87.

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 93.

    Причард Дж. К., Стивенс М., Доннелли П. Вывод структуры популяции с использованием данных мультилокусного генотипа. Генетика. 2000; 155: 945–59.

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 94.

    Scheet P, Stephens M. Быстрая и гибкая статистическая модель для крупномасштабных данных популяционного генотипа: приложения для определения отсутствующих генотипов и гаплотипической фазы. Am J Hum Genet. 2006; 78: 629–44.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 95.

    Стивенс М., Шит П. Учет распада неравновесия по сцеплению при выводе гаплотипов и вменении отсутствующих данных. Am J Hum Genet. 2005. 76: 449–62.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 96.

    Стивенс М., Смит Н.Дж., Доннелли П. Новый статистический метод реконструкции гаплотипа на основе данных о населении. Am J Hum Genet. 2001; 6: 978–89.

    Артикул Google Scholar

  • 97.

    Hudson RR. Создание образцов в соответствии с нейтральной моделью генетической изменчивости Райта-Фишера. Биоинформатика.2002. 18 (2): 337–8.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 98.

    Аджубей I, Иордания Д.М., Сюняев СР. Прогнозирование функционального эффекта миссенс-мутаций человека с помощью PolyPhen-2. Curr Protoc Hum Genet. 2013. https://doi.org/10.1002/0471142905.hg0720s76.

    Артикул Google Scholar

  • 99.

    Аджубей И.А., Шмидт С, Пешкин Л, Раменский В.Е., Герасимова А, Борк П., Кондрашов А.С., Сюняев СР.Метод и сервер для предсказания повреждающих миссенс-мутаций. Нат методы. 2010; 7: 248–9.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 100.

    Раменский В., Борк П., Сюняев С. Несинонимичные SNP человека: сервер и обзор. Nucleic Acids Res. 2002; 30: 3894–900.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 101.

    Кумар П., Хеникофф С., Нг ПК. Прогнозирование влияния кодирования несинонимичных вариантов на функцию белка с использованием алгоритма SIFT. Nat Protoc. 2009; 4: 1073.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 102.

    Ng PC, Хеникофф С. SIFT: прогнозирование аминокислотных изменений, влияющих на функцию белка. Nucleic Acids Res. 2003; 31: 3812–4.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 103.

    Прайс А.Л., Паттерсон Н.Дж., Пленге Р.М., Вайнблатт М.Э., Шадик Н.А., Райх Д. Анализ основных компонентов корректирует стратификацию в полногеномных ассоциативных исследованиях. Нат Жене. 2006; 38: 904–9.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 104.

    Чанг С.К., Чоу С.К., Теллиер Л.К., Ваттикути С., Перселл С.М., Ли Дж.Дж. PLINK второго поколения: ответ на вызов более крупных и богатых наборов данных. Gigascience. 2015; 4: 7.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 105.

    Перселл С., Нил Б., Тодд-Браун К., Томас Л., Феррейра М.А., Бендер Д., Маллер Дж., Склар П., де Баккер П.И., Дейли М.Дж. и др. PLINK: набор инструментов для полногеномного анализа ассоциаций и популяционного анализа сцепления. Am J Hum Genet. 2007. 81 (3): 559–75.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 106.

    Bradbury PJ, Zhang Z, Kroon DE, Casstevens TM, Ramdoss Y, Buckler ES. TASSEL: программа для сопоставления сложных признаков в различных выборках.Биоинформатика. 2007; 23: 2633–5.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 107.

    Браунинг БЛ, Браунинг СР. Единый подход к вменению генотипа и выводу фазы гаплотипа для больших наборов данных о троих и неродственных лицах. Am J Hum Genet. 2009. 84: 210–23.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 108.

    Браунинг СР, Браунинг БЛ.Быстрая и точная фазировка гаплотипов и вывод отсутствующих данных для исследований ассоциации всего генома с использованием локализованной кластеризации гаплотипов. Am J Hum Genet. 2007. 81: 1084–97.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 109.

    Хауи Б.Н., Доннелли П., Маркини Дж. Гибкий и точный метод вменения генотипа для следующего поколения полногеномных ассоциативных исследований. PLoS Genet. 2009; 5: e1000529.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 110.

    Марчини Дж., Хоуи Б., Майерс С., Маквин Дж., Доннелли П. Новый многоточечный метод для полногеномных ассоциативных исследований путем вменения генотипов. Нат Жене. 2007; 39: 906–13.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 111.

    Данечек П., Аутон А., Абекасис Дж. , Альберс, Калифорния, Бэнкс Е, ДеПристо, Массачусетс, Массачусетс, Хэндсакер РЭ, Лунтер Дж., Март Г.Т., Шерри С.Т. и др.Вариант формата вызова и VCFtools. Биоинформатика. 2011; 27: 2156–8.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 112.

    Кирчер М., Виттен Д.М., Джейн П., О’Роак Б.Дж., Купер Г.М., Шендур Дж. Общая схема оценки относительной патогенности генетических вариантов человека. Нат Жене. 2014; 46: 310.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 113.

    Эшбернер М., Болл К.А., Блейк Дж. А., Ботштейн Д., Батлер Х., Черри Дж. М., Дэвис А. П., Долински К., Дуайт С. С., Эппиг Дж. Т. и др. Генная онтология: инструмент для объединения биологии. Консорциум Gene Ontol Nat Genet. 2000; 25: 25–9.

    CAS Google Scholar

  • 114.

    Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, et al. Анализ обогащения набора генов: основанный на знаниях подход к интерпретации профилей экспрессии в масштабе всего генома.Proc Natl Acad Sci U S. A. 2005; 102: 15545–50.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 115.

    Фэн Дж, Лю Т., Цинь Б, Чжан И, Лю XS. Определение обогащения ChIP-seq с помощью MACS. Nat Protoc. 2012; 7: 1728–40.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 116.

    Чжан Ю., Лю Т., Мейер К.А., Экхоут Дж., Джонсон Д.С., Бернштейн Б.Е., Нусбаум С., Майерс Р.М., Браун М., Ли В. и др.Модельный анализ ChIP-Seq (MACS). Genome Biol. 2008; 9: R137.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 117.

    Ким Д., Пертя Дж., Трапнелл С., Пиментел Н., Келли Р., Зальцберг С.Л. TopHat2: точное выравнивание транскриптомов при наличии вставок, делеций и слияний генов. Genome Biol. 2013; 14: R36.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 118.

    Trapnell C, Pachter L, Salzberg SL. TopHat: обнаружение сплайсинговых соединений с помощью RNA-Seq. Биоинформатика. 2009. 25: 1105–11.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 119.

    Trapnell C, Roberts A, Goff L, Pertea G, Kim D, Kelley DR, Pimentel H, Salzberg SL, Rinn JL, Pachter L. Анализ дифференциальной экспрессии генов и транскриптов в экспериментах с RNA-seq с TopHat и запонки. Nat Protoc. 2012; 7: 562–78.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 120.

    Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi A, Kwan G, van Baren MJ, Salzberg SL, Wold BJ, Pachter L. Сборка и количественное определение транскриптов с помощью RNA-Seq выявляет неаннотированные транскрипты и переключение изоформ во время клетки дифференциация. Nat Biotechnol. 2010; 28: 511–5.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 121.

    Эрнст Дж, Келлис М. Открытие и характеристика состояний хроматина для систематической аннотации генома человека. Nat Biotechnol. 2010; 28: 817–25.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 122.

    Эрнст Дж, Келлис М. ChromHMM: автоматизация обнаружения и характеристики состояния хроматина. Нат методы. 2012; 9: 215–6.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 123.

    Эрнст Дж., Керадпур П., Миккельсен Т.С., Шореш Н., Уорд Л.Д., Эпштейн С.Б., Чжан Х, Ван Л., Исснер Р., Койн М. и др. Картирование и анализ динамики состояния хроматина в девяти типах клеток человека. Природа. 2011; 473: 43–9.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 124.

    Quinlan AR. BEDTools: инструмент швейцарской армии для анализа особенностей генома. Curr Protoc Bioinformatics. 2014; 47: 11.12.11–34.

    Артикул Google Scholar

  • 125.

    Quinlan AR, зал IM. BEDTools: гибкий набор утилит для сравнения геномных характеристик. Биоинформатика. 2010; 26: 841–2.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 126.

    Робинсон, доктор медицины, Маккарти, ди-джей, Смит, Г.К. edgeR: пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии цифровых данных экспрессии генов. Биоинформатика. 2010; 26: 139–40.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 127.

    Grabherr MG, Haas BJ, Yassour M, Levin JZ, Thompson DA, Amit I, Adiconis X, Fan L, Raychowdhury R, ​​Zeng Q и др. Сборка полноразмерного транскриптома из данных RNA-Seq без эталонного генома. Nat Biotechnol. 2011; 29 (7): 644–52.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 128.

    Андерс С., Хубер В. Дифференциальная экспрессия данных РНК-Seq на уровне гена — пакет DESeq. 2012. https: // bioconductor.org / packages / release / bioc / vignettes / DESeq / inst / doc / DESeq.pdf. Дата обращения 03.01.2019.

  • 129.

    Лав М.И., Хубер В., Андерс С. Умеренная оценка кратного изменения и дисперсии данных РНК-секвенирования с помощью DESeq2. Genome Biol. 2014; 15: 550.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 130.

    Staden R. Пакет анализа последовательности Стадена. Mol Biotechnol. 1996; 5: 233–41.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 131.

    Staden R, Бил К.Ф., Бонфилд Дж. Пакет Staden, 1998. Методы Mol Biol. 2000; 132: 115–30.

    CAS PubMed Google Scholar

  • 132.

    Bonfield JK, Smith K, Staden R. Новая программа сборки последовательности ДНК. Nucleic Acids Res. 1995; 23: 4992–9.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 133.

    Staden R. Интерактивная графическая программа для сравнения и выравнивания последовательностей нуклеиновых кислот и аминокислот.Nucleic Acids Res. 1982; 10: 2951–61.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 134.

    Стаден Р. Компьютерные методы определения местоположения сигналов в последовательностях нуклеиновых кислот. Nucleic Acids Res. 1984; 12: 505–19.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 135.

    Ewing B, Hillier L, Wendl MC, Green P. Базовый вызов трассировок автоматического секвенсора с использованием phred. I Оценка точности. Genome Res. 1998. 8: 175–85.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 136.

    Юинг Б., Грин П. Вызов базы данных автоматического секвенсора с использованием phred. II Вероятности ошибок. Genome Res. 1998. 8: 186–94.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 137.

    Ли Х, Руан Дж., Дурбин Р.Картирование считываний коротких последовательностей ДНК и вызова вариантов с использованием показателей качества картирования. Genome Res. 2008; 18: 1851–8.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 138.

    Батлер Дж., МакКаллум И., Клебер М., Шляхтер И.А., Бельмонте М.К., Лендер Э.С., Нусбаум С., Джаффе ДБ. ALLPATHS: de novo сборка полногеномных микрочитаний дробовика. Genome Res. 2008; 18: 810–20.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 139.

    Gnerre S, MacCallum I, Przybylski D, Ribeiro FJ, Burton JN, Walker BJ, Sharpe T, Hall G, Shea TP, Sykes S и др. Высококачественные черновые сборки геномов млекопитающих из массивно параллельных данных последовательностей. Proc Natl Acad Sci U S. A. 2011; 108: 1513–8.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 140.

    Zerbino DR, Birney E. Velvet: алгоритмы для de novo сборки с коротким чтением с использованием графов де Брейна. Genome Res. 2008; 18: 821–9.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 141.

    Langmead B, Salzberg SL. Быстрое выравнивание с пропуском чтения с помощью Bowtie 2. Натр. Методы. 2012; 9: 357–9.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 142.

    Langmead B, Trapnell C, Pop M, Salzberg SL. Сверхбыстрое выравнивание коротких последовательностей ДНК с геномом человека с эффективным использованием памяти. Genome Biol. 2009; 10: R25.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 143.

    Li H, Durbin R. Быстрое и точное согласование коротких считываний с преобразованием Норы-Уиллера. Биоинформатика. 2009; 25: 1754–60.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 144.

    Li R, Yu C, Li Y, Lam TW, Yiu SM, Kristiansen K, Wang J.SOAP2: улучшенный сверхбыстрый инструмент для согласования краткого чтения. Биоинформатика. 2009; 25: 1966–7.

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 145.

    Ли Х, Хандакер Б., Вайсокер А., Феннелл Т., Руан Дж., Гомер Н., Март Дж., Абекасис Дж., Дурбин Р. Подгруппа по обработке данных проекта генома 1000. Формат выравнивания / карты последовательностей и SAMtools. Биоинформатика. 2009. 25 (16): 2078–9.

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 146.

    Simpson JT, Wong K, Jackman SD, Schein JE, Jones SJ, Birol I. ABySS: параллельный ассемблер для данных коротких последовательностей чтения. Genome Res. 2009; 19: 1117–23.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 147.

    Маккенна А., Ханна М., Бэнкс Е., Сиваченко А., Цибульскис К., Керницкий А., Гаримелла К., Альтшулер Д., Габриэль С., Дейли М. и др. Набор инструментов для анализа генома: платформа MapReduce для анализа данных секвенирования ДНК следующего поколения.Genome Res. 2010; 20: 1297–303.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 148.

    Ли Р., Чжу Х., Руан Дж., Цянь В., Фанг Х, Ши З, Ли Й, Ли С., Шан Дж., Кристиансен К. и др. Сборка de novo геномов человека с массовым параллельным секвенированием короткого чтения. Genome Res. 2010; 20: 265–72.

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 149.

    Луо Р, Лю Б., Се И, Ли З, Хуанг В., Юань Дж, Хе Г, Чен Й, Пан Ц., Лю И и др. SOAPdenovo2: эмпирически улучшенный ассемблер de novo для короткого чтения с эффективным использованием памяти. Gigascience. 2012; 1:18.

    PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 150.

    Добин А., Дэвис К.А., Шлезингер Ф., Дренков Дж., Залески С., Джа С., Батут П., Шейссон М., Джинджерас ТР. STAR: сверхбыстрый универсальный выравниватель RNA-seq. Биоинформатика. 2013; 29: 15–21.

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 151.

    Dobin A, Gingeras TR. Отображение чтения RNA-seq с помощью STAR. Curr Protoc Bioinformatics. 2015; 51: 11.14.11–9.

    Google Scholar

  • 152.

    https://aminer.org/open-academic-graph. Дата обращения 03.01.2019.

  • 153.

    Национальный центр науки и инженерной статистики. Федеральные обязательства по НИОКР увеличились на 3% в 2017 финансовом году: обязательства по исследованиям немного уменьшились, а обязательства по развитию увеличились на 7%. InfoBriefs. 2018; NSF 18–311.

  • 154.

    Авторы Википедии. Список стран по расходам на исследования и разработки. Википедия, свободная энциклопедия. 2019. https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_countries_by_research_and_development_spending, дата обращения 01.03.2019.

  • 155.

    https://www.payscale.com/research/US/Location=San-Francisco-CA/Salary.Дата обращения 03.01.2019.

  • 156.

    Mangul S , Mosqueiro T, Abdil RJ, Duong D, Mitchell K, Sarwal V, Hill B, Brito J, Littman RJ, Statz B, et al. Комплексный анализ удобства использования и архивной стабильности вычислительных инструментов и ресурсов omics. bioRxiv. 2018. doi: https://doi.org/10.1101/452532

  • 157.

    Раймонд Э. Собор и базар. Политика в области информационных технологий.

    No related posts.

    • Похожие записи

    Вам будет интересно

    Как пишется по причине: «По причине» как пишется правильно слово?

    Бизнес аренда авто – Прокат автомобилей как бизнес, вложения: от 300000 руб.

    Добавить комментарий

    Комментарий добавить легко